Author Archives: katrine

Universitetsmuseet på den syvende internasjonale barcode of life (iBOL) konferansen

20.-24. november gikk den syvende iBOL-konferansen av stabelen på tidenes kanskje flotteste konferansested*; på Skukuza rest camp, inne i Kruger nasjonalpark i Sør-Afrika!

 

 

 

Vertskap for konferansen var the African Centre for DNA Barcoding (University of Johannesburg, South Africa) og the Department of Environmental Affairs (SA).

iBOL 2017 samlet 450 deltagere i fra 73 land, og dekket et bredt utvalg av tema i fra matsikkerhet via antikrypskytingstiltak til sommerfuglidentifisering.

Naturlig nok var hovedfokuset på praktisk bruk av genetisk barcoding, men det var også mange spennende foredrag om nye metoder. Det har blitt laget en fin oppsummering av hvilke tema som ble behandlet, denne artikkelen finner du her (open access)

Deltagerne på iBOL2017. Foto: J. Potgieter

Norge var sterkt representert på konferansen med hele 23 bidrag fra 15 deltakere. Omtaler av noen av disse bidragene vil bli presentert på http://www.norbol.org i ukene fremover.

Tom, Jon og Katrine underveis til Kruger

I fra Universitetsmuseet i Bergen deltok Tom, Jon og Katrine. Sammen med Lloyd i fra Ghana, som har jobbet mye på MIWA-prosjektet sammen med oss, så hadde vi med fem postere og tre lynpresentasjoner i bagasjen.

Tom, Katrine, Jon og Lloyd

Postere i fra Universitetsmuseet

Våre fem postere

Barcoding of marine invertebrates from Norway through NorBOL.
Katrine Kongshavn, Jon A. Kongsrud, Tom Alvestad, Endre Willassen

Investigating the marine invertebrate fauna of the West African continental shelf with DNA barcodes.
Endre Willassen, Jon A. Kongsrud, Katrine Kongshavn, Manuel A.E. Malaquias, Tom Alvestad

Building a comprehensive barcode reference library of the Norwegian Echinodermata through NorBOL – an ongoing effort.
Tom Alvestad, Katrine Kongshavn, Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Kennet Lundin, Hans T Rapp, Endre Willassen

Diversity and species distributions of Glyceriformia (Annelida, Polychaeta) in shelf areas off western Africa.
Lloyd Allotey, Tom Alvestad, Jon A Kongsrud, Akanbi B Williams, Katrine Kongshavn, Endre Willassen

Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy.
Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Eivind Oug, Tom Alvestad, Arne Nygren, Katrine Kongshavn, Nataliya Budaeva, Maria Capa, Endre Willassen

Fem minutter, sa du..? #inn-og-utpust

 

Lynpresentasjoner er fem minutters taletid hvor man får presentere posteren sin i plenum; dette kom godt med, da det var såpass mange påmeldte postere at det var helt umulig å lese seg igjennom samtlige i løpet av konferansen. Posterne vil også bli gjort tilgjengelige på konferansens nettside i nærmeste fremtid

 

 

 

Lloyd presenter resultater på diversiteten av glyceriforme børstemark i fra vestkysten av Afrika

Tom presenterer foreløpige resultater på oppbyggingen av et komplett strekkodebibliotek for norske pigghuder

Katrine presenterer fremdriften i barcoding av marine evertebrater

Vi hadde en helt fantastisk uke i Kruger, tusen takk til arrangørene som gjorde en flott jobb!

*iBOL avholdes annenhvert år, og iBOL 2019 blir i….. *trommevirvel*….. Trondheim! Det kan du lese mer om her.

Innsamlingstur i Drotningsvik med NDF

I helgen arrangerte Norges dykkerforbund (NDF) instruktørkurs i marinbiologi ute på Espegrend marinbiologiske stasjon.

Jeg tok kontakt med arrangøren for å høre om det kunne passe at jeg kom ut og holdt et lite foredrag om genetisk strekkoding av marine dyr (og planter) i Norge gjennom NorBOL-prosjektet – og om jeg kunne få plukke dyr i fra prøvene de samlet.

Begge deler var velkomment, så jeg tilbrakte en dag i strålende høstvær sammen med en entusiastisk og kunnskapsrik gjeng.

Vi begynte dagen ute på Espegrend, hvor de hadde foredrag med gjennomgang av de ulike dyregruppene, og jeg fikk spredd det glade strekkodingsbudskap.

Etter lunsj pakket vi oss av sted til Drotningsvik utenfor Bergen, hvor deltagerne hoppet i havet.

Dykker (med nett) på vei uti

Naturlig nok har en anledning til å være mer spesifikk i hva en samler inn, og skånsom i behandlingen av prøven når man plukker for hånd, enn om en samler inn med diverse redskap i fra båt (med unntak av å bruke ROV, som er dyrt og ofte tidkrevende, og oftest forbeholdt adskillig større dyp en 0-30 m!)

Dermed var det flott at vi kunne supplere med litt kystnært, grunt materiale på denne måten. Dette har vi skrevet en del om tidligere, i forbindelse med at vi ble med Studentenes Undervannsklubb (SUB-BSI) på et tareskogdykk i 2015 – det kan du lese mer om her.

Vi hadde fått lånt oss noen finmaskede nett som de kunne legge fangsten i underveis, og dermed fikk vi opp en hel masse som vanligvis ville ha stukket av på veien.

Innsamling i fra båt; Bruk av (øverst f.v.) trekanstskrape, [trålprøve], grab, ROV, taretrål, RP-slede, grab, planktonhov, [en gjørmete grabbprøve)], trål og RV G.O. Sars

Jeg måtte le litt da først dykkerpar til overflaten utbrøt – med et stort glis – at dette var det mest nerdete de noensinne hadde gjort… og at det var skikkelig gøy! (velkommen etter!)

Fangsten fordeles og studeres på land

Vi brukte ganske mye tid på kaien på å se på fangsten, før vi pakket alt med oss (og jeg trodde bilene var fulle på veien ut..!) og dro mot laben.

Vi måtte innom SUB en tur for påfyll av flaskene til neste dags dykk på veien, så det var blitt langt utpå ettermiddagen før vi kom i gang på laben – men med smågodt og spennende dyr så holdt folk koken utover kvelden på imponerende vis.

Pigghudbøtte – det ble noen store dyr også!

God fangst!

Labarbeid

Jo lengre en står og kikker, jo mer finner man…

(alger), sekkedyr, mosdyr, nakensnegler (minst 3 arter), sjøhare, andre snegl, hydrozoer, anemoner – hva ser du?

Til NorBOL fikk jeg blant annet plukket med meg noen tarestilker med enormt mye påvekst (bryozoa, hydrozoa, tunikater etc.):

Vi fikk også tatt ut en del nakensnegler til Manuel, som har fått tildelt Artsprosjektmidler – deriblant en vanvittig flott Flabellina pedata, en stor og mange små Onchidoridae og mange Limacia clavigera.

Jeg snappet også til meg en fra del diverse andre grupper – «bøtta med det rare i» står på kjølerommet og venter på sortering.

Her er bilder jeg har fått i fra Anders Schouw av en del av dyrene vi fant:

Nakensneglen Flabellina pedata

Nakensnegle i familien Onchidorididae

Nakensneglen Limacia clavigera, og en mosdyrkoloni (øverst)

Sjøhare, Aplysia punctata

Kolonisekkedyr og snegl på en rød alge

En av “spaghettimarkene”, en Eupolymnia nebulosa

Jeg har fått et par bilder i fra dykkingen på søndagen også – deler disse to, for se så flott!

Anemonen Anemonia viridis

Anemone og snegl på sjøgress

Takk for turen!

-Katrine

Isopoder fra MAREANO til barcoding

Vi har etter hvert sendt inn en del isopoder (“tanglus”) til barcoding, og begynner å se noen interessante problemstillinger som det bør nøstes litt i.

Men vi er enda langt unna å ha tatt alle artene (i følge Artdatabanken er det ca 210 arter i Norge), så nå har jeg gått løs på små isopoder som MAREANO har samlet og artsbestemt, og plukket ut arter som vi så langt ikke har barcodet gjennom NorBOL. Siden dyrene er så små så blir ofte det ofte til at hele individet – minus tarmen, og det er et lite eventyr å unngå..! – blir vevsprøve i disse tilfellene.

Da er det greit at det ble tatt ekstra detaljerte bilder, så jeg har sittet i skumringen på fotorommet vårt og forhandlet med små dyr som ikke nødvendigvis er med på å skulle ligge med hodet mot venstre og ryggsiden opp… Men bilder blir det! Det blir spennende å se hvilke resultater vi får her, forhåpenligvis blir det mange sekvenser.

Her er dagens fotomodeller (klikk for å se større bilde):

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Elpidia belyaevi – en ny art for BOLD!

Like før sommeren postet vi om dyrene som var på vei til sekvensering i Canada. En av artene var den sjarmerende, lille sjøpølsen som var identifisert som Elpidia glacialis. Vi holdt døren åpen for at det muligens var en av de andre Elpidia-artene, da våre to individer både var samlet inn på svært store dyp (2400 m), og var markant mye «tjukkere» enn E. glacialis vanligvis er. Siden ferien nærmet seg med stormskritt bestemte vi oss for å vente med å dobbeltsjekke identifiseringen til etter sekvenseringen.

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Vi fikk sekvenser på begge dyrene, og disse – sammen med morfologien og dypet de var funnet på – indikerte at det var på sin plass å studere dyrene en gang til (det er da det er veldig fint at vi tar vare på de vevsprøvetatte dyrene som vouchere i museumssamlingen).

Da ser man blant annet på formen og distribusjonen av små kalkplater i huden på dyret (ossikler).

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans "Kunstformen der Natur" (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker "spikermatter" etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans “Kunstformen der Natur” (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker “spikermatter” etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Tom har derfor sett nærmere på dyrene i forhold til nyere bestemmelseslitteratur (Rogacheva 2007), og de stemmer overens med E. belyaevi. Dermed ble det allikevel en ny art for NorBOL (vi hadde ingen av Elpidiaene fra før) – og tilsynelatende også for hele BOLD-databasen!

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Nå skal vi jakte i samlingene og se om vi ikke har egnet materiale av det som faktisk er E. glacialis: Hvis den da egentlig finnes i Norge? Typelokaliteten til E. glacialis er oppe ved Novaja Zemlja, men den har blitt ansett for å ha global utbredelse og finnes i fra 90 – 9700m (!), så den er naturlig nok rapportert i fra Norge også – men det hadde vært veldig spennende å se nærmere på hvorvidt det som kalles E. glacilis rundt i verden faktisk er samme art – eller om det er mange ulike.

Her kan barcodingen være til hjelp, hvis det finnes egnet materiale. Vi kommer også til å lete etter slektningen E. heckeri, som Rogacheva (2007)  fant i flere av de norske prøvene (som dessverre har vært på formalin..). Forhåpentligvis får vi med oss en eller flere av disse artene også i strekkodebiblioteket for Norge.


Referanse:

Revision of the Arctic group of species of the family Elpidiidae (Elasipodida, Holothuroidea)

Antonina V. Rogacheva

Pages 367-396 | Received 21 Dec 2007, Published online: 13 Dec 2007

http://dx.doi.org/10.1080/17451000701781880