Category Archives: Studentprosjekter

Studentbesøk: Tiril

I november og desember har vi hatt mange besøkende på laben. En av dem er Tiril, som er femte masterstudent ut på Hardbunnsfauna-prosjektet, med base på NTNU Vitenskapsmuseet. Hun forteller: 

Som masterstudent i Hardbunnsfauna-prosjektet får man lære masse nytt!
I mitt prosjekt ser jeg på ascidier, også kjent som sekkdyr eller sjøpung. Dette er en gruppe ryggstrengdyr som folk flest ikke vet noe særlig om – det gjaldt også meg selv før jeg begynte med oppgaven. Som larver svømmer de rundt som små rumpetroll før de bunnslår og omdanner kroppen helt til en slags filtrerende sekk. Siden de voksne dyrene er fullstendig tilpasset en filtrerende livsstil, gjorde det at man ikke gjenkjente sekkdyr som ryggstrengdyr før 1867, og de var frem til da antatt å tilhøre bløtdyrene. Til tross for at man vet mer nå enn før, så er det fortsatt en understudert gruppe med mange problemer å studere nærmere.

I min oppgave ser jeg på grupper hvor det er taksonomiske utfordringer. I flere tilfeller er det slik at genetiske undersøkelser med DNA-barcoding finner større variasjon enn antatt fra morfologi, og man kan da mistenke at det finnes flere arter enn det som er registrert. Tilfeller av dette finnes i slektene Ascidiella og Botryllus, hvor førstnevnte har to kjente arter i Norske vann (A. aspersa og A. scabra) og den siste har én kjent art (B. schlosseri), hvor begge slektene har flere genetiske klader på genet COI.

Innsamling av sekkdyr på Glesvær utenfor Bergen. Mange ulike arter, både solitære og kolonidannende! Foto: Tiril S. Mathisen

En litt annen side av samme sak er at vi har slekter hvor det er registrert flere arter, men de er vanskelige å identifisere og skille fra hverandre med morfologi. Dette gjelder slektene Botrylloides og Didemnum. I disse slektene er det også registrert arter som ikke hører hjemme i Norske vann, såkalte fremmedarter, som kan være skadelige for norsk natur. I førstnevnte slekt mistenkes det feilidentifisering på grunn av at gruppen er krevende å identifisere samt mangelfull litteratur, slik at utbredelsen trolig er større enn registrert. Ved å gjøre morfologiske undersøkelser og sammenlikne med resultater fra DNA-barcoding, kan forhåpentlig bedre trekk dokumenteres, og gjøre identifikasjon enklere for forskere og vanlige folk, i tillegg til å få bedre oversikt over utbredelsen. I Didemnum er artsidentifisering med morfologi krevende, men det er også vanskelig med molekylære undersøkelser, så her har vi lyst til å få noen gode DNA-sekvenser.

Botryllus schlosseri og Botrylloides leachii side om side på et blåskjell. Hvert ‘kronblad’ i de blomsterliknende strukturene er et individ, kalt zooider. Foto: Tiril S. Mathisen

En isolert zooide fra en koloni av Botrylloides leachii. Dette må gjøres for identifisering av arter. Denne er mellom 1 og 2 mm stor. Foto: Tiril S. Mathisen

Under oppholdet mitt i Bergen samlet vi inn levende materiale og studerte det under stereolupe på laboratoriet. Her fikk jeg god hjelp fra eksperter på gruppen, som var utrolig lærerikt! Fra dette materialet og materiale fra museumssamlingene, tok jeg vevsprøver som ble tatt med til DNA-laben. Der lærte jeg å gjøre DNA-barcoding, og det var gøy å være med på hele prosessen fra levende dyr i havet til DNA-sekvenser på PCen. Nå gjenstår det å tolke resultater og skrive oppgaven. Tusen takk for meg!

-Tiril

Hardbunnsfauna 2021 – årskavalkade

Jeg har rett og slett valgt ut en post fra hver måned i 2021 på Instagram-kontoen til Hardbunnsfauna og brukt det som en kjapp oppsummering på noe av det vi har gjort i år.

Klikk på bildene for å se dem i full størrelse

Følg oss gjerne på @hardbunnfauna!
(samme brukernavn på twitter også)

Januar: Året begynte godt, med feltarbeid i strålende vintervær

Februar: Rapporten vår i fra feltarbeid i Saltstraumen ble publisert

Mars: Workshop-uke på Espegrend sammen med NorChitons og HypCop

April: Barcoding av svamp er i gang, og vi begynner å få resultater på det vi har levert til sekvensering

Mai: Flere prøver til genetisk strekkoding (DNA barcoding), her holdt vi på med små snegler

Juni: Prosjektets første masterstudent fullfører oppgaven sin og gjør en kjempejobb!

Juli: Fjærebingo på vei inn mot fellesferien – vi hørte fra flere som fikk bingo!

August: Feltarbeid i Puddefjorden i forbindelse med SUB sin opprydningsaksjon

September: Deltagelse på stand ute på Os sammen med Havkollektivet

Oktober: Katrine er på tokt med Marano, og poster derfor ikke så mye (dårlig dekning ute til havs) – men det samles kjempespennende prøver til prosjektet, for Mareano går grunnere enn de pleier

November: Vi drar til Haugesund i Halloweenhelga for å være med Slettaa Dykkerklubb når de arrangerer marinbiologikurs

Desember: Innspurt på alle fronter og mange prosjekter som skal rapporteres på – men vi får noen trivelige julegaver i posten (både fysisk og elektronisk) fra ulike folkeforskere – tusen takk!

-Katrine

Sommerkavalkade

Det har vært stille på bloggen dette semesteret – det skyldes delvis at det har vært veldig mye som har blitt publisert på den engelske bloggen (https://invertebrate.w.uib.no/) eller på sosiale medier*, og delvis at vi rett og slett har hatt det travelt!

Koronaen har som kjent gått sin skjeve gang i bølger opp og ned, og vi har – i likhet med de fleste andre – vært mest på hjemmekontor, med litt høyst nødvendig labarbeid innimellom. Nå er det lettet på mange av tiltakene, så de fleste fikk noen uker på kontoret før sommerferien – stor stas å se kollegaer igjen på ekte!

Det har vært begrenset anledning til feltarbeid og å samle større grupper, men en god gjeng kom seg til Sognefjorden i mai. Her var prosjektene AnDeepNor, HypCop, NorHydro og Hardbunnsfauna deltagere.

Team Sognefjord – deltagere fra prosjektene Norhydro, HYPCOP, Hardbunnsfauna og AndeepNor

Hardbunnsfauna (som jeg har best oversikt på, så det blir mest om det her) har startet arbeidet med strekkoding av svamp (Porifera) og mosdyr (Bryozoa), i tillegg til å fortsette kartleggingen av «alt» på grunn hardbunn (nesten, i alle fall! Vi overlater de minste hoppekrepsene til HypCop, leddsneglene til NorChitons, og hydrozoene til NorHydro).

Mosdyr, eller Bryozoa, som vi har sendt prøver av til DNA barcoding/genetisk stekkoding slik at de kan bli en del av NorBOL-biblioteket over arter som finnes i Norge (Fotos: JAK)

Svamp i fra grunt vann – det er ikke alltid helt enkelt å få lurt en genetisk strekkode utav disse, men så langt ser det lovende ut! (Fotos: K. Kongshavn og F. Carvalho)

Vi har også gjort mye arbeid på ulike sneglearter, både på grunt vann og i fra dypere (da mye Mareano-materiale). Denne gjengen er ganske grunne – kanskje treffer du dem i sommer?  Fotos: K. Kongshavn

Det begynner å bli en god del spennende resultater her!

 

Spennende resultater fikk også August, masterstudenten vår (han skrev en post om hva han studerte her), som leverte en knallgod oppgave i mai.

Den fikk tittelen “Using morphology and DNA barcoding to assess species diversity within the isopod genera Jaera, Janira, and Idotea in Norway”. Til høsten starter flere nye studenter** opp med oppgaver knyttet til Hardbunnsfauna-prosjektet, det blir spennende!

Apro pro studenter; gå ikke glipp av de fine bloggpostene Lara, en av studentene på NorHydro-prosjektet, har skrevet på engelsk!

What’s growing on the shell? – Insights into the Diversity of Hydractiniidae in Norway

On the Hunt for Tiny Polyps

Illustrasjon av livssyklusen hos hydractiniider, som kan inkluder ebåde polypp- og medusastadie. Grafikk av Lara Beckmann

Følg oss gjerne på *sosiale medier;

Hardbunnsfauna, som egentlig heter «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding», har hjemmesideTwitter, og Instagram.

NorChitons, “Leddsnegler i Norge”, har hjemmeside,  Twitter og Instagram.

NorHydro, «Norske marine bentiske hydrozoa (polyppdyr)», finnes på Twitter med #NorHydro, og i facebookgruppen Hydrozoan Science.

HYPCOP, «Hoppekreps i hyperbenthos», har hjemmesideTwitterInstagram og facebookgruppe.

-Katrine

(**Om noen flere skulle ha lyst på en masteroppgave med oss på museet så ta kontakt! Send Katrine en epost så kan hun sende dere videre til rette vedkommende. Vi dekker alt fra hoppekreps til hai på det marine 😉)

 

Sletvik 2020

Det begynner å bli en fin tradisjon dette; å pakke bilen full av labutstyr og biologer og dra på roadtrip til trivelige Trøndelag i slutten av oktober.

I år ble det tur 11.-19. oktober. Nederst i innlegget finner du linker til tidligere års ekspedisjoner (på norsk og engelsk).

On the road again… det blir noen timer i bil! Fotos: K. Kongshavn

Sletvik feltstasjon tilhører NTNU, og har alle fasiliteter man trenger for å bedrive både feltarbeid og workshop.

Sletvik feltstasjon i høstsol. Vi hadde stort sett fint vær denne gangen, med unntak av én dag med skikkelig innevær. Foto: K. Kongshavn

Pandemi til tross så kom vi oss av sted i år også – fordelt på to biler fra Bergen, og med en kohort i fra Trondheim. Fra NTNU hadde vi med oss Karstein, Torkild og August (som er masterstudent på Hardbunnsfauna-prosjektet, mer om oppgaven hans her), og i fra Bergen kom Anne Helene, Cessa, Francisca, Jon, Luis, Katrine og Nina. Artsdatabanken, i form av Hauk og Stine, kom også på dagsbesøk for å se og høre mer om hva vi jobber med.

Til sammen var det dermed folk i fra hele fem prosjekter støttet av Artsprosjektet som var på feltarbeid sammen. Mange av oss er involvert i mer enn ett av prosjektene, så det er strålende at vi kan reise sammen på denne måten – det gir effektiv tids- og kompetanseutnyttelse. Og så er det veldig kjekt!

Vi samlet prøver med ulike metoder; denne gangen hadde vi tilgang på båt (lettbåten til Gunnerus for innsamling utenfor Hopavågen, og robåt inne i vågen) som gjorde at vi kunne bruke ulike håndholdte redskaper i fra båten, og fridykkerne fikk kommet seg til litt andre lokaliteter enn vi vanligvis samler på.

Videre håndplukket vi i littoralen på lavvann, jaktet rundt med håv og bøtte, gjorde noen håvtrekk etter plankton, og fikk totalt tatt et titalls stasjoner. Det innsamlede materialet ble broderlig fordelt mellom de to museene, og inngår i de respektive museumssamlingene.

I tillegg er denne uka en ypperlig anledning for de to museene for å byttelåne materiale – siden vi kommer med bil er det enkelt å ta med en kasse eller tre. Så en del tid gikk med på å romstere igjennom materiale i fra Vitenskapsmuseet og UMB – noe var ferdig artsbestemt og ble valgt ut for DNA barcoding, andre prøver var mer usortert og kom kanskje noen hakk nærmere et artsnavn i løpet av uka.


Lynpresentasjon av de fem prosjektene som var på tur, og hva de drev med på Sletvik:

Hardbunnsfauna, som egentlig heter «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding», har hjemmeside, Twitter, og Instagram.
Vi arbeider i utgangspunktet med alle gruppene av evertebrater(!) som vi finner i fra strandsonen og ned til ca 40 meter, med spesielt fokus på  svamp (Porifera), sekkdyr (Ascidiacea) og mosdyr (Bryozoa) – men også omfattende arbeid på krepsdyr (bl.a. Isopoder, som August skriver sin masteroppgave på), børstemark (polychaeta), bløtdyr (mollusca) og pigghuder (Echinodermata). Denne uka på Sletvik hadde vi fokus på å få laget ferdig flere plater med vevsprøver til genetisk strekkoding (som gjøres gjennom NorBOL, Norwegian Barcode of Life); det ble en plate med havedderkopper (med litt supplering av dypere materiale, det er ikke SÅ mange arter av dem på grunt vann), og en halv plate med amfipoder – her ble den andre halvdelen fylt av HYPCOP.

Noen av “de utvalgte” amfipodene til genetisk strekkoding. Fotos: K. Kongshavn

Havedderkopper, Pycnogonida, til genetisk strekkoding (Fotos: K. Kongshavn)

Vi ville også samle ferskt materiale i fra mer eksponerte lokaliteter i nærområdet – her fikk vi knallgod uttelling på å ha så mange flinke fridykkere i vannet – spesielt de to siste stasjonene var helt strålende!

Fridykkere på vei i vannet. Foto: Torkild Bakken

Vi fikk bråstopp i planene om arbeid med svamp (porifera) da Hans Tore Rapp gikk bort så alt for tidlig i mars. Men Hans Tore etterlater seg en fantastisk arv i studentene sine, og vi på museet er så heldige at vi har fått Francisca Carvahlo med på laget; hun ble fast ansatt from tekniker hos oss i august, og disputerte for doktorgraden sin på svamp den 27. november.

På Sletvik begynte hun å se på materialet i fra tidligere Hardbunnsfauna-feltarbeid; det er møysommelig arbeid å artsbestemme svamp, for mange av dem må man lage mikroskoppreparater av spiklene for å kunne slå fast hvilken art man har.

Det pågående prosjektet med å plukke arter vi ikke har barcodet enda fortsetter også, spesielt av små snegl og ulike krepsdyr. Vi har gjort ganske mye genetisk strekkoding i prosjektet nå, men hver gang vi får resultater så dukker det frem flere nye spennende problemstillinger, og i omtrent hver prøve vi detaljopparbeider så dukker det opp en art vi ikke har enda. «More research is needed», indeed.

 

NorAmph2, «Lysianassoidea i Norge», har hjemmeside her, og blogger på TangloppeTorsdag. Hovedmålet med NorAmph2 er å samle inn og DNA-strekkode så mye av mangfoldet av de Lysianassoide amfipodene i Norge som mulig. Prosjektet skal både bruke museumsmateriale og samle inn nytt materiale. Dette er en av de store gruppene av små åtseletere vi har i havet, og innsamlingen av nytt materiale foregår derfor ved å sette ut feller med åte. Dette kan være alt fra små, hjemmelagete og håndutsatte feller til store rigger som settes ut i dyphavet med timelapse-kamera og elektronisk utløst tilbakekomst til overflaten. På Sletvik brukte vi den første varianten. I pollen rett nedenfor stasjonen har NTNU en liten robåt, og med ro-hjelp fra artsdatabankens besøkende og studenten på workshoppen ble to feller satt ut på forskjellige (grunne) dyp. Disse ble tatt inn to dager seinere, da med hjelp fra Luis – som fikk sin første kjennskap med kunsten å ro, noe han fikk til med god stil! I tillegg satte vi ut en felle i fjorden – der gikk vi så langt i hjelpemiddelbruk til å ha stor motor på båten vi brukte. Her kan du lese mer om Lysianassoider: Scavengers in the ocean

HYPCOP, «Hoppekreps i hyperbenthos», har hjemmeside, Twitter, Instagram og facebookgruppe. Dette er det nyeste av prosjektene, og de hadde derfor ikke så mye materiale i fra denne landsdelen i fra før. Dermed var hovedfokus på å samle inn og sortere opp materiale i fra ulike habitater i nærområdet – og å fotodokumentere dyrene før fiksering, da fargetegningene på dyrene ofte blekner eller forsvinner når de fikseres.

HYPCOP på vei til innsamling (foto: K. Kongshavn)

HYPCOP er heldige i det at det finnes copepoder så godt som over alt, så de fikk sikret seg materiale i fra samtlige av stasjonene som det ble samlet inn i fra. 60 individer ble fotografert og vevsprøvetatt for DNA barcoding.

NorHydro, «Norske marine bentiske hydrozoa (polyppdyr)», finnes på Twitter med #NorHydro, og i facebookgruppen Hydrozoan Science. På dette feltarbeidet fokuserte NorHydro spesielt på en lite undersøkt gruppe av polyppdyr, de i ordenen Anthoathecata. Disse polyppdyrene er generelt mer skjøre (og derfor lettere oversett) enn andre hydrozoer fordi de mangler eksoskelett i kitin rundt polyppene, men heldigvis for prosjektet var det flere arter i Sletvik, inkludert medlemmer av familiene Corynidae, Bougainvilliidae, Cladonematidae og Oceaniidae. Faktisk, i et par lokaliteter fikk vi gode prøver av den ganske uvanlige arten Corydendrium dispar, som vi fremdeles ikke har DNA-strekkode fra.

Noen av hydroidene samlet i forskjellige lokaliteter i Orkland kommune. Til venstre Bougainvillia muscus, til høyre Coryne pusilla. Foto: L. Martell

NorChitons,  “Leddsnegler i Norge”, har hjemmeside,  Twitter og Instagram. Norchitons kartlegger bløtdyrgruppen leddsnegl (Polyplacophora) i Norge.  For Norchitons ble det en effektiv uke på Sletvik med innsamling av mye ferskt materiale.

Det ble samlet inn materiale fra de fleste av artene som finnes på grunt vann i Norge, og mange spesielt store vakre individer ble hentet opp. Noen representative individer ble fotografert for bruk som illustrasjonsbilder til bestemmelsesnøkler.  

Noen av individene vi samlet var usedvanlig digre! Foto: K. Kongshavn

Leddsnegl som har blitt samlet inn tidligere gjennom andre artsprosjekt ved NTNU ble også sortert og identifisert. 

Utvalgte individer fra dette materialet og materialet som ble samlet inn under oppholdet på Sletvik vil bli brukt til DNA barcoding. 

 

 

 

– Katrine, Anne Helene, Cessa, Luis og Nina


Tidligere bloggposter fra Sletvik:

Sletvik 2016 del I

Sletvik 2016 del II: Fotogene børstemark

Sletvik 2016 del III: fersk-innsamling av amfipoder!

Sletvik 2019: Field season’s end

Studentbesøk – August

Sammen med nyinnsamlet materiale utgjør museenes vitenskapelige samlinger forskningsmaterialet som denne masteroppgaven bygger på. De nye prøvene vil etter hvert også inngå i samlingen, og dermed bli en del av tilgjengelig forskingsmateriale for fremtidige studier.

Universitetsmuseene bidrar til å utdanne studenter med kompetanse på ulike dyregrupper. Flere av disse studentoppgavene hos oss lages i forbindelse med prosjekter vi har gående. For tiden er det flere studenter ved UM som arbeider med masteroppgaver basert på prosjektene som er støttet av Artsprosjektet.

De siste to ukene har vi hatt en av studentene som er tilknyttet Hardbunnsfauna-prosjektet på studiebesøk i fra NTNU vitenskapsmuseet, og vi ba ham skrive litt om hva han jobber med. Vi gir ordet til August:

 

 

Gjennom prosjekter som Hardbunnsfauna  kommer man over de rareste dyr som kryper rundt vår langstrakte kyst, og blant alle våre fantastiske evertebrater finnes det en orden som uten tvil er kulere enn de andre.

Jeg snakker her så klart om isopodene (også kalt tanglus på norsk).

Det er registret 184 arter av isopoder i Norge per i dag – det reelle tallet er antakelig noe høyere. Kilde: Artsdatabanken Og ja, tusselus/kaffedyr/skrukketroll er også isopoder, om noen syntes de ligner! Fotos: K. Kongshavn

Fargerike isopoder (de som er flattrykket ovenfra og ned) og amphipoder (flattrykket fra sidene)) samlet i fra Hjellestad marina.

Disse krepsdyrene er så utrolig fascinerende at jeg har valgt å skrive min masteroppgave om dem som en del av Hardbunnsfauna-prosjektet. Innad i ordenen Isopoda har jeg valgt å fordype meg i familiene Idoteidae  og Janiridae, med fokus på arter i slektene Idotea (Fabricius, 1798), Jaera (Leach, 1814) og Janira (Leach, 1814).

Målet med denne masteroppgaven er å undersøke utbredelsen  og artsdiversiteten til isopod-arter som er tilknyttet grunn hardbunn i Norge. I tillegg til dette skal jeg benytte DNA strekkoding (DNA barcoding) som et verktøy for å kunne si mer om den genetiske diversiteten i en av slektene: En stor del av mitt prosjekt går ut på å utforske utbredelsen av 4 arter i slekten Jaera, nemlig Jaera albifrons (Leach, 1814), Jaera praehirsuta (Forsman, 1949), Jaera ischiosetosa (Forsman, 1949) og Jaera forsmani (Bocquet, 1953). Ettersom disse artene ikke er større en ca 2mm og ser veldig like ut, er de vanskelig å skille fra hverandre.

Feltarbeid i fjæra i Trøndelag (f.v. Tuva, August og Luis). Foto: Per Gätzschmann, CC-BY-SA

I Artskart er det kun oppført observasjoner av Jaera albifrons, og jeg har en liten mistanke om at noen av disse observasjonene kan være en eller flere av de andre artene.

For å finne ut mer om disse artene må jeg ut i felt for å samle inn prøver for så å undersøke dem under lupa på lab. Jeg håper å kunne bidra til en bedre forståelse av hvor man kan forvente å finne disse artene i Norge, samt å si mer om hvor forskjellige de egentlig er basert på genetiske data.

 

 

-August Rustad Nymoen

 

Vi takker for hyggelig besøk, og gleder oss til å se hva arbeidet med masteroppgaven avdekker!