Category Archives: ForBio

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

TangloppeTorsdag: hvordan finner vi ut hvilken tangloppe vi har?

Når vi finner en organisme vi ikke kjenner fra før, er det ofte vanskelig å finne ut hvilken art vi har funnet. Ofte kan det til og med være vanskelig bare å finne ut hvilken type organisme vi har. For å hjelpe oss med dette, har vi identifiseringsnøkler. Disse finnes i mange forskjellige utforminger: bildekart, trykte bøker, dataprogrammer og i de siste årene også mobile apper. Artsdatabanken har nylig lagt ut nylagete nøkler for en del grupper norske dyr, og det er planer om at det skal bli flere.

Bildenøkkel til amfipodegruppen Amphilochidae. Ill: AH Tandberg

Bildenøkkel til amfipodegruppen Amphilochidae. Ill: AH Tandberg

Hvis du vil finne ut hvilken amfipodeart du har funnet – under en stein, i fiskegarn, i et planktontrekk eller kanskje du har fått en liten prøve havbunn, finnes det en del slike nøkler å velge mellom. Problemet er at disse nøklene er skrevet for de som allerede er eksperter på amfipoder, men som kanskje ikke kjenner kjempegodt akkurat den delen av amfipodene nøkkelen handler om. Det er heller ingen nøkkel som tar for seg alle amfipodene – det ville være ganske upraktisk, med alle de artene vi kjenner til nå. Derfor er de fleste nøklene laget for små delgrupper av amfipodene – det kan være geografiske nøkler (en veldig god nøkkel for Middelhavet ble publisert i 1998), til familier av arter, eller til spesifikke landskapstyper (“Amfipoder i fjæra” er et kompendium som mange studenter er innom hvis de har feltkurs). For norske farvann er den nyeste nøkkelen som dekker de fleste amfipodene Stephensens nøkkel fra 1935. Det har skjedd mye siden den tid – mange nye arter er beskrevet og tidligere beskrevne arter har blitt funnet i våre farvann i ganske store antall fra andre verdenskrig og fram til nå.

Utdrag fra Stephensens (1935) nøkkel til norske amfipodefamilier

Utdrag fra Stephensens (1935) nøkkel til norske amfipodefamilier

De fleste nøklene til amfipoder er det vi kaller dikotome nøkler – man leser seg nedover en liste med spørsmål, og for hvert spørsmål kan man velge mellom to svar (dikotom – deler i to). Hvis man skjønner ordene og vet hva man skal se etter, er det nesten lett å bruke disse nøklene. Når man ikke skjønner alle spesialordene, eller ikke kjenner gruppen, kan det være som å lese et fremmed og ukjent språk. Dette gjør det vanskelig å begynne med amfipode-identifisering: de fleste studenter blir gjerne litt blanke i blikket de første ukene de prøver seg på å identifisere amfipoder. Nyere nøkler (de som har kommet de siste 20 årene) har av og til illustrasjoner av hvordan små deler av dyret skal se ut for å få det ene eller det andre svaret til hvert spørsmål.

 

Øvelse gjør mester – også når det handler om bruk av identifiseringsnøkler. Det hjelper også med nye nøkler av og til, og det er en av tingene prosjektet Norwegian Marine Amphipoda skal bidra med. Denne uken har jeg vært i Trondheim for å lære å lage interaktive nøkler – nøkler der brukeren kan velge hvilke spørsmål hun vil eller kan finne svar til istedenfor å følge en spesifikk rekkefølge som er skrevet i en trykt nøkkel.

Skjermbilde av interaktiv nøkkel. Her skal man klikke på det som ligner mest.

Skjermbilde av interaktiv nøkkel til en amfipodefamilie fra New Zealand. Her skal man klikke på det som ligner mest på det individet man undersøker.

Inntil den interaktive nøkkelen er ferdig, må vi nok bruke de gamle trykte nøklene. Det gjelder bare å ikke gi opp for tidlig med å forstå dem… Lykke til!

Anne Helene


Litteratur:

Ruffo S, Vader W 1998 The Amphipoda of the Mediterranean. Key to families. Mémoirs de l’Institut Océanographique, Monaco. 13. 845-867.

Stephensen K 1935 The amphipoda of Northern Norway and Spitsbergen with adjacent waters 3(1), 1-140

Mer undervisning

Til praksisdelen av kurset BIO332 Fylogenetiske metoder inviterer vi også studenter og forskere fra Forskerskolen i biosystematikk, ForBio. I år hadde vi deltakere fra fra Universitetet i Island, Universitetet i Tromsø, Universitetet i Nordland, Norges Tekniske og Naturvitenskapelige Universitet, Universitetet i Oslo, Uppsala Universitet, og KøbeForBio_Phylogenetics_2015nhavns Universitet.