Category Archives: Workshops

Studentbesøk: Tiril

I november og desember har vi hatt mange besøkende på laben. En av dem er Tiril, som er femte masterstudent ut på Hardbunnsfauna-prosjektet, med base på NTNU Vitenskapsmuseet. Hun forteller: 

Som masterstudent i Hardbunnsfauna-prosjektet får man lære masse nytt!
I mitt prosjekt ser jeg på ascidier, også kjent som sekkdyr eller sjøpung. Dette er en gruppe ryggstrengdyr som folk flest ikke vet noe særlig om – det gjaldt også meg selv før jeg begynte med oppgaven. Som larver svømmer de rundt som små rumpetroll før de bunnslår og omdanner kroppen helt til en slags filtrerende sekk. Siden de voksne dyrene er fullstendig tilpasset en filtrerende livsstil, gjorde det at man ikke gjenkjente sekkdyr som ryggstrengdyr før 1867, og de var frem til da antatt å tilhøre bløtdyrene. Til tross for at man vet mer nå enn før, så er det fortsatt en understudert gruppe med mange problemer å studere nærmere.

I min oppgave ser jeg på grupper hvor det er taksonomiske utfordringer. I flere tilfeller er det slik at genetiske undersøkelser med DNA-barcoding finner større variasjon enn antatt fra morfologi, og man kan da mistenke at det finnes flere arter enn det som er registrert. Tilfeller av dette finnes i slektene Ascidiella og Botryllus, hvor førstnevnte har to kjente arter i Norske vann (A. aspersa og A. scabra) og den siste har én kjent art (B. schlosseri), hvor begge slektene har flere genetiske klader på genet COI.

Innsamling av sekkdyr på Glesvær utenfor Bergen. Mange ulike arter, både solitære og kolonidannende! Foto: Tiril S. Mathisen

En litt annen side av samme sak er at vi har slekter hvor det er registrert flere arter, men de er vanskelige å identifisere og skille fra hverandre med morfologi. Dette gjelder slektene Botrylloides og Didemnum. I disse slektene er det også registrert arter som ikke hører hjemme i Norske vann, såkalte fremmedarter, som kan være skadelige for norsk natur. I førstnevnte slekt mistenkes det feilidentifisering på grunn av at gruppen er krevende å identifisere samt mangelfull litteratur, slik at utbredelsen trolig er større enn registrert. Ved å gjøre morfologiske undersøkelser og sammenlikne med resultater fra DNA-barcoding, kan forhåpentlig bedre trekk dokumenteres, og gjøre identifikasjon enklere for forskere og vanlige folk, i tillegg til å få bedre oversikt over utbredelsen. I Didemnum er artsidentifisering med morfologi krevende, men det er også vanskelig med molekylære undersøkelser, så her har vi lyst til å få noen gode DNA-sekvenser.

Botryllus schlosseri og Botrylloides leachii side om side på et blåskjell. Hvert ‘kronblad’ i de blomsterliknende strukturene er et individ, kalt zooider. Foto: Tiril S. Mathisen

En isolert zooide fra en koloni av Botrylloides leachii. Dette må gjøres for identifisering av arter. Denne er mellom 1 og 2 mm stor. Foto: Tiril S. Mathisen

Under oppholdet mitt i Bergen samlet vi inn levende materiale og studerte det under stereolupe på laboratoriet. Her fikk jeg god hjelp fra eksperter på gruppen, som var utrolig lærerikt! Fra dette materialet og materiale fra museumssamlingene, tok jeg vevsprøver som ble tatt med til DNA-laben. Der lærte jeg å gjøre DNA-barcoding, og det var gøy å være med på hele prosessen fra levende dyr i havet til DNA-sekvenser på PCen. Nå gjenstår det å tolke resultater og skrive oppgaven. Tusen takk for meg!

-Tiril

Hardbunnsfauna-prosjektet på Espegrend

Vi skrev tidligere i uken om at tre av artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop og feltarbeid sammen ute på Espegrend siste uka i mars. Her kommer litt mer ifra oss på Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) om hvordan vi jobber, hva vi så på, og noen foreløpige resultater etter en produktiv uke.

Hardbunnsfauna-prosjektet fortsetter arbeidet med å bygge strekkodebibliotek for arter fra norske farvann for alle gruppene av evertebrater (bløtdyr, børstemark, pigghuder, krepsdyr osv.) som forekommer på hardbunn i fra stranda og ned til omkring 40 meter, og vi kartlegger artenes utbredelse. Prøvene blir en del av museets sine samlinger, og vil forhåpentligvis komme mange til nytte også i fremtiden. Her er litt av det vi støtte på underveis:

Noen av dyrene vi samlet; her er krepsdyr, børstemark, bløtdyr, pigghuder, havedderkopper, slimormer og anemoner – og en helt “nyfødt” brennmanet.

I forkant av workshopen jobbet vi med å få laget poser i finmasket planktonduk som vi skal bruke når vi samler inn stortare. Poser på 1.80 m med diameter på 60 cm laget av 250µm planktonduk og lerret  er (underlig nok!) ikke noe man kan gå i butikken å kjøpe; heldigvis kjenner vi flinke folk som kunne hjelpe oss med å sy! Duk ble bestilt inn i fra Danmark, en ekspedisjon ble gjort til Stoff & Stil i Åsane, og så var et bare å sette i gang…

Planktondukposeproduksjon

Det vi er ute etter med disse posene er å få samlet inn alle dyrene som lever på «stilken» (stipes) og «roten» (hapteren) på stortare, Laminaria hyperborea. Ved å dra posen over stipes og løsne hapteren slik at en får hele greia oppi posen får en også samlet de dyrene som ville stukket av om vi samlet ved å bruke taretrål i fra båten.

Posene viste seg å fungere godt (skjønt vi fikk en klage på at han som samlet på at det føltes som om han svømte med brudeslør – vi skal fikse det 😉 ), og vi fikk samlet fire stilker som vi har jobbet med på workshopen.

Tarestilker anskaffet! Her ser en litt av svampene og annen påvekst som vi fant – det var tidlig i sesongen, så det var ikke fullt så mye begroing på stilkene som vi håpet på – men mer enn nok å jobbe med på workshopen!

I dette prosjektet har vi spesielt mye fokus på tre dårlig kjente (i Norge) dyregrupper: Mosdyr (Bryozoa), svamp (Porifera) og sekkdyr eller sjøpunger (Ascidiacea).

På denne workshopen var vi så heldige at vi fikk med oss Bjørn Gulliksen (professor emeritus i fra Universitetet i Tromsø), en av de få ekspertene på Ascidiacea i Norge. Han jobbet tett sammen med Tom, og gikk igjennom både spritfiksert materiale som vi har samlet inn tidligere i forbindelse med NorBOL, og materialet som ble samlet inn i løpet av workshopen.

På den måten fikk vi satt navn på eller bekreftet tidligere identifiseringer, og plukket ut materiale til en plate som vi skal sende til Canada for genetisk strekkoding (mer on det på NorBOL sine hjemmsider). Det blir de første sekkdyrene vi sender inn, så det blir spennende å se hvordan det vil fungere – vi har valgt ut 95 prøver som er identifisert til 37 ulike taxa; de fleste helt til art, men også noen til familie- eller slektsnivå.

Noen av sekkdyrene som er plukket ut til barcoding (fotos. K. Kongshavn)

Vi plukket også en god del mosdyr som vi skal barcode, og svamp som våre samarbeidspartnere nede på BIO skal hjelpe oss med å få navn på. Workshopen var en god start på prosjektet, og vi gleder oss til fortsettelsen – vi skal i felt igjen allerede i neste uke, så følg med her for oppdateringer!

Vi er også å finne på Instagram og på Twitter, begge steder som @hardbunnsfauna – følg oss gjerne! (det går også an å se oppdateringer der uten å ha egen konto – bare klikk på linkene)

Tusen takk til alle deltagerne på workshopen for en flott og produktiv uke!

-Katrine

 

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Den siste uka i mars ble tilbrakt på Espegrend marinbiologiske stasjon utenfor Bergen, hvor tre av Artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop sammen!

Det var prosjektene Nakensnegler i Sør-Norge, Norske marine bentiske Hydrozoa (NorHydro)og Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) som inviterte, og vi gikk relativt bredt ut: deltagerne inkluderte oss på museet, samarbeidende gjesteforskere fra inn- og utland som er spesialister på sine respektive dyregrupper, folkeforskere («citizen scientists») og studenter.

Gruppebilde av deltagerne (Foto: H. Jensen)

Vi hadde lagt opp til en god blanding av felt- og labarbeid, og fikk gjort mye i løpet en fullpakket uke. Feltarbeidet foregikk i Bergensregionen, og var en blanding av innsamling i fra FF «Hans Brattstrøm», som vi disponerte i to dager, innsamling i fjæresonen og i fjærepytter på holmene rundt Espegrend, prøvetaking på brygger og marinaer, og ved snorkling.

Den lokale studentdykkeklubben SUB-BSI bidrar med bilder og innimellom også med materiale til noen av prosjektene våre, og vi inviterte dem til å komme ut på feltstasjonen en ettermiddag for å se hva vi driver med på lab – det ble en trivelig affære, med mange interesserte gjester (og 14 hjemmelagde pizza som gikk ned på høykant!). Vi har også holdt foredrag i klubblokalene deres, hvor vi gav fem-minutters presentasjoner av de tre prosjektene.

Alt i alt så fikk vi samlet materiale i fra 20 lokaliteter, i tillegg til at vi fikk de besøkende ekspertene til å se på en del museumsmateriale som også skal inngå i prosjektene.

Kart over hvor vi samlet inn materiale (grafikk: K.Kongshavn)

Nå er vi vel tilbake i Bergen by, og jobber videre med materialet – det kommer flere bloggposter på hvilke resultater vi har fått med tid og stunder, så følg med!

Hardbunnsfauna: nytt Artsprosjekt!

I disse dager setter artsprosjektet «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding» (Hardbunnsfauna) i gang for alvor!

Kjappe fakta
Periode: 2019-2021
Prosjektleder: Endre Willassen
Institusjon: Universitetsmuseet i Bergen, Avdeling for naturhistorie, evertebratsamlingen
Samarbeidende institusjoner: NTNU Vitenskapsmuseet, NIVA, Universitetet i Tromsø/UNIS, Naturhistorisk museum UiO, Havforskningsinstituttet, Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences, Heriot-Watt University
Sosiale medier: @Hardbunnsfauna på Instagram og på Twitter

Artsprosjektet finansieres av Klima- og miljødepartementet, og koordineres av Artsdatabanken.

Her finner du Hardbunnsfauna sin hjemmeside hos Artsdatabanken.

Vi har allerede hatt et par dager i felt (det kan du lese om her og her), men i neste uke blir det skikkelig oppstart med workshop på feltstasjonen, besøkende gjesteforskere, feltarbeid og generelt full rulle – vi gleder oss!

Grunne hardbunnshabitater er en av de dominerende naturtypene langs norskekysten. Her finner vi også algebeltet, som huser en særdeles artsrik fauna av ulike evertebratgrupper. Prosjektet vil samle krefter fra et bredt sammensatt norsk og internasjonalt forskningsmiljø for å undersøke hvilke arter som forekommer i hardbunnshabitater langs norskekysten og ved Svalbard.

Artenes forekomst og utbredelse skal kartlegges, og artsinformasjon skal presenteres i nettbaserte databaser. Vi kommer til å jobbe med alle mulige grupper av marine evertebrater, som krepsdyr, bløtdyr, pigghuder og børstemark. Men det vil spesielt bli fokusert på de dårlig kjente dyregruppene Ectoprocta/Bryozoa (mosdyr), Ascidiacea (Sekkdyr) og Porifera (svamp). Materialet vil bli sortert og identifisert, og inngå i museet sine samlinger.

Gamle kjenninger; børstemark, bløtdyr, krepsdyr og nesledyr står fortsatt på “hitlisten” vår

…men denne gjengen – mosdyr, sekkdyr og svamp – skal få ekstra mye oppmerksomhet!

Vi skal fortsette arbeidet med å bygge et validert strekkodebibliotek for arter som forekommer i Norge gjennom NorBOL-nettverket og den internasjonale databasen over genetiske strekkoder (BOLD), hvor hver strekkode også kan kobles tilbake til en organisme (i vårt tilfelle et dyr) i museets samlinger. Dette er viktig, for vi har ofte behov for å kunne gå tilbake til dyret som den genetiske strekkoden kommer i fra for å undersøke ting nærmere – med såpass høy andel uavklarte og ukjente arter som vi finner hos de marine evertebratene* dukker det stadig opp noen nye problemstillinger.

Vi kommer til å tilby masteroppgaver i tilknytning til prosjektet, om noen er interesserte i dette så er det bare å ta kontakt!

Planen er å oppdatere jevnlig underveis i workshopen, så følg med her (og gjerne på Instagram og Twitter også) for å se hva vi finner i neste uke!

Ved evertebratsamlingen har vi nå hele fem artsprosjekt gående, og vi samarbeider naturligvis der vi kan – så medarrangører på denne workshopen er NorHydro og Nakensnegler i Sør-Norge. Du finner en kort presentasjon av de fem prosjektene her.

-Katrine

*for børstemark (Polychaeta) ser det ut for at minst 30 % av diversiteten ikke er skikkelig kjent enda – og det er i de nordiske havområdene, som er verdens kanskje best undersøkte marine områder.  (Les mer om dette her, under poster #485: Alle posterne fra IBOL 2017 er nå tilgjengelige på nett)

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer