Author Archives: katrine

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

Feltarbeid i Haugesund

Glimt i fra DiveCamp i Haugesund – bilder fra Cessa Rauch og Anders Schouw

I begynnelsen av juli dro Cessa sammen med folkeforsker Anders  (“citizen scientist” – i dette tilfellet har han nå også en doktorgrad 😉 ) til Haugesund. 

Der arrangerte Slettaa Dykkerklubb Haugaland  (facebookgruppe og nettside) DykkeCamp, med mange ivrige dykkere i vannet. Disse ble invitert til å bidra til artsprosjektet på Nakensnegler i Sør-Norge gjennom inspirerende av foredrag av Cessa.

Dykkerne ble så utstyrt med samleglass før de hoppet i havet, og jaktet opp hele 22 ulike arter med nakensnegler!

Cessa har skrevet en utfyllende bloggpost med mange flotte bilder over på den engelske bloggen, klikk deg over dit for å lese

Hvis du vil ha siste nytt om artsprosjektet om nakensnegler i Sør-Norge så anbefales det å bli med i Facebook-gruppen deres, som stadig oppdateres med flotte bilder og ny informasjon. Den finner du her!

Gratulerer med den internasjonale børstemarkdagen!

Første juli er – som de foregående tre årene – dagen for feiring av “havets meitemark”

Terebellidae Photo K Kongshavn © UiB

Kaffekopp til inspirasjon…teksten er “Ooooh, let’s name the species, the species, the species! Let’s name the species that live in the seaaa!” (i fra Oppdrag Nemo), og dyrene er arter vi har beskrevet.

Tradisjonen begynte som en minnemarkering for Kristian Fauchald, en markant personlighet i “polychaetologenes” sirkler. Han gikk bort i 2015, hvor han ville fylt 80 år den 1. juli.

Du kan lese mer om Kristian og om børstemarkdagen her: The 1st International Polychaete day (på engelsk).

Andre tidligere poster i fra oss finner du her

2016 (norsk)

2017 (engelsk)

Polychaetologer – børstemarkforskere – feirer dagen med ulike arrangementer over hele verden, og på Twitter – følg #PolychaeteDay  for mer børstemarkfakta enn du visste at du trengte! (man trenger forøvrig ikke Twitter-konto for å se bidragene).

Her på evertebratavdelingen feirer vi dagen med bilderike bloggposter – og en oversikt over publikasjoner som folk i fra avdelingen er delaktige i.

Børstemarkene (Polychaeta) er en gruppe vi har arbeidet mye med både lokalt på Universitetsmuseet, og sammen med partnere i norske, skandinaviske og globale prosjekter. Børstemark finner vi i fra fjæra og helt ned til de største havdypene. De har mange ulike levevis; planktoniske, aktive svømmere, fastsittende filtrerere, jegere, åteseletere og parasitter. De er ofte tallrike, og viktige bidragsytere i næringnettene i havet.

Norske havområder er blant de best studerte i verden, men like fullt er det mye vi ikke vet. Per i dag er det registrert 726 arter av børstemark i norske farvann (mer om det her) – men det reelle tallet er nok adskillig høyere.

Arbeidet med å nøste opp i dette er allsidig, og i høyeste grad et resultat av nasjonalt og internasjonalt samarbeid. For å få en bedre forståelse av artsdiversiteten i gruppen går vi i gjennom store mengder museumsmateriale, vi sørger for egne nyinnsamlinger (særlig der de store prosjektene ikke går) og sikring av materiale i fra diverse prosjekter (som Mareano og SponGES), vi er tungt involverte i flere Artsprosjekt, vi utfører omfattende genetisk barcoding gjennom NorBOL (for norsk materiale) og MIWA (for materiale i fra vestkysten av Afrika), vi arrangerer workshops, veileder studenter, tilrettelegger for gjesteforskere, og vi samarbeider med spesialister over hele verden.

Børstemarkforskere er en hyggelig gjeng, og hvert tredje år samles de på den Internasjonale børstemarkkonferansen (IPC), som har blitt arrangert 12 ganger nå. Vi har tidligere blogget i fra IPC11 (Sydney), og IPC12 (Cardiff). IPC 13 blir neste år, i California: her er hjemmesiden til konferansen

En av konklusjonene vi har kommet til etter alt arbeidet på norsk materiale er at minst 30% av artsdiversiteten i Norge for denne gruppen fortsatt er ukjent.

Det kan du lese mer om i børstemarkposteren vi hadde med oss til IBOL-konferansen i november 2017, du finner mer om du ruller ned til teksten om poster #485, Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy her.


At det finnes mange arter vi fortsatt ikke har oppdaget ble igjen understreket i den nyeste artikkelen vi er involvert i, og som kom ut i forrige uke:
Nygren A, Parapar J, Pons J, Meißner K, Bakken T, Kongsrud J.A., et al. (2018) A mega-cryptic species complex hidden among one of the most common annelids in the North East Atlantic.
PLOS ONE 13(6): e0198356. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198356 (Denne er tilgjengelig med Open Access via linken).

Her tar forfatterne for seg én slekt  – Terebellides – i fra nord-øst i Atlanterhavet, og konkluderer med at om du plukker opp et dyr i fra denne slekta så er det mer sannsynlig at det er en ubeskrevet art enn en som er beskrevet..!

Terebellides sp Arne Nygren CC-BY-SA


Lyst til å lese mer? Her er fagfellevurderte børstemarkpublikasjoner som ansatte ved avdelingen er (med)forfattere av:

Ampharete undecima. For å beskrive den nye arten har vi brukt ulike teknikker, her er et foto tatt med elektronscanningsmikroskop. Foto: K. Kongshavn

Alvestad, T & Budaeva, N (2015) Neosabellides lizae, a new species of Ampharetidae (Annelida) from Lizard Island, Great Barrier Reef, Australia.  Zootaxa 4019 (1): 061–069

Alvestad, T., Kongsrud, J.A., Kongshavn, K. (2014) Ampharete undecima, a new deep-sea ampharetid (Annelida, Polychaeta) from the Norwegian Sea. Memoirs of Museum Victoria 2014; Volume 71. pp. 11-19

Arias A., Paxton H., Budaeva N. 2016. Redescription and biology of Diopatra neapolitana (Annelida: Onuphidae), a protandric hermaphrodite with external spermaducal papillae. Estuarine, Coastal and Shelf Science 175: 1–17. http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2016.03.002

 

Scalibregma hanseni, som ble beskrevet i fra norske farvann i 2014 (Bakken, T., Oug, E., Kongsrud, J.A. (2014). Foto: K.Kongshavn

Bakken, T., Oug, E., Kongsrud, J.A. (2014) Occurrence and distribution of Pseudoscalibregma and Scalibregma (Annelida, Scalibregmatidae) in the deep Nordic Seas, with the description of Scalibregma hanseni n. sp. Zootaxa 2014 ; Volume 3753.(2) pp. 101-117 DOI: http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.3753.2.1

Budaeva, N. (2014) Nothria nikitai, a new species of bristle worms (Annelida, Onuphidae) from the Gulf of Aden, Indian Ocean. Marine Biodiversity 2014, DOI:10.1007/s12526-014-0244-1

Budaeva, N., Jirkov, I., Savilova, T., Paterson, G. (2014) Deep-sea fauna of European seas: An annotated species check-list of benthic invertebrates living deeper than 2000 m in the seas bordering Europe. Polychaeta. Invertebrate Zoology 2014 ;Volum 11.(1) s. 217-230

Budaeva, N., Pyataeva, S., Meissner, K. (2014) Development of the deep-sea viviparous quill worm Leptoecia vivipara (Hyalinoeciinae, Onuphidae, Annelida). Invertebrate biology. 2014; Volume 133.(3) s. 242-260

Budaeva N., Schepetov D., Zanol J., Neretina T., Willassen E. (2016) When molecules support morphology: Phylogenetic reconstruction of the family Onuphidae (Eunicida, Annelida) based on 16S rDNA and 18S rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution 94(B): 791–801.   http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.011 

Nothria otsuchiensis. Photo by N. Nudaeva

Eilertsen, M., Georgieva, M., Kongsrud, J.A, Linse, K., Wiklund, H.G., Glover, A., Rapp, H.T. (2018). Genetic connectivity from the Arctic to the Antarctic: Sclerolinum contortum and Nicomache lokii (Annelida) are both widespread in reducing environments. Scientific Reports 8:4810 | DOI:10.1038/s41598-018-23076-0

Eilertsen, M., Kongsrud, J.A, Alvestad, T., Stiller, J., Rouse, G., & Rapp, H.T (2017). Do ampharetids take sedimented steps between vents and seeps? Phylogeny and habitat-use of Ampharetidae (Annelida, Terebelliformia) in chemosynthesis-based ecosystems. BMC Evolutionary Biology. 17. 222. Doi: 10.1186/s12862-017-1065-1.

To nye arter beskrevet i fra Lokeslottet – en ble kalt opp etter vår gode venn Christoffer Schander, og en fikk navn etter “smilet” den har

Kongsrud J.A., Eilertsen M.H., Alvestad T., Kongshavn K., Rapp HT. (2017) New species of Ampharetidae (Annelida: Polychaeta) from the Arctic Loki Castle vent field. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 137: 232-245. doi: 10.1016/j.dsr2.2016.08.015

Kongsrud, J.A., Budaeva, N., Barnich, R., Oug, E., Bakken, T. (2013) Benthic polychaetes from the northern Mid-Atlantic Ridge between the Azores and the Reykjanes Ridge, Marine Biology Research, 9:5-6, 516-546, DOI: 10.1080/17451000.2012.749997

Oug, E., Bakken, T. & Kongsrud, J.A. (2014) Original specimens and type localities of early described polychaete species (Annelida) from Norway, with particular attention to species described by O.F. Müller and M. Sars. Memoirs of Museum Victoria 71, 217-236 http://doi.org/10.24199/j.mmv.2014.71.17

Oug, E., Bakken, T., Kongsrud, J.A., Alvestad, T. (2016) Polychaetous annelids in the deep Nordic Seas: Strong bathymetric gradients, low diversity and underdeveloped taxonomy. Deep-sea research. Part II, Topical studies in oceanography. 137: 102-112. Publisert 2016-07-06. doi: 10.1016/j.dsr2.2016.06.016

Parapar, J., Kongsrud, J.A., Kongshavn, K., Alvestad, T., Aneiros, F., Moreira, J. (2017). A new species of Ampharete (Annelida: Ampharetidae) from the NW Iberian Peninsula, with a synoptic table comparing NE Atlantic species of the genus. Zoological Journal of the Linnean Society, zlx077,https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlx077

Queiros JP, Ravara A, Eilertsen MH, Kongsrud JA, Hilário A. (2017). Paramytha ossicola sp. nov. (Polychaeta, Ampharetidae) from mammal bones: reproductive biology and population structure. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 137: 349-358. https://doi.org/10.1016/j.dsr2.2016.08.017

Vedenin A., Budaeva N., Mokievsky V., Pantke C., Soltwedel T., Gebruk A. (2016) Spatial distribution patterns in macrobenthos along a latitudinal transect at the deep-sea observatory HAUSGARTEN. Deep-Sea Research Part I 114: 90–98. http://dx.doi.org/10.1016/j.dsr.2016.04.015  

Her kommer en bonus i form av disse flotte bildene (stort sett tatt av Arne Nygren under feltarbeidet vi hadde på Sletvik i Trøndelag i 2016), enjoy og god børstemarkdag!

Avspark for feltarbeidet på prosjektet Nakensnegler i Sør-Norge!

Vi har lagt ut den første bloggposten i fra Artsprosjektet Nakensnegler i Sør-Norge på den engelske versjonen av bloggen, den finner du her:

Fieldwork and Friendship

Her får du vite mer om prosjektet, det første feltarbeidet (som var i Drøbak i mai), folkeforskning (citizen science), og om nakensnegler! For interesserte kan det også være verdt å få med seg prosjektets nystartede Facebookgruppe, som du finner her.

En smakebit i fra feltlivet (bilder bl.a. fra Nils Aukan, Anders Schouw, Manuel Malaquias og Cessa Rausch)

Maitokt 2018

Onsdag i forrige uke var vi ute med R/V Hans Brattstrøm i fjordene rundt Bergen.

Vi skulle samle nye amphipodprøver til Chistine sin masteroppgave (som er en del av Artsprosjektet NorAmph), Hydrozoa til artsprosjektet HYPNO, og nye prøver til NorBOL.

Det er mye liv i sjøen!

Det var folksomt ombord denne gangen; I tillegg til tre fra avdelingen og masterstudent Christine vi hadde med oss to niendeklassinger på arbeidsuke. Trivelig, og veldig effektivt med så mange hender!

I løpet av uka fikk de et innblikk i ulike aktiviteter ved evertebratavdelingen gjennom å være med på DNA-laben, sortere og fotografere dyr i fra prøver, denne dagen i felt, studering av levende planktonprøver i lupa, og noen timer på scanningelektronmikroskopet.

Et av dyrene vi fanget (en amphipod) fotografert: først i lupe med stacking av flere bilder oppå hverandre for størst mulig bildedybde, og videre forstørret i elektronmikroskopet (fotos: K.Kongshavn)

Vi hadde en fin dag på tokt, og fikk samlet to slede- og planktontrekk, og grabbhugg i fra to stasjoner. Vi fortsetter på sorteringsjobben, og plukker spennende dyr til de respektive prosjektene.

Takk for besøket og for hjelpen til gutta, det var kjekt å ha dere her!