Category Archives: Workshops

Hardbunnsfauna-prosjektet på Espegrend

Vi skrev tidligere i uken om at tre av artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop og feltarbeid sammen ute på Espegrend siste uka i mars. Her kommer litt mer ifra oss på Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) om hvordan vi jobber, hva vi så på, og noen foreløpige resultater etter en produktiv uke.

Hardbunnsfauna-prosjektet fortsetter arbeidet med å bygge strekkodebibliotek for arter fra norske farvann for alle gruppene av evertebrater (bløtdyr, børstemark, pigghuder, krepsdyr osv.) som forekommer på hardbunn i fra stranda og ned til omkring 40 meter, og vi kartlegger artenes utbredelse. Prøvene blir en del av museets sine samlinger, og vil forhåpentligvis komme mange til nytte også i fremtiden. Her er litt av det vi støtte på underveis:

Noen av dyrene vi samlet; her er krepsdyr, børstemark, bløtdyr, pigghuder, havedderkopper, slimormer og anemoner – og en helt “nyfødt” brennmanet.

I forkant av workshopen jobbet vi med å få laget poser i finmasket planktonduk som vi skal bruke når vi samler inn stortare. Poser på 1.80 m med diameter på 60 cm laget av 250µm planktonduk og lerret  er (underlig nok!) ikke noe man kan gå i butikken å kjøpe; heldigvis kjenner vi flinke folk som kunne hjelpe oss med å sy! Duk ble bestilt inn i fra Danmark, en ekspedisjon ble gjort til Stoff & Stil i Åsane, og så var et bare å sette i gang…

Planktondukposeproduksjon

Det vi er ute etter med disse posene er å få samlet inn alle dyrene som lever på «stilken» (stipes) og «roten» (hapteren) på stortare, Laminaria hyperborea. Ved å dra posen over stipes og løsne hapteren slik at en får hele greia oppi posen får en også samlet de dyrene som ville stukket av om vi samlet ved å bruke taretrål i fra båten.

Posene viste seg å fungere godt (skjønt vi fikk en klage på at han som samlet på at det føltes som om han svømte med brudeslør – vi skal fikse det 😉 ), og vi fikk samlet fire stilker som vi har jobbet med på workshopen.

Tarestilker anskaffet! Her ser en litt av svampene og annen påvekst som vi fant – det var tidlig i sesongen, så det var ikke fullt så mye begroing på stilkene som vi håpet på – men mer enn nok å jobbe med på workshopen!

I dette prosjektet har vi spesielt mye fokus på tre dårlig kjente (i Norge) dyregrupper: Mosdyr (Bryozoa), svamp (Porifera) og sekkdyr eller sjøpunger (Ascidiacea).

På denne workshopen var vi så heldige at vi fikk med oss Bjørn Gulliksen (professor emeritus i fra Universitetet i Tromsø), en av de få ekspertene på Ascidiacea i Norge. Han jobbet tett sammen med Tom, og gikk igjennom både spritfiksert materiale som vi har samlet inn tidligere i forbindelse med NorBOL, og materialet som ble samlet inn i løpet av workshopen.

På den måten fikk vi satt navn på eller bekreftet tidligere identifiseringer, og plukket ut materiale til en plate som vi skal sende til Canada for genetisk strekkoding (mer on det på NorBOL sine hjemmsider). Det blir de første sekkdyrene vi sender inn, så det blir spennende å se hvordan det vil fungere – vi har valgt ut 95 prøver som er identifisert til 37 ulike taxa; de fleste helt til art, men også noen til familie- eller slektsnivå.

Noen av sekkdyrene som er plukket ut til barcoding (fotos. K. Kongshavn)

Vi plukket også en god del mosdyr som vi skal barcode, og svamp som våre samarbeidspartnere nede på BIO skal hjelpe oss med å få navn på. Workshopen var en god start på prosjektet, og vi gleder oss til fortsettelsen – vi skal i felt igjen allerede i neste uke, så følg med her for oppdateringer!

Vi er også å finne på Instagram og på Twitter, begge steder som @hardbunnsfauna – følg oss gjerne! (det går også an å se oppdateringer der uten å ha egen konto – bare klikk på linkene)

Tusen takk til alle deltagerne på workshopen for en flott og produktiv uke!

-Katrine

 

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Den siste uka i mars ble tilbrakt på Espegrend marinbiologiske stasjon utenfor Bergen, hvor tre av Artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop sammen!

Det var prosjektene Nakensnegler i Sør-Norge, Norske marine bentiske Hydrozoa (NorHydro)og Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) som inviterte, og vi gikk relativt bredt ut: deltagerne inkluderte oss på museet, samarbeidende gjesteforskere fra inn- og utland som er spesialister på sine respektive dyregrupper, folkeforskere («citizen scientists») og studenter.

Gruppebilde av deltagerne (Foto: H. Jensen)

Vi hadde lagt opp til en god blanding av felt- og labarbeid, og fikk gjort mye i løpet en fullpakket uke. Feltarbeidet foregikk i Bergensregionen, og var en blanding av innsamling i fra FF «Hans Brattstrøm», som vi disponerte i to dager, innsamling i fjæresonen og i fjærepytter på holmene rundt Espegrend, prøvetaking på brygger og marinaer, og ved snorkling.

Den lokale studentdykkeklubben SUB-BSI bidrar med bilder og innimellom også med materiale til noen av prosjektene våre, og vi inviterte dem til å komme ut på feltstasjonen en ettermiddag for å se hva vi driver med på lab – det ble en trivelig affære, med mange interesserte gjester (og 14 hjemmelagde pizza som gikk ned på høykant!). Vi har også holdt foredrag i klubblokalene deres, hvor vi gav fem-minutters presentasjoner av de tre prosjektene.

Alt i alt så fikk vi samlet materiale i fra 20 lokaliteter, i tillegg til at vi fikk de besøkende ekspertene til å se på en del museumsmateriale som også skal inngå i prosjektene.

Kart over hvor vi samlet inn materiale (grafikk: K.Kongshavn)

Nå er vi vel tilbake i Bergen by, og jobber videre med materialet – det kommer flere bloggposter på hvilke resultater vi har fått med tid og stunder, så følg med!

Hardbunnsfauna: nytt Artsprosjekt!

I disse dager setter artsprosjektet «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding» (Hardbunnsfauna) i gang for alvor!

Kjappe fakta
Periode: 2019-2021
Prosjektleder: Endre Willassen
Institusjon: Universitetsmuseet i Bergen, Avdeling for naturhistorie, evertebratsamlingen
Samarbeidende institusjoner: NTNU Vitenskapsmuseet, NIVA, Universitetet i Tromsø/UNIS, Naturhistorisk museum UiO, Havforskningsinstituttet, Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences, Heriot-Watt University
Sosiale medier: @Hardbunnsfauna på Instagram og på Twitter

Artsprosjektet finansieres av Klima- og miljødepartementet, og koordineres av Artsdatabanken.

Her finner du Hardbunnsfauna sin hjemmeside hos Artsdatabanken.

Vi har allerede hatt et par dager i felt (det kan du lese om her og her), men i neste uke blir det skikkelig oppstart med workshop på feltstasjonen, besøkende gjesteforskere, feltarbeid og generelt full rulle – vi gleder oss!

Grunne hardbunnshabitater er en av de dominerende naturtypene langs norskekysten. Her finner vi også algebeltet, som huser en særdeles artsrik fauna av ulike evertebratgrupper. Prosjektet vil samle krefter fra et bredt sammensatt norsk og internasjonalt forskningsmiljø for å undersøke hvilke arter som forekommer i hardbunnshabitater langs norskekysten og ved Svalbard.

Artenes forekomst og utbredelse skal kartlegges, og artsinformasjon skal presenteres i nettbaserte databaser. Vi kommer til å jobbe med alle mulige grupper av marine evertebrater, som krepsdyr, bløtdyr, pigghuder og børstemark. Men det vil spesielt bli fokusert på de dårlig kjente dyregruppene Ectoprocta/Bryozoa (mosdyr), Ascidiacea (Sekkdyr) og Porifera (svamp). Materialet vil bli sortert og identifisert, og inngå i museet sine samlinger.

Gamle kjenninger; børstemark, bløtdyr, krepsdyr og nesledyr står fortsatt på “hitlisten” vår

…men denne gjengen – mosdyr, sekkdyr og svamp – skal få ekstra mye oppmerksomhet!

Vi skal fortsette arbeidet med å bygge et validert strekkodebibliotek for arter som forekommer i Norge gjennom NorBOL-nettverket og den internasjonale databasen over genetiske strekkoder (BOLD), hvor hver strekkode også kan kobles tilbake til en organisme (i vårt tilfelle et dyr) i museets samlinger. Dette er viktig, for vi har ofte behov for å kunne gå tilbake til dyret som den genetiske strekkoden kommer i fra for å undersøke ting nærmere – med såpass høy andel uavklarte og ukjente arter som vi finner hos de marine evertebratene* dukker det stadig opp noen nye problemstillinger.

Vi kommer til å tilby masteroppgaver i tilknytning til prosjektet, om noen er interesserte i dette så er det bare å ta kontakt!

Planen er å oppdatere jevnlig underveis i workshopen, så følg med her (og gjerne på Instagram og Twitter også) for å se hva vi finner i neste uke!

Ved evertebratsamlingen har vi nå hele fem artsprosjekt gående, og vi samarbeider naturligvis der vi kan – så medarrangører på denne workshopen er NorHydro og Nakensnegler i Sør-Norge. Du finner en kort presentasjon av de fem prosjektene her.

-Katrine

*for børstemark (Polychaeta) ser det ut for at minst 30 % av diversiteten ikke er skikkelig kjent enda – og det er i de nordiske havområdene, som er verdens kanskje best undersøkte marine områder.  (Les mer om dette her, under poster #485: Alle posterne fra IBOL 2017 er nå tilgjengelige på nett)

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

TangloppeTorsdag: På skriveren i Hamburg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

“Publiser eller forsvinn” hører man ofte i vitenskapelige kretser. Det virker kanskje ikke helt høflig å si til folk at de bare kan forsvinne (fra vitenskapen, altså), men kunnskap vi ikke deler med andre har nokså liten verdi. Vitenskapelige teorier og ideer må testes for at vi kan sjekke om de holder mål, og vi kan ikke teste ting vi ikke vet om. Så kunnskapsdeling er en viktig del av vitenskapen.

Noen ganger kan en låse seg inn på et stille rom og skrive for seg selv i mange uker før verket sendes til en journal eller en forlegger som vil trykke det – men som oftest, og mer så nå enn i tidligere tider, er det flere forfattere for hver minste lille notis i et vitenskapelig tidsskrift. Av og til kan det ta litt av – det finnes visstnok artikler der listen med medforfatternavn var lengre enn selve teksten – men for det meste er det en liten gruppe mennesker som har prøvd å finne ut av noe sammen, og så skriver de om det sammen.

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Å være flere folk som skal bli enige om en tekst kan ha både fordeler og ulemper – vi kan hjelpe hverandre med hva vi kan og hvordan vi kan formulere ting, eller vi kan ende opp med en tekst som ikke helt har samme stil hele veien gjennom. Det er nok mange som har vært med på leker der hele klassen lager en fortelling – en setning fra hver elev – slike historier kan ofte bli morsomme selv om de ikke alltid er helt sammenhengende.

Disse ukene er jeg i Hamburg for å skrive på to artikler sammen med gode kolleger her. Sammen skal vi prøve å si noe fornuftig om amfipodene som finnes rundt Island og langs norskekysten. Er det de samme artene? Har en art som finnes både ved Island og ved norskekysten likt arvemateriale? Lever de på samme måte – på samme dyp, bunntype og i samme vanntemperatur? Det er mange spørsmål vi lurer på, og noen av dem kan vi klare å svare på.

Arbeidet som ligger til grunn for disse artiklene er delvis fra workshopene vi hadde på Espegrend og i Polen (Spała) – og delvis fra alt labarbeidet som har kommet etter disse og andre workshoper, fra prosjektene NorAmph og IceAGE. Begge disse prosjektene ser på strekkode-DNA fra artene som registreres – og dette kan vi se videre på for å finne ut om det vi tror er den samme arten virkelig er det genetisk også.


Uten å foregripe begivenhetene for mye, kan jeg si at vi ser på Eusirider og Amphilohider. Dette er to veldig forskjellige familier amfipoder – Eusiridene er ganske store (de største vi har i våre farvann er opp mot to cm lange, men i dag så jeg noen i samlingene her som var nesten syv cm lange!), de er jegere og er flinke til å svømme. Amphilochidaene er mye mindre (her snakker vi noen få mm i lengde), og for de artene vi vet noe om livet til, lever mange inni eller utenpå andre bunnlevende dyr, eller de spiser pittesmå dyr som sitter fast på bunnen. De er ikke så veldig flinkge til å svømme, men er nok bedre til å gjemme seg innimellom smågrus og sand.

 

Inn en dør og opp en trapp - og inn mange flere dører og opp enda flere trapper... Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Inn en dør og opp en trapp – og inn mange flere dører og opp enda flere trapper… Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Diskusjonene pågår for fullt, både om hva vi egentlig kan si ut fra de dataene vi har, og hvordan vi skal formulere setningene. Det blir lange dager, mye kaffe og mye latter. Det er lurt å sitte sammen på samme kontor – da går både samarbeidet om setningene bedre og ideene får lettere bli til ordentlige teorier. Ikke minst får vi testet is-sjappen nedi gaten – det er akkurat nok dager til at vi kan prøve en ny smak hver dag.

Resultatene? De kommer i artiklene – og kanskje også i en seinere TangloppeTorsdag!

Anne Helene