Category Archives: Konferanse

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

Alle posterne fra IBOL 2017 er nå tilgjengelige på nett

Som fortalt tidligere (her) deltok Tom, Jon og Katrine i fra Universitetsmuseet på den syvende Internasjonale Barcode of Life (IBOL)-konferansen, som ble avholdt i Kruger nasjonalpark i Sør-Afrika i november 2017. 

Veldig glade biologer, og noen av  “dyrene i Afrika” (fotos: K. Kongshavn)

Alle posterne som ble presentert er nå lagt ut på konferansens nettsider, hvor de kan lastes ned som pdf-filer. Universitetsmuseets bidrag er nummer 422, 470, 474, 476 og 485. Under følger en liten oppsummering av hver av våre postere:


422:

Barcoding of marine invertebrates from Norway through NorBOL

Katrine Kongshavn, Jon A. Kongsrud, Tom Alvestad, Endre Willassen

Denne posteren gir en oversikt over hvor langt vi har kommet i å bygge et kvalitetssikret strekkodebibliotek for marine virvelløse dyr (børstemark, pigghuder, krepsdyr, nesledyr, bløtdyr etc.) i fra Norge og tilstøtende områder (særlig Sverige, vi har samarbeidet mye med kolleger i Gøteborg). Vi ser på fremdriften på utvalgte grupper sammenlignet med Artsdatabanken sin oversikt over arter som finnes i norske farvann, og presenterer to eksempler  på observasjoner som bør følges opp med taksonomisk utredning: Først et hvor sammenligningen av strekkodene til en norsk sjøstjerneart sammenlignes med alle strekkodene i det store strekkodebibliteket BOLD og avslører at det brukes fem ulike artsnavn på individer som har  identisk strekkode. Deretter et eksempel hvor en antatt børstemarkart har overraskende stor genetisk variasjon i det strekkodede materialet. Spørsmålet blir da om børstemarken Ophelina cylindricaudata i realiteten består av flere ulike arter. Det ser ut for at de genetiske gruppene som framkommer av strekkodedata kan kobles til ulike habitater som markene lever i – vi jobber videre med dette.

Tilsvarende problemer som disse to eksemplene finnes det mange av. De viser at det er langt igjen til en presis og korrekt forståelse av artsmangfoldet i marine miljøer. Men med strekkoding kan vi finne hvor problemene befinner seg, og slik sett identifisere behovene for videre arbeid.


470:

Investigating the marine invertebrate fauna of the West African continental shelf with DNA barcodes

 Endre Willassen, Jon A. Kongsrud, Katrine Kongshavn, Manuel A.E. Malaquias, Tom Alvestad

Gjennom MIWA-prosjektet vårt (Marine Invertebrates of Western Africa, hjemmeside her) har vi opparbeidet et omfattende materiale i fra omkring 700 stasjoner i fra Marokko i nord til Angola i sør. Her presenteres en oversikt over de drøyt 2600 dyrene vi har sendt inn vevsprøver av (i samarbeid med forskere i fra mange land og institusjoner som har arbeidet med materialet). Strekkodingen gir oss ny innsikt i faunaen på atlanterhavssiden av Afrika. For en del av de bedre kjente dyregruppene som allerede er strekkodet og tilgjengelige i åpne databaser gir disse nye strekkodene oss ytterligere informasjon om arters utbredelse, livsstadier (f. eks gjennom å knytte larve- og voksenstadier sammen), og genetiske populasjonsstrukturer. Strekkodingen avdekker også ulik navnebruk mellom identifiserere, og indikerer et behov for revisjon av en del av datene som ligger i basene. Strekkodingen gir oss også mange genetiske enheter vi ikke kan tilordne til kjente arter, og indikerer dermed potensiell ukjent artsdiversitet.


474:

Building a comprehensive barcode reference library of the Norwegian Echinodermata through NorBOL – an ongoing effort

Tom Alvestad, Katrine Kongshavn, Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Kennet Lundin, Hans T Rapp, Endre Willassen

I denne posteren presenterte vi fremdriften mot et komplett, kvalitetssikret strekkodebibliotek over norske pigghuder. Pigghudene inkluderer disse gruppene:

De fem klassene av pigghuder (foto: K.Kongshavn)

Strekkoding har høy suksessrate på pigghuder sammenlignet med en del av de andre marine evertebratene, og vi har et overkommelig antall arter: totalt opererer Artsdatabanken med omkring 50 arter sjøstjerner (se for øvrig denne fine, illustrerte guiden til de norske sjøstjernene som Artsdatabanken har lagt ut), 7 arter sjøliljer, 16 arter kråkeboller, 36 arter sjøpølser, og 37 arter slangestjerner registrert i norske farvann.  Gjennom NorBOL har vi så langt barcodet mellom 55 og 75 % av alle de kjente artene i hver klasse – og vi arbeider videre! I posteren presenterte vi to eksempler: et hvor individene som identifiseres til én art deler seg i flere grupperinger genetisk, og et eksempel hvor én genetisk gruppering inneholder flere artsnavn. Igjen er det nødvendig med en grundig taksonomisk gjennomgang av materiale og resultater.


476:

Diversity and species distributions of Glyceriformia (Annelida, Polychaeta) in shelf areas off western Africa

Lloyd Allotey, Tom Alvestad, Jon A Kongsrud, Akanbi B Williams, Katrine Kongshavn, Endre Willassen

Denne posteren laget vi sammen med Lloyd i fra Ghana som har vært på flere besøk her som gjesteforsker (mer om dette finner du på MIWA-bloggen).

Lloyd presenterer posteren sin på IBOL

 

 

 

 

 

 

Her presenterte vi siste nytt på arbeidet vårt med de to børstemarkfamiliene Glyceridae og Goniadidae (=Glyceriformia) i fra vestkysten av Afrika i fra Marokko i nord til Angola i sør.
Basert på morfologien finner vi 21 arter i materialet vårt: elleve Glyceridae, og ti Goniadidae. For tre av disse artene gir dette oss ny kunnskap om artenes utbredelse, og syv av artene er ubeskrevne i litteraturen. Vi har sendt inn vevsprøver i fra alle de morfologisk ulike taxaene, og de resulterende 166 strekkodene grupperer seg i 36 genetisk distinkte enheter (BINs). Fem av de morfologiske artene inkluderer flere genetisk distinkte enheter, noe som indikerer at det kan være flere arter i materialet enn det vi (så langt) er i stand til å skille på morfologi. Studien understreker nytteverdien av genetisk strekkoding for å kartlegge potensiell biodiversitet i et område, og indikerer en mulig 70 % økning i antall rapporterte arter i disse to familiene i fra vestafrikanske farvann. Dette må naturligvis utredes videre, og understreker nok en gang behovet for å knytte tradisjonell morfologibasert taksonomi til den genetiske strekkodingen.


485:

Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy.

Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Eivind Oug, Tom Alvestad, Arne Nygren, Katrine Kongshavn, Nataliya Budaeva, Maria Capa, Endre Willassen

Børstemarkene (Polychaeta) er en gruppe vi har arbeidet mye med både lokalt på Universitetsmuseet, og sammen med partnere i norske, skandinaviske og globale prosjekter. Norske havområder er blant de best studerte i verden, men like fullt er det mye vi ikke vet. Per i dag er det registrert 726 arter av børstemark i norske farvann (mer om det her) – men det reelle tallet er nok adskillig høyere.

Gjennom omfattende gjennomgang av museumsmateriale, nyinnsamlinger det siste tiåret, flere Artsprosjekter, barcoding gjennom NorBOL, workshops, og  innsatsen til over 20 involverte taksonomer og studenter har vi kunnet gjøre oss noen beregninger av det faktiske artsmangfoldet av børstemark i norske farvann.

Dette arbeidet er primært basert på tradisjonell morfologibasert taksonomi, underbygget av resultatene av genetisk strekkoding av 3000 individer i fra 400 morfologiske arter, som har gitt oss 1600 strekkoder. Disse grupperer i 500 genetiske enheter (BINs). Det at morfologiske arter fordeler seg i flere BINs indikerer at det finnes artskomplekser eller kryptiske arter innenfor “kjente” arter. Slike tilfeller har blitt påvist i alle børstemarkfamiliene vi har undersøkt.

Å validere og knytte strekkoder til kjente arter krever detaljert kunnskap om historien, tradisjonen og den nåværende statusen til artenes taksonomi. Taksonomien  (og taksonomer!) er dermed grunnleggende nødvendig for å kunne bygge et strekkodebibliotek. Vi ser at det er nødvendig å inkludere sekvenser av typemateriale eller materiale i fra typelokalitet for å få korrekt artsnavn på sekvensene, og presenterer et eksempel dette med Amphicteis gunneri, som har typelokalitet utenfor Bergen.

Vi konkluderer med at børstemarkdiversiteten i de nordiske havområdene er minst 30 % høyere enn det som er kjent i dag (!).

Klikk deg inn på konferansens nettsider for mer detaljer – god lesing!

-Katrine

Universitetsmuseet på den syvende internasjonale barcode of life (iBOL) konferansen

20.-24. november gikk den syvende iBOL-konferansen av stabelen på tidenes kanskje flotteste konferansested*; på Skukuza rest camp, inne i Kruger nasjonalpark i Sør-Afrika!

 

 

 

Vertskap for konferansen var the African Centre for DNA Barcoding (University of Johannesburg, South Africa) og the Department of Environmental Affairs (SA).

iBOL 2017 samlet 450 deltagere i fra 73 land, og dekket et bredt utvalg av tema i fra matsikkerhet via antikrypskytingstiltak til sommerfuglidentifisering.

Naturlig nok var hovedfokuset på praktisk bruk av genetisk barcoding, men det var også mange spennende foredrag om nye metoder. Det har blitt laget en fin oppsummering av hvilke tema som ble behandlet, denne artikkelen finner du her (open access)

Deltagerne på iBOL2017. Foto: J. Potgieter

Norge var sterkt representert på konferansen med hele 23 bidrag fra 15 deltakere. Omtaler av noen av disse bidragene vil bli presentert på http://www.norbol.org i ukene fremover.

Tom, Jon og Katrine underveis til Kruger

I fra Universitetsmuseet i Bergen deltok Tom, Jon og Katrine. Sammen med Lloyd i fra Ghana, som har jobbet mye på MIWA-prosjektet sammen med oss, så hadde vi med fem postere og tre lynpresentasjoner i bagasjen.

Tom, Katrine, Jon og Lloyd

Postere i fra Universitetsmuseet

Våre fem postere

Barcoding of marine invertebrates from Norway through NorBOL.
Katrine Kongshavn, Jon A. Kongsrud, Tom Alvestad, Endre Willassen

Investigating the marine invertebrate fauna of the West African continental shelf with DNA barcodes.
Endre Willassen, Jon A. Kongsrud, Katrine Kongshavn, Manuel A.E. Malaquias, Tom Alvestad

Building a comprehensive barcode reference library of the Norwegian Echinodermata through NorBOL – an ongoing effort.
Tom Alvestad, Katrine Kongshavn, Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Kennet Lundin, Hans T Rapp, Endre Willassen

Diversity and species distributions of Glyceriformia (Annelida, Polychaeta) in shelf areas off western Africa.
Lloyd Allotey, Tom Alvestad, Jon A Kongsrud, Akanbi B Williams, Katrine Kongshavn, Endre Willassen

Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy.
Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Eivind Oug, Tom Alvestad, Arne Nygren, Katrine Kongshavn, Nataliya Budaeva, Maria Capa, Endre Willassen

Fem minutter, sa du..? #inn-og-utpust

 

Lynpresentasjoner er fem minutters taletid hvor man får presentere posteren sin i plenum; dette kom godt med, da det var såpass mange påmeldte postere at det var helt umulig å lese seg igjennom samtlige i løpet av konferansen. Posterne vil også bli gjort tilgjengelige på konferansens nettside i nærmeste fremtid

 

 

 

Lloyd presenter resultater på diversiteten av glyceriforme børstemark i fra vestkysten av Afrika

Tom presenterer foreløpige resultater på oppbyggingen av et komplett strekkodebibliotek for norske pigghuder

Katrine presenterer fremdriften i barcoding av marine evertebrater

Vi hadde en helt fantastisk uke i Kruger, tusen takk til arrangørene som gjorde en flott jobb!

*iBOL avholdes annenhvert år, og iBOL 2019 blir i….. *trommevirvel*….. Trondheim! Det kan du lese mer om her.

TangloppeTorsdag: når amfipodologene møtes.

Hvert andre år skjer det: tangloppeforskerne reiser til en eller annen ofte liten plass, og så snakker de om tanglopper sammen en hel uke. Det er Tangloppekonferanse – eller “International Colloquium on Amphipoda” som vi liker å kalle det på fint. Selv vil jeg kanskje mest av alt sammenligne det med et slektstevne.

Masse glade amfipodeforskere i Trapani (alle foto: AH Tandberg)

Masse glade amfipodeforskere i Trapani (alle foto: AH Tandberg)

 

Årets t-skjorte fra den polske gjengen. (foto: AH Tandberg)

Årets t-skjorte fra den polske gjengen. (foto: AH Tandberg)

For det er slik stemningen er. Nesten som Gitarkameratene synger “Hver gang vi møtes har vi det bra” består ofte den første dagen av amfipodemøtet for det meste av klemmer og “neimen, der er du – hvordan går det med familien – hvordan har du hatt det – så godt å se deg igjen!” Ti minutter seinere har vanligvis den store polske delegasjonen organisert at vi alle skal gå ut og spise middag, samtidig som alle beundrer de nye “team-t-skjordene” de har.

Praten går både i tanglopper og om Livet – mange har besøkt hverandre – på arbeidsplassen eller også hjemme hos hverandre – på andre siden av jorden – siden forrige amfipodemøte, og så må historiene deles med de andre. Noen har sendt ungene ut i verden på universitetet – andre har forlovet seg, andre igjen har byttet jobb og by og kanskje kjøpt nytt hus – mange planlegger en ferie med andre amfipodologer i etterkant av møtet.

En ekte amfipodekonferanse-treat: hvis man er tidlig nok til postersesjonen kan man sikre seg heklete amfipoder! (foto: AH Tandberg)

En ekte amfipodekonferanse-treat: hvis man er tidlig nok til postersesjonen kan man sikre seg heklete amfipoder! (foto: AH Tandberg)

Selvsagt snakker vi også om amfipoder – mest av alt snakker vi om amfipoder. De som bor i havet, de som bor i elver og innsjøer og de som bor i huler, i fuktig jord og på stranden. Noen studerer hvilke arter som finnes og hvordan evolusjonen av disse artene kanskje kan ha foregått, andre studerer spredningshistorien til en art eller en gruppe arter, det er de som studerer reproduktive strategier, og igjen andre som ser på hvordan amfipoder orienterer seg i verden.

Viktigst av alt på en konferanse er det faglige innholdet. Det var mye spennende å lære i Trapani. (alle foto: AH Tandberg)

Viktigst av alt på en konferanse er det faglige innholdet. Det var mye spennende å lære i Trapani. (alle foto: AH Tandberg)

I en kombinasjon av foredrag og postere forteller vi hverandre hva vi jobber med og hva vi prøver å finne ut av  – og pausene er fulle av diskusjoner om hvordan vi kan finne ut mer, dele prøver og hjelpe hverandre. Dette er selvsagt ikke så veldig sjokkerende – det er sånn vi ønsker at et vitenskapelig samfunn skal fungere.

Årets amfipodekonferanse fant sted i Trapani – på Sicilia i Italia. I behagelig varme på en øy sør i Europa møttes vi over små kopper med sterk kaffe og store porsjoner pizza. Dette var en konferanse som fram til i fjor egentlig skulle organiseres i Tyrkia, men på grunn av politiske uroligheter ble den flyttet. På et års varsel arrangerte Trapani-gjengen et møte med 3 dager faglige aktiviteter fra morgen til kveld, med muligheter for ekskursjoner og innsamling av amfipoder både før og etter. Tilsammen litt mer enn 60 foredrag og 60 postere ble presentert.

Universitetet i Trapani ligger rett på stranden. Bading og is i lunchpausen - selvsagt etter en ordentlig kaffe! (alle foto: AH Tandberg)

Universitetet i Trapani ligger rett på stranden. Bading og is i lunchpausen – selvsagt etter en ordentlig kaffe! (alle foto: AH Tandberg)

Nyhetsbrevet Amphipod Newsletter kommer ut en gang i året, og i år med tangloppekonferanse kommer det ut i forbindelse med møtet. Mye av dette nyhetsbrevet skrives i Norge, du kan finne dem på World Amphipoda Database og Biodiversity Heritage Library. Her kan man finne en så komplett som vi kan få til liste over artikler fra siste år som handler om amfipoder, det er en oversikt over nye arter (i år var det 79 nye arter amfipoder beskrevet for vitenskapen – i fjor var det 156 (!) nye arter) – og så er det referater fra arbeidsmøter og invitasjoner til nye kurs. Siden vi er en kollega-gruppe som bor spredt rundt hele kloden er dette en nyttig måte å holde alle orientert om hva som skjer – de fleste av oss sitter nok som eneste amfipodeforsker på sin arbeidsplass (sånn bortsett fra den store polske gjengen fra Łodz og den stadig voksende gruppen fra Sevilla i Spania).

Den japanske t-skjorten var litt mer behjelpelig faglig... (nå er det bare å se de store forskjellene mellom familiene) (foto: AH Tandberg)

Den japanske t-skjorten var litt mer behjelpelig faglig… (nå er det bare å se de store forskjellene mellom familiene) (foto: AH Tandberg)

Om to år skal vi møtes i Dijon, vi gleder oss allerede! Kanskje skal den norske gjengen stille med de kuleste t-skjortene?

Anne Helene

Evertebratjulekalender

Om du synes julefreden har senket seg i overkant tidlig her på bloggen (med hederlig unntak av Torsdagstangloppene som går som vanlig), så skyldes det at vi kjører julekalender med en post hver dag på den engelske utgaven av bloggen.

Glimt i fra første halvdel av kalenderen

Glimt i fra første halvdel av kalenderen

Vi har vært innom – og kommer t il å fortsette med – et bredt utvalg av tema. Kalenderen finner du her, klikk deg inn her for å se!