Category Archives: GBIF

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

Arter på nett – boblesnegler (Cephalaspidea)

Nyhetssak Artsdatabanken: Boblesnegler i “Arter på nett”

Cephalaspidacea

Forsiden av “Arter på nett” med boblesnegler

Artsdatabanken har et konsept de kaller “Arter på nett” hvor forskere kan presentere artene de jobber med. Tidligere har det blitt lagt ut informasjon om insektordener,sommerfugler,gullveps, bier og humler, og i går kom første marine bidrag i form av boblesnegler (Cephalaspidea).  Det er malacologene våre (sneglegjengen!), særskilt Lena Ohnheiser og Manuel Malaquias som har gjort den store jobben med å samle informasjon og dyr, revidere og beskrive arter, fotografere og på annet vis dokumentere artene, og tilrettelegge dette for presentasjon i arter på nett.

nettsidene finner du en oversikt med bilder av norske arter. Noen av artene har særlig fyldig omtale av biologi og har med kart over dokumenterte forekomster.

Lena

Lena på tokt utenfor Bergen med en nyfunnet boblesnegl på en en bit av en tare.

GBIF

Den marine boblesneglen Cylichna alba forekommer i følge Artskart og GBIF også i Folldal i Hedmark. Dette er neppe riktig.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Sidene har også koblinger til Artskart. Dessverre er disse noe skjemmet av Artsdatabankens ukritiske utlegg av artsregistreringer fra kilder med tvilsom kvalitet. I følge Artsdatabankens artskart finnes det nemlig mange marine arter i fjellene i Sørnorge. Boblesneglen Cylichna alba er for eksempel registrert i GBIF av en utenlandsk institusjon som forekommende i Folldal i Hedmark. Les selv om denne arten i “Arter på nett” og bedøm om denne forekomsten synes å være sannsynlig.

Arter på nett

Data til Artskart

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

Artsdatabanken (http://www.artsdatabanken.no/) lyser jevnlig ut midler for å få stedfestede data om forekomsten av arter i Norge. Selv om Evertebratsamlingen har preparater av flere tusen arter som har vært katalogiserte siden 1850, er mange prøver som ikke uten videre egner seg for slike kart. Det kan blant annet være fordi stedsangivelsene er usikre. Vi har foretatt et utvalg av 4000 prøver av storkreps (Malacostraca) som vi anser som rimelig sikre identifikasjoner. Data ble avlevert til Artsdatabanken i dag og vil formodentlig bli integrert i Artskart og GBIF. Vi takker Artsdatabanken for oppdraget.

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format