Category Archives: Pågående prosjekter

Isopoder fra MAREANO til barcoding

Vi har etter hvert sendt inn en del isopoder (“tanglus”) til barcoding, og begynner å se noen interessante problemstillinger som det bør nøstes litt i.

Men vi er enda langt unna å ha tatt alle artene (i følge Artdatabanken er det ca 210 arter i Norge), så nå har jeg gått løs på små isopoder som MAREANO har samlet og artsbestemt, og plukket ut arter som vi så langt ikke har barcodet gjennom NorBOL. Siden dyrene er så små så blir ofte det ofte til at hele individet – minus tarmen, og det er et lite eventyr å unngå..! – blir vevsprøve i disse tilfellene.

Da er det greit at det ble tatt ekstra detaljerte bilder, så jeg har sittet i skumringen på fotorommet vårt og forhandlet med små dyr som ikke nødvendigvis er med på å skulle ligge med hodet mot venstre og ryggsiden opp… Men bilder blir det! Det blir spennende å se hvilke resultater vi får her, forhåpenligvis blir det mange sekvenser.

Her er dagens fotomodeller (klikk for å se større bilde):

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Elpidia belyaevi – en ny art for BOLD!

Like før sommeren postet vi om dyrene som var på vei til sekvensering i Canada. En av artene var den sjarmerende, lille sjøpølsen som var identifisert som Elpidia glacialis. Vi holdt døren åpen for at det muligens var en av de andre Elpidia-artene, da våre to individer både var samlet inn på svært store dyp (2400 m), og var markant mye «tjukkere» enn E. glacialis vanligvis er. Siden ferien nærmet seg med stormskritt bestemte vi oss for å vente med å dobbeltsjekke identifiseringen til etter sekvenseringen.

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Vi fikk sekvenser på begge dyrene, og disse – sammen med morfologien og dypet de var funnet på – indikerte at det var på sin plass å studere dyrene en gang til (det er da det er veldig fint at vi tar vare på de vevsprøvetatte dyrene som vouchere i museumssamlingen).

Da ser man blant annet på formen og distribusjonen av små kalkplater i huden på dyret (ossikler).

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans "Kunstformen der Natur" (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker "spikermatter" etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans “Kunstformen der Natur” (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker “spikermatter” etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Tom har derfor sett nærmere på dyrene i forhold til nyere bestemmelseslitteratur (Rogacheva 2007), og de stemmer overens med E. belyaevi. Dermed ble det allikevel en ny art for NorBOL (vi hadde ingen av Elpidiaene fra før) – og tilsynelatende også for hele BOLD-databasen!

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Nå skal vi jakte i samlingene og se om vi ikke har egnet materiale av det som faktisk er E. glacialis: Hvis den da egentlig finnes i Norge? Typelokaliteten til E. glacialis er oppe ved Novaja Zemlja, men den har blitt ansett for å ha global utbredelse og finnes i fra 90 – 9700m (!), så den er naturlig nok rapportert i fra Norge også – men det hadde vært veldig spennende å se nærmere på hvorvidt det som kalles E. glacilis rundt i verden faktisk er samme art – eller om det er mange ulike.

Her kan barcodingen være til hjelp, hvis det finnes egnet materiale. Vi kommer også til å lete etter slektningen E. heckeri, som Rogacheva (2007)  fant i flere av de norske prøvene (som dessverre har vært på formalin..). Forhåpentligvis får vi med oss en eller flere av disse artene også i strekkodebiblioteket for Norge.


Referanse:

Revision of the Arctic group of species of the family Elpidiidae (Elasipodida, Holothuroidea)

Antonina V. Rogacheva

Pages 367-396 | Received 21 Dec 2007, Published online: 13 Dec 2007

http://dx.doi.org/10.1080/17451000701781880

Isopoder i fleng

Da vi var ute med R/V Hans Brattstrøm i forbindelse med det internasjonale Annelidakurset vi arrangerte i juni så samlet vi ikke bare børstemark; vi plukket også med oss aktuelle dyr til NorBOL-barcoding – deriblant isopoder til en krepsdyr-plate som ble sendt inn til sekvensering i juni.

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Arst- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus)

Arts- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus) – her tatt med trekantskrape på 29 meters dyp utenfor Sotra

I mens vi var ute på feltstasjonen vår på Espegrend plukket vi ut en del individer som vi fotograferte levende, slik at vi fikk med de flotte fargetegningene. Dette er litt mer omfattenede enn en kanskje skulle tro, da dyrene er fint lite interesserte i å stå i ro og posere.

Slik så det ut oppi skåla med utplukkede krepsdyr:

 

I fra en av isopod-slektene – Idotea – endte vi opp med denne gjengen, som ble fotografert, fiksert og identifisert. Deretter tok vi vevsprøver av dem, som ble lagt i krepsdyr-platen vi holdt på med, og sendt til CCDB-laben i Kanada for sekvensering.

Isopoder i slekten Idotea

Isopoder i slekten Idotea – de fleste er 1-2 cm lange (men de er ikke skalert i forhold til hverandre her)

Etter sekvensering ble dataene i fra CCDB-laben lastet opp sammen med våre data i den internasjonale strekkodedatabasen BOLD,  og vi fikk følgende resultater:

isopoda-part2

Litt oppklarende – men også forvirrende

Her er et par åpenbare ting å ta tak i:

Vi går tilbake og ser på de tre idividene som ikke var artsbestemt, og sjekker om vi er enige med arten den genetiske strekkoden indikerer (I. granulosa), i såfall oppdaterer vi navnet i BOLD-databasen.

Hva har skjedd med de tre individene som var identifisert som I. granulosa, men som ikke fikk barcode? Var det bare tilfeldigheter som gjorde at de tre ikke fungerte, eller kan de være en annen art? Hva med Idothea neglecta? (Kanskje trengs det i så fall en annen primer for å få til DNA-sekvenser fra disse?) Her må vi hente fram prøvene våre og undersøke artskjennetegnene igjen med kritisk blikk.

-Endre & Katrine

 

SommerLopper: Jakten på det ultimate tokt-postkortet…

Hilde, Anne Helene og Tone på dekk. Foto: AH Tandberg

Hilde, Anne Helene og Tone på dekk. Foto: AH Tandberg

Inspirert av forrige ukes blogpost om GO Sars sin reisebrev-artikkel fra en sommerinnsamlingsreise, har vi bestemt oss for å modernisere sjangeren og skrive våre egne “Beretninger om en i 2017 foretatt zoologisk (og geobiologisk) reise”. Vi er ombord på forskningsfartøyet G.O.Sars, og toktet vi er på er organisert for og av KG Jebsen Senter for DyphavsForskning ved UiB. Biologene som jobber med “store ting” er Hilde og Tone som er straks ferdige masterstudenter fra Institutt for Biologi og Anne Helene fra Universitetsmuseet.

Reisebrev er kanskje ikke så vanlig lengre, men det er ikke lenge siden vi sendte mange postkort fra hver reise vi foretok på land. Siden vi er på havet og det ikke er noen postkasse i nærheten har vi bestemt oss for å sende dere postkortene våre som en blog. Da blir det mange postkort på en gang. Kanskje et av dem er det ultimate for deg? God lesing!

Hilde, Tone, Anne Helene


KGJebsenCDeepSea-tokt-leg2


Hei! Jeg er fortsatt ute på havet, mer nøyaktig langt ute i norske havet. Her er det flatt og nesten ingen bølger! Det er ikke noe som heter en typisk dag her på G.O. Sars. Vi jobber gjerne på skift, noen ganger om natten, noen ganger om dagen. Det kan hende vi sitter oss på møterommet og jobber med arbeidet vårt individuelt, og det er en perfekt plass å diskutere problemstillinger med kollegaer. På båten er det både geologer, biokjemikere, mikrobiologer og marinbiologer som skal få prøver fra dyphavet. Prøvene samples ved hjelp av en ROV, som er et fjernstyrt kjøretøy tilpasset for å jobbe helt ned til 6000 meters dyp! For mange av oss blir det en del tid i ROV rommet hvor man kan se live hvordan det ser ut i dypet. Når ROVen kommer «på land» kommer forskerne løpende for å hente fangsten sin. For oss biologer blir det ganske mange timer på laboratoriet hvor vi sorterer alle dyr vi finner. Disse dyrene kan være 1-2 millimeter og oppover i størrelse, så å gå igjennom prøver med mye sand og stein kan ta lang tid. Men heldigvis er det veldig kjekt arbeid og vi finner mange kule dyr!  Håper alt står bra til på fastlandet!
Livet på forskningsbåten


ROV slurping
En ROV er en ubemannet undervannsbåt, den blir styrt fra et kontrollrom på skipet. ROVen som brukes på dette toktet heter Ægir 6000. I teorien skal den kunne gå ned til 6000 meters dyp. Så langt ned har de ikke testet om den tåler enda, men jeg har personlig sett den slå sin egen rekord med å dykke ned til over 3000 m i fjor. Fun fact: ROVen Ægir 6000 har fått navnet sitt fra en jotun i norrøn mytologi og betyr den som rår over havet. Ifølge norrøn mytologi var jotunen Ægir den som inviterte æsene til ete- og drikkegilde, og Odin mente at Ægir brygget det beste ølet.

ROVen blir heist opp på dekk.

ROVen blir heist opp på dekk.

Videre til de mer seriøse temaene; hvordan fanger man dyr med denne store farkosten? Ægir har 2 armer, høyre heter Titan og venstre heter Atlas. Vi har utstyrt Ægir med noe vi kaller en suction sampler, som kan oversettes til en støvsuger på godt norsk. Ægir har også et utrolig bra kamera, slik at når vi ser interessante dyr kan vi støvsuge det opp. Ved hjelp av ROV gutta på kontrollrommet får vi velge ut hva vi vil plukke med oss. Vi kan ta 5 ulike prøver ettersom vi har 5 kammer som roterer rundt etter hver prøvetaking, da vet vi presis hvor støvsugeprøve nummer 1 er fra, nummer 2 osv. Støvsugeren kan fange dyr som lever nedi og oppå sedimentene, i tillegg til de som svømmer over havbunnen. Om selve fangsten kan dere lese om i Tones postkort. Støvsugeren styres av høyrearmen Titan. Finmotorikken er helt utrolig, kloen på armen kan snurres og bøyes i alle retninger. Utrolig praktisk! Et av dyrene på ønskelisten var å samle inn en spesiell type mangebørstemark. Akkurat disse er så tynne og lange at de ser ut som en gresslette. Sammen med disse bor det ulike typer dyr, og når man støvsuger mangebørstemarken, får man det som lever sammen med den og. Veldig interessant og praktisk at man får flere ulike typer dyr på en gang. Kloen titan kan også brukes til andre ting, ROV teamet fanget for eksempel en fisk med den. De er utrolig dyktige, og det er utrolig kult å se!


Hei alle landkrabber! På G.O Sars har vi klart å fange mange kule dyr! Vi har tatt prøver ved varmekilder på midthavsryggen i Norskehavet. Vi har tatt 2 typer prøver; en støvsuger (suction sampler) som vi bruker til å suge til oss det som lever på/ved varme og kaldekilder. I disse prøvene har vi blant annet funnet snegler (både store og små – butte og spisse!), børstemarker (polychaeta), tanglopper (amfipoder), anemoner, reker og fisk. Det sies at hver varmekilde har sin egen fisk, og denne fisken ved Loke slottet (som området heter) har vi bare hatt 2 av tidligere, men vi har klart å fange 4 til! Vi har også lagt ut noen feller, noe dere kan lese mer om i Hilde sitt postkort. På ROV rommet hvor vi kan se hva som skjer i dyphavet live ble det også gjort en del filming av dyrene som lever nede på lokeslottet. Vi fikk filmet amfipoder (Exitomelita sigynea) som reproduserte seg (some lovin’), tusenvis av snegler som levde på varmekildene og på børstemark matter (som ser ut som flekker med gress). Vi så også flere av disse unike fiskene, samt hvite og mørke anemoner. Vi klarte også å filme en dumbo blekksprut! Filmen er av høy kvalitet og vi skal bruke den til å formidle forskningen vi gjør. Vi skal ta ut stillbilder som skal brukes i artikler til å illustrere hva som faktisk finnes på 2300 meters dyp ved varme og kaldekilder. Og det blir kule bilder det! I år satt vi også ut kubein. Ja, som i beinet inni en faktisk ku – ikke verktøyet. Når store dyr (for eksempel hval) dør, så faller kroppen ned på havbunnen. Mange små dyr kommer da og spiser resten av hvalen, også skjelettet. Slike skjelett fungerer då som en oase av mat. Så ved å plassere ut et kubein (ettersom vi ikke har noen hval bein..) kan vi simulere slike hval fall. Så til neste år skal vi hente kubeinene og se hva som har spist på de. Det blir kjempe spennende! Sees snart?
Tone


En av oppgavene våre på toktet var å sette ut to feller i håp om å fange amfipoder. Fellene består av et plastrør med et finmasket nett i den ene enden, og en trakt i den andre. Trakten gjør at amfipodene kan lett svømme inn i fellen, men vil ha vanskelig for å svømme ut igjen. Ettersom vi vet at noen av amfipodene er åtseletere, la vi en åpnet sild i hver felle som åte. Da vil den lukte godt, og trekke til seg åtseleterne. Dette forsøkte vi på fjorårets tokt også, men med litt dårlig planlegging. Da ble fellene festet på ROVen rett ved propellene. Det ble ikke en suksess, og derfor forsøkte vi noe nytt i år. Denne gangen ble de ankret med en vekt og selve fellen fløt ca 10 – 20 cm over havbunnen. De ble fraktet ned på ca 2300 meter dyp, i nærheten av de varme kildene. De ble liggende der i ca 2 døgn, og resultatet i en av fellene er dere på bildet. Som dere ser hadde amfipodene spist ganske mye av fisken, og det var veldig overraskende for meg. Imponerende mye! Det var også flere forskjellige arter enn forventet, noe som gjorde amfipode-dronningen Anne Helene veldig glad. Innholdet ble fotografert og sortert for å bli tatt vare på, og etter toktet skal Anne Helene få kose seg videre med å identifisere hver enkelt. Vi var fornøyde med fangsten!

Amfipodefangsten sammen med silden. Legg merke til hvor mye de har spist midt på buken! Foto: H Dybevig

Amfipodefangsten sammen med silden. Legg merke til hvor mye de har spist midt på buken! Foto: H Dybevig

Hilde


Nei, dette kan vi ikke streame live på nettet!

Oi!

Det blir pornofilm!

Wow – så akrobatisk!

Det var mange kommentarer som strømmet på i ROV-rommet (Central Operation) da vi fikk de første bildene av vent-amfipodene på Lokeslottet i år. Vi var ferdige med dykkets geologiske innsamlinger, og ROVen svømte opp til foten av skorsteinen der vi vet Exitomelita sigynae holder til. Vi biologene gledet oss stort til det hele, for årets dykk har blitt livestreamet (se lenke nederst i blogposten) og vi var klare til å forklare dyphavsbiologi til alle og enhver som ville innom facebooksiden til toktet. Og hva så vi? E. sigynae i gang med å sikre neste generasjon.

E. sigynae er den mest karakteristiske av de amfipodene vi bare finner på varmekilder i Norskehavet, mest fordi den holder til så nært selve utblåsningspunktet der den sitter på skorsteinen. Men den er ikke den eneste amfipoden som finnes på Lokeslottet – det  er flere andre arter også. Familien Oedicerotidae (her står det litt om noen Oedicerotidae) er kanskje mest vanlig – og der har vi har en ny art som vi er i ferd med å beskrive! I tillegg er barittfeltet rundt en liten urskog av amfipoder (inni urskogen av polychaeter). Her finner vi både store og små amfipoder, og det har blitt mye spennende med hjem til laben. Fellene som Hilde skrev om var også fulle av åtseletende Lysianassider (slike som Tmetonyx cicada – selv om den ikke var i prøvene nå) – blant annet Eurythenes gryllus, så nå har vi har både mange arter fra mange familier og noe vi ikke helt vet hva er…

Anne Helene


Lenker:

KG Jebsen Centre for Deep Sea Research
Twitter: @KGJebsenCDeepSea
Facebook: @KGJebsenCDeepSea
Livestreaming av dykk (vi er like nord for Jan Mayen)