Category Archives: Bergens Museum

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Den siste uka i mars ble tilbrakt på Espegrend marinbiologiske stasjon utenfor Bergen, hvor tre av Artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop sammen!

Det var prosjektene Nakensnegler i Sør-Norge, Norske marine bentiske Hydrozoa (NorHydro)og Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) som inviterte, og vi gikk relativt bredt ut: deltagerne inkluderte oss på museet, samarbeidende gjesteforskere fra inn- og utland som er spesialister på sine respektive dyregrupper, folkeforskere («citizen scientists») og studenter.

Gruppebilde av deltagerne (Foto: H. Jensen)

Vi hadde lagt opp til en god blanding av felt- og labarbeid, og fikk gjort mye i løpet en fullpakket uke. Feltarbeidet foregikk i Bergensregionen, og var en blanding av innsamling i fra FF «Hans Brattstrøm», som vi disponerte i to dager, innsamling i fjæresonen og i fjærepytter på holmene rundt Espegrend, prøvetaking på brygger og marinaer, og ved snorkling.

Den lokale studentdykkeklubben SUB-BSI bidrar med bilder og innimellom også med materiale til noen av prosjektene våre, og vi inviterte dem til å komme ut på feltstasjonen en ettermiddag for å se hva vi driver med på lab – det ble en trivelig affære, med mange interesserte gjester (og 14 hjemmelagde pizza som gikk ned på høykant!). Vi har også holdt foredrag i klubblokalene deres, hvor vi gav fem-minutters presentasjoner av de tre prosjektene.

Alt i alt så fikk vi samlet materiale i fra 20 lokaliteter, i tillegg til at vi fikk de besøkende ekspertene til å se på en del museumsmateriale som også skal inngå i prosjektene.

Kart over hvor vi samlet inn materiale (grafikk: K.Kongshavn)

Nå er vi vel tilbake i Bergen by, og jobber videre med materialet – det kommer flere bloggposter på hvilke resultater vi har fått med tid og stunder, så følg med!

Julekalender og årbok

Det er høy førjulsaktivitet på den engelske bloggen om dagen; vi kjører julekalender med en post om dagen frem til julaften – her er noen små smakebiter:

En liten forsmak på diversiteten av poster – vi er innom alt i fra feltarbeid til studentoppgaver, konferanser, morfologi og barcoding av ulike dyregrupper,og mye om våre pågående prosjekter  – med mange fine illustrasjoner!

Bloggadressen er invertebrate.w.uib.no, og alle kalenderpostene samles her: 2018 December Calendar.

Omslaget til årboken 2018

 

For de som kanskje foretrekker å lese på norsk så kan vi friste med museets flett nye årbok, som er åpent tilgjngelig på nett nå (papirutgaven mener jeg at kan kjøpes i museets butikk (?) – og noen finner den nok under juletreet….!)

 

Årets tema var “Feltarbeid”, og der hadde naturligvis evertebratavdelingen en del å bidra med – folk herifra står bak tre av artiklene:

God lesning, og god førjulstid!

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

Gratulerer med den internasjonale børstemarkdagen!

Første juli er – som de foregående tre årene – dagen for feiring av “havets meitemark”

Terebellidae Photo K Kongshavn © UiB

Kaffekopp til inspirasjon…teksten er “Ooooh, let’s name the species, the species, the species! Let’s name the species that live in the seaaa!” (i fra Oppdrag Nemo), og dyrene er arter vi har beskrevet.

Tradisjonen begynte som en minnemarkering for Kristian Fauchald, en markant personlighet i “polychaetologenes” sirkler. Han gikk bort i 2015, hvor han ville fylt 80 år den 1. juli.

Du kan lese mer om Kristian og om børstemarkdagen her: The 1st International Polychaete day (på engelsk).

Andre tidligere poster i fra oss finner du her

2016 (norsk)

2017 (engelsk)

Polychaetologer – børstemarkforskere – feirer dagen med ulike arrangementer over hele verden, og på Twitter – følg #PolychaeteDay  for mer børstemarkfakta enn du visste at du trengte! (man trenger forøvrig ikke Twitter-konto for å se bidragene).

Her på evertebratavdelingen feirer vi dagen med bilderike bloggposter – og en oversikt over publikasjoner som folk i fra avdelingen er delaktige i.

Børstemarkene (Polychaeta) er en gruppe vi har arbeidet mye med både lokalt på Universitetsmuseet, og sammen med partnere i norske, skandinaviske og globale prosjekter. Børstemark finner vi i fra fjæra og helt ned til de største havdypene. De har mange ulike levevis; planktoniske, aktive svømmere, fastsittende filtrerere, jegere, åteseletere og parasitter. De er ofte tallrike, og viktige bidragsytere i næringnettene i havet.

Norske havområder er blant de best studerte i verden, men like fullt er det mye vi ikke vet. Per i dag er det registrert 726 arter av børstemark i norske farvann (mer om det her) – men det reelle tallet er nok adskillig høyere.

Arbeidet med å nøste opp i dette er allsidig, og i høyeste grad et resultat av nasjonalt og internasjonalt samarbeid. For å få en bedre forståelse av artsdiversiteten i gruppen går vi i gjennom store mengder museumsmateriale, vi sørger for egne nyinnsamlinger (særlig der de store prosjektene ikke går) og sikring av materiale i fra diverse prosjekter (som Mareano og SponGES), vi er tungt involverte i flere Artsprosjekt, vi utfører omfattende genetisk barcoding gjennom NorBOL (for norsk materiale) og MIWA (for materiale i fra vestkysten av Afrika), vi arrangerer workshops, veileder studenter, tilrettelegger for gjesteforskere, og vi samarbeider med spesialister over hele verden.

Børstemarkforskere er en hyggelig gjeng, og hvert tredje år samles de på den Internasjonale børstemarkkonferansen (IPC), som har blitt arrangert 12 ganger nå. Vi har tidligere blogget i fra IPC11 (Sydney), og IPC12 (Cardiff). IPC 13 blir neste år, i California: her er hjemmesiden til konferansen

En av konklusjonene vi har kommet til etter alt arbeidet på norsk materiale er at minst 30% av artsdiversiteten i Norge for denne gruppen fortsatt er ukjent.

Det kan du lese mer om i børstemarkposteren vi hadde med oss til IBOL-konferansen i november 2017, du finner mer om du ruller ned til teksten om poster #485, Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy her.


At det finnes mange arter vi fortsatt ikke har oppdaget ble igjen understreket i den nyeste artikkelen vi er involvert i, og som kom ut i forrige uke:
Nygren A, Parapar J, Pons J, Meißner K, Bakken T, Kongsrud J.A., et al. (2018) A mega-cryptic species complex hidden among one of the most common annelids in the North East Atlantic.
PLOS ONE 13(6): e0198356. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198356 (Denne er tilgjengelig med Open Access via linken).

Her tar forfatterne for seg én slekt  – Terebellides – i fra nord-øst i Atlanterhavet, og konkluderer med at om du plukker opp et dyr i fra denne slekta så er det mer sannsynlig at det er en ubeskrevet art enn en som er beskrevet..!

Terebellides sp Arne Nygren CC-BY-SA


Lyst til å lese mer? Her er fagfellevurderte børstemarkpublikasjoner som ansatte ved avdelingen er (med)forfattere av:

Ampharete undecima. For å beskrive den nye arten har vi brukt ulike teknikker, her er et foto tatt med elektronscanningsmikroskop. Foto: K. Kongshavn

Alvestad, T & Budaeva, N (2015) Neosabellides lizae, a new species of Ampharetidae (Annelida) from Lizard Island, Great Barrier Reef, Australia.  Zootaxa 4019 (1): 061–069

Alvestad, T., Kongsrud, J.A., Kongshavn, K. (2014) Ampharete undecima, a new deep-sea ampharetid (Annelida, Polychaeta) from the Norwegian Sea. Memoirs of Museum Victoria 2014; Volume 71. pp. 11-19

Arias A., Paxton H., Budaeva N. 2016. Redescription and biology of Diopatra neapolitana (Annelida: Onuphidae), a protandric hermaphrodite with external spermaducal papillae. Estuarine, Coastal and Shelf Science 175: 1–17. http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2016.03.002

 

Scalibregma hanseni, som ble beskrevet i fra norske farvann i 2014 (Bakken, T., Oug, E., Kongsrud, J.A. (2014). Foto: K.Kongshavn

Bakken, T., Oug, E., Kongsrud, J.A. (2014) Occurrence and distribution of Pseudoscalibregma and Scalibregma (Annelida, Scalibregmatidae) in the deep Nordic Seas, with the description of Scalibregma hanseni n. sp. Zootaxa 2014 ; Volume 3753.(2) pp. 101-117 DOI: http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.3753.2.1

Budaeva, N. (2014) Nothria nikitai, a new species of bristle worms (Annelida, Onuphidae) from the Gulf of Aden, Indian Ocean. Marine Biodiversity 2014, DOI:10.1007/s12526-014-0244-1

Budaeva, N., Jirkov, I., Savilova, T., Paterson, G. (2014) Deep-sea fauna of European seas: An annotated species check-list of benthic invertebrates living deeper than 2000 m in the seas bordering Europe. Polychaeta. Invertebrate Zoology 2014 ;Volum 11.(1) s. 217-230

Budaeva, N., Pyataeva, S., Meissner, K. (2014) Development of the deep-sea viviparous quill worm Leptoecia vivipara (Hyalinoeciinae, Onuphidae, Annelida). Invertebrate biology. 2014; Volume 133.(3) s. 242-260

Budaeva N., Schepetov D., Zanol J., Neretina T., Willassen E. (2016) When molecules support morphology: Phylogenetic reconstruction of the family Onuphidae (Eunicida, Annelida) based on 16S rDNA and 18S rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution 94(B): 791–801.   http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.011 

Nothria otsuchiensis. Photo by N. Nudaeva

Eilertsen, M., Georgieva, M., Kongsrud, J.A, Linse, K., Wiklund, H.G., Glover, A., Rapp, H.T. (2018). Genetic connectivity from the Arctic to the Antarctic: Sclerolinum contortum and Nicomache lokii (Annelida) are both widespread in reducing environments. Scientific Reports 8:4810 | DOI:10.1038/s41598-018-23076-0

Eilertsen, M., Kongsrud, J.A, Alvestad, T., Stiller, J., Rouse, G., & Rapp, H.T (2017). Do ampharetids take sedimented steps between vents and seeps? Phylogeny and habitat-use of Ampharetidae (Annelida, Terebelliformia) in chemosynthesis-based ecosystems. BMC Evolutionary Biology. 17. 222. Doi: 10.1186/s12862-017-1065-1.

To nye arter beskrevet i fra Lokeslottet – en ble kalt opp etter vår gode venn Christoffer Schander, og en fikk navn etter “smilet” den har

Kongsrud J.A., Eilertsen M.H., Alvestad T., Kongshavn K., Rapp HT. (2017) New species of Ampharetidae (Annelida: Polychaeta) from the Arctic Loki Castle vent field. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 137: 232-245. doi: 10.1016/j.dsr2.2016.08.015

Kongsrud, J.A., Budaeva, N., Barnich, R., Oug, E., Bakken, T. (2013) Benthic polychaetes from the northern Mid-Atlantic Ridge between the Azores and the Reykjanes Ridge, Marine Biology Research, 9:5-6, 516-546, DOI: 10.1080/17451000.2012.749997

Oug, E., Bakken, T. & Kongsrud, J.A. (2014) Original specimens and type localities of early described polychaete species (Annelida) from Norway, with particular attention to species described by O.F. Müller and M. Sars. Memoirs of Museum Victoria 71, 217-236 http://doi.org/10.24199/j.mmv.2014.71.17

Oug, E., Bakken, T., Kongsrud, J.A., Alvestad, T. (2016) Polychaetous annelids in the deep Nordic Seas: Strong bathymetric gradients, low diversity and underdeveloped taxonomy. Deep-sea research. Part II, Topical studies in oceanography. 137: 102-112. Publisert 2016-07-06. doi: 10.1016/j.dsr2.2016.06.016

Parapar, J., Kongsrud, J.A., Kongshavn, K., Alvestad, T., Aneiros, F., Moreira, J. (2017). A new species of Ampharete (Annelida: Ampharetidae) from the NW Iberian Peninsula, with a synoptic table comparing NE Atlantic species of the genus. Zoological Journal of the Linnean Society, zlx077,https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlx077

Queiros JP, Ravara A, Eilertsen MH, Kongsrud JA, Hilário A. (2017). Paramytha ossicola sp. nov. (Polychaeta, Ampharetidae) from mammal bones: reproductive biology and population structure. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 137: 349-358. https://doi.org/10.1016/j.dsr2.2016.08.017

Vedenin A., Budaeva N., Mokievsky V., Pantke C., Soltwedel T., Gebruk A. (2016) Spatial distribution patterns in macrobenthos along a latitudinal transect at the deep-sea observatory HAUSGARTEN. Deep-Sea Research Part I 114: 90–98. http://dx.doi.org/10.1016/j.dsr.2016.04.015  

Her kommer en bonus i form av disse flotte bildene (stort sett tatt av Arne Nygren under feltarbeidet vi hadde på Sletvik i Trøndelag i 2016), enjoy og god børstemarkdag!

Innsamling av tarefauna

Institutt for biovitenskap (tidl. institutt for biologi) arrangerer feltkurs i marin flora (BIO309) ute på Espegrend marinbiologiske stasjon i disse dager. Som en del av kurset drar studentene ut med R/V Hans Brattstrøm og samler inn makroalger som de tar med seg tilbake på laben for å studere nærmere. Katrine har vært med på dette kurset tidligere og plukket zoologi av algene – det fristet til gjentagelse, så i går gikk ferden ut for å bli med på innsamling og skattejakt i prøvene.

Konsensus var at det slett ikke er så verst å være i felt! På det største bildet har båten lagt til kai, men ingen gjorde tegn til å ville gå av 🙂

Manuel og vår nyeste ph.d. student, Justine, ble også med ut, for å se om de kunne finne nakensnegler på algene – dette blir en del av Artsprosjektet på Nakensnegler i Sør-Norge som starter opp nå i mai (og siden vi diskuterte dette ganske mye i går; “nakensnegler” er altså mer enn kun nudibranchia, det omfatter  ordene Anaspidea, Nudibranchia, Pleurobrancomorpha, og Sacoglossa).

Bildene taler for seg selv, det var en strålende dag å være i felt – og vi fikk fine prøver!

Takk for at vi fikk henge oss på, og lykke til med resten av kurset!

-Katrine