Category Archives: Workshops

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Den siste uka i mars ble tilbrakt på Espegrend marinbiologiske stasjon utenfor Bergen, hvor tre av Artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop sammen!

Det var prosjektene Nakensnegler i Sør-Norge, Norske marine bentiske Hydrozoa (NorHydro)og Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) som inviterte, og vi gikk relativt bredt ut: deltagerne inkluderte oss på museet, samarbeidende gjesteforskere fra inn- og utland som er spesialister på sine respektive dyregrupper, folkeforskere («citizen scientists») og studenter.

Gruppebilde av deltagerne (Foto: H. Jensen)

Vi hadde lagt opp til en god blanding av felt- og labarbeid, og fikk gjort mye i løpet en fullpakket uke. Feltarbeidet foregikk i Bergensregionen, og var en blanding av innsamling i fra FF «Hans Brattstrøm», som vi disponerte i to dager, innsamling i fjæresonen og i fjærepytter på holmene rundt Espegrend, prøvetaking på brygger og marinaer, og ved snorkling.

Den lokale studentdykkeklubben SUB-BSI bidrar med bilder og innimellom også med materiale til noen av prosjektene våre, og vi inviterte dem til å komme ut på feltstasjonen en ettermiddag for å se hva vi driver med på lab – det ble en trivelig affære, med mange interesserte gjester (og 14 hjemmelagde pizza som gikk ned på høykant!). Vi har også holdt foredrag i klubblokalene deres, hvor vi gav fem-minutters presentasjoner av de tre prosjektene.

Alt i alt så fikk vi samlet materiale i fra 20 lokaliteter, i tillegg til at vi fikk de besøkende ekspertene til å se på en del museumsmateriale som også skal inngå i prosjektene.

Kart over hvor vi samlet inn materiale (grafikk: K.Kongshavn)

Nå er vi vel tilbake i Bergen by, og jobber videre med materialet – det kommer flere bloggposter på hvilke resultater vi har fått med tid og stunder, så følg med!

Hardbunnsfauna: nytt Artsprosjekt!

I disse dager setter artsprosjektet «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding» (Hardbunnsfauna) i gang for alvor!

Kjappe fakta
Periode: 2019-2021
Prosjektleder: Endre Willassen
Institusjon: Universitetsmuseet i Bergen, Avdeling for naturhistorie, evertebratsamlingen
Samarbeidende institusjoner: NTNU Vitenskapsmuseet, NIVA, Universitetet i Tromsø/UNIS, Naturhistorisk museum UiO, Havforskningsinstituttet, Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences, Heriot-Watt University
Sosiale medier: @Hardbunnsfauna på Instagram og på Twitter

Artsprosjektet finansieres av Klima- og miljødepartementet, og koordineres av Artsdatabanken.

Her finner du Hardbunnsfauna sin hjemmeside hos Artsdatabanken.

Vi har allerede hatt et par dager i felt (det kan du lese om her og her), men i neste uke blir det skikkelig oppstart med workshop på feltstasjonen, besøkende gjesteforskere, feltarbeid og generelt full rulle – vi gleder oss!

Grunne hardbunnshabitater er en av de dominerende naturtypene langs norskekysten. Her finner vi også algebeltet, som huser en særdeles artsrik fauna av ulike evertebratgrupper. Prosjektet vil samle krefter fra et bredt sammensatt norsk og internasjonalt forskningsmiljø for å undersøke hvilke arter som forekommer i hardbunnshabitater langs norskekysten og ved Svalbard.

Artenes forekomst og utbredelse skal kartlegges, og artsinformasjon skal presenteres i nettbaserte databaser. Vi kommer til å jobbe med alle mulige grupper av marine evertebrater, som krepsdyr, bløtdyr, pigghuder og børstemark. Men det vil spesielt bli fokusert på de dårlig kjente dyregruppene Ectoprocta/Bryozoa (mosdyr), Ascidiacea (Sekkdyr) og Porifera (svamp). Materialet vil bli sortert og identifisert, og inngå i museet sine samlinger.

Gamle kjenninger; børstemark, bløtdyr, krepsdyr og nesledyr står fortsatt på “hitlisten” vår

…men denne gjengen – mosdyr, sekkdyr og svamp – skal få ekstra mye oppmerksomhet!

Vi skal fortsette arbeidet med å bygge et validert strekkodebibliotek for arter som forekommer i Norge gjennom NorBOL-nettverket og den internasjonale databasen over genetiske strekkoder (BOLD), hvor hver strekkode også kan kobles tilbake til en organisme (i vårt tilfelle et dyr) i museets samlinger. Dette er viktig, for vi har ofte behov for å kunne gå tilbake til dyret som den genetiske strekkoden kommer i fra for å undersøke ting nærmere – med såpass høy andel uavklarte og ukjente arter som vi finner hos de marine evertebratene* dukker det stadig opp noen nye problemstillinger.

Vi kommer til å tilby masteroppgaver i tilknytning til prosjektet, om noen er interesserte i dette så er det bare å ta kontakt!

Planen er å oppdatere jevnlig underveis i workshopen, så følg med her (og gjerne på Instagram og Twitter også) for å se hva vi finner i neste uke!

Ved evertebratsamlingen har vi nå hele fem artsprosjekt gående, og vi samarbeider naturligvis der vi kan – så medarrangører på denne workshopen er NorHydro og Nakensnegler i Sør-Norge. Du finner en kort presentasjon av de fem prosjektene her.

-Katrine

*for børstemark (Polychaeta) ser det ut for at minst 30 % av diversiteten ikke er skikkelig kjent enda – og det er i de nordiske havområdene, som er verdens kanskje best undersøkte marine områder.  (Les mer om dette her, under poster #485: Alle posterne fra IBOL 2017 er nå tilgjengelige på nett)

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

TangloppeTorsdag: På skriveren i Hamburg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

“Publiser eller forsvinn” hører man ofte i vitenskapelige kretser. Det virker kanskje ikke helt høflig å si til folk at de bare kan forsvinne (fra vitenskapen, altså), men kunnskap vi ikke deler med andre har nokså liten verdi. Vitenskapelige teorier og ideer må testes for at vi kan sjekke om de holder mål, og vi kan ikke teste ting vi ikke vet om. Så kunnskapsdeling er en viktig del av vitenskapen.

Noen ganger kan en låse seg inn på et stille rom og skrive for seg selv i mange uker før verket sendes til en journal eller en forlegger som vil trykke det – men som oftest, og mer så nå enn i tidligere tider, er det flere forfattere for hver minste lille notis i et vitenskapelig tidsskrift. Av og til kan det ta litt av – det finnes visstnok artikler der listen med medforfatternavn var lengre enn selve teksten – men for det meste er det en liten gruppe mennesker som har prøvd å finne ut av noe sammen, og så skriver de om det sammen.

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Å være flere folk som skal bli enige om en tekst kan ha både fordeler og ulemper – vi kan hjelpe hverandre med hva vi kan og hvordan vi kan formulere ting, eller vi kan ende opp med en tekst som ikke helt har samme stil hele veien gjennom. Det er nok mange som har vært med på leker der hele klassen lager en fortelling – en setning fra hver elev – slike historier kan ofte bli morsomme selv om de ikke alltid er helt sammenhengende.

Disse ukene er jeg i Hamburg for å skrive på to artikler sammen med gode kolleger her. Sammen skal vi prøve å si noe fornuftig om amfipodene som finnes rundt Island og langs norskekysten. Er det de samme artene? Har en art som finnes både ved Island og ved norskekysten likt arvemateriale? Lever de på samme måte – på samme dyp, bunntype og i samme vanntemperatur? Det er mange spørsmål vi lurer på, og noen av dem kan vi klare å svare på.

Arbeidet som ligger til grunn for disse artiklene er delvis fra workshopene vi hadde på Espegrend og i Polen (Spała) – og delvis fra alt labarbeidet som har kommet etter disse og andre workshoper, fra prosjektene NorAmph og IceAGE. Begge disse prosjektene ser på strekkode-DNA fra artene som registreres – og dette kan vi se videre på for å finne ut om det vi tror er den samme arten virkelig er det genetisk også.


Uten å foregripe begivenhetene for mye, kan jeg si at vi ser på Eusirider og Amphilohider. Dette er to veldig forskjellige familier amfipoder – Eusiridene er ganske store (de største vi har i våre farvann er opp mot to cm lange, men i dag så jeg noen i samlingene her som var nesten syv cm lange!), de er jegere og er flinke til å svømme. Amphilochidaene er mye mindre (her snakker vi noen få mm i lengde), og for de artene vi vet noe om livet til, lever mange inni eller utenpå andre bunnlevende dyr, eller de spiser pittesmå dyr som sitter fast på bunnen. De er ikke så veldig flinkge til å svømme, men er nok bedre til å gjemme seg innimellom smågrus og sand.

 

Inn en dør og opp en trapp - og inn mange flere dører og opp enda flere trapper... Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Inn en dør og opp en trapp – og inn mange flere dører og opp enda flere trapper… Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Diskusjonene pågår for fullt, både om hva vi egentlig kan si ut fra de dataene vi har, og hvordan vi skal formulere setningene. Det blir lange dager, mye kaffe og mye latter. Det er lurt å sitte sammen på samme kontor – da går både samarbeidet om setningene bedre og ideene får lettere bli til ordentlige teorier. Ikke minst får vi testet is-sjappen nedi gaten – det er akkurat nok dager til at vi kan prøve en ny smak hver dag.

Resultatene? De kommer i artiklene – og kanskje også i en seinere TangloppeTorsdag!

Anne Helene

 

Internasjonalt kurs i systematikk, morfologi og evolusjon hos Annelider

20170609_100827Ute på UiB sin marinbiologiske stasjon myldrer det i “annelidologer” – folk som arbeider med Annelider/leddormer. De fleste driver med børstemark, eller polychaeter, som leserne av denne bloggen vel etter hvert begynner å kunne en del om 🙂

Glade, travle studenter på laben

Glade, travle studenter på laben

Vi er totalt 38 deltagere; 20 studenter og 18 forelesere/organisatorer, i fra 12 nasjonaliteter! Kurset er et samarbeid mellom Universitetsmuseet i Bergen, Moscow State University and ForBio, med økonomisk støtte i fra SPIRE (Strategic Programme for International Research and Education) og SIU (Norwegian Centre for International Cooperation in Education).

Studentene arbeider med en kombinasjon av materiale tatt med i fra Russland, og levende dyr som vi er ute med R/V Brattstrøm og den mindre båten Aurelia og henter.

Brattstøm, Katrine på vei om bord, og hektisk plukking på laben

Brattstøm, Katrine på vei om bord, og hektisk plukking på laben – fotos N. Budaeva

Vi har vært ute og samlet i fra ulike habitater, slik at vi i størst mulig grad får dekket de ulike polychaetfamiliene. Vi får naturligvis også andre dyr i prøvene, og benytter anledningen til å samle mest mulig av arter vi mangler til NorBOL, og til de ulike marine artsprosjektene som pågår i Bergen.

Dekksarbeid- ikke heeelt optimalt vær, men god stemning og innsatsvilje på dekk

Dekksarbeid- ikke heeelt optimalt vær, men god stemning og innsatsvilje på dekk

NorBOL-og Artsprosjektplukking: flotte amphipoder og isopoder i ifra tangstilker, Diplecogaster bimaculata, sjuarmet skjørstrejne (Luidia ciliaris), sjøfjær, nakensnegl og sjøhare, og en anemone, antakelig Sagitaria troglodytes

NorBOL-og Artsprosjektplukking: flotte amphipoder og isopoder i ifra tangstilker, Diplecogaster bimaculata, sjuarmet skjørstjerne (Luidia ciliaris), sjøfjær, nakensnegl og sjøhare, og en anemone, antakelig Sagitaria troglodytes

Dagene er en kombinasjon av foredrag og lab, og det er ikke rent få tema og metoder som dekkes – her er vi innom alt i fra beskrivende taksonomi via fylogeni og dype diskusjoner om hva en art egentlig er, til siste nytt innen metoder og kunnskap.

foto: N. Budaeva

foto: N. Budaeva

Vi skal holde på hele neste uke også, ta en kikk på den engelske bloggen– og sjekk gjerne vår nyvalgte # på twitter: #annelidacourse2017 for siste nytt.