Category Archives: NorBOL

Isopoder i fleng

Da vi var ute med R/V Hans Brattstrøm i forbindelse med det internasjonale Annelidakurset vi arrangerte i juni så samlet vi ikke bare børstemark; vi plukket også med oss aktuelle dyr til NorBOL-barcoding – deriblant isopoder til en krepsdyr-plate som ble sendt inn til sekvensering i juni.

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Arst- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus)

Arts- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus) – her tatt med trekantskrape på 29 meters dyp utenfor Sotra

I mens vi var ute på feltstasjonen vår på Espegrend plukket vi ut en del individer som vi fotograferte levende, slik at vi fikk med de flotte fargetegningene. Dette er litt mer omfattenede enn en kanskje skulle tro, da dyrene er fint lite interesserte i å stå i ro og posere.

Slik så det ut oppi skåla med utplukkede krepsdyr:

 

I fra en av isopod-slektene – Idotea – endte vi opp med denne gjengen, som ble fotografert, fiksert og identifisert. Deretter tok vi vevsprøver av dem, som ble lagt i krepsdyr-platen vi holdt på med, og sendt til CCDB-laben i Kanada for sekvensering.

Isopoder i slekten Idotea

Isopoder i slekten Idotea – de fleste er 1-2 cm lange (men de er ikke skalert i forhold til hverandre her)

Etter sekvensering ble dataene i fra CCDB-laben lastet opp sammen med våre data i den internasjonale strekkodedatabasen BOLD,  og vi fikk følgende resultater:

isopoda-part2

Litt oppklarende – men også forvirrende

Her er et par åpenbare ting å ta tak i:

Vi går tilbake og ser på de tre idividene som ikke var artsbestemt, og sjekker om vi er enige med arten den genetiske strekkoden indikerer (I. granulosa), i såfall oppdaterer vi navnet i BOLD-databasen.

Hva har skjedd med de tre individene som var identifisert som I. granulosa, men som ikke fikk barcode? Var det bare tilfeldigheter som gjorde at de tre ikke fungerte, eller kan de være en annen art? Hva med Idothea neglecta? (Kanskje trengs det i så fall en annen primer for å få til DNA-sekvenser fra disse?) Her må vi hente fram prøvene våre og undersøke artskjennetegnene igjen med kritisk blikk.

-Endre & Katrine

 

Sommersending av NorBOL-dyr

(alternativ tittel: Søte sjøpølser..!)

Elpidia glacialis samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia glacialis samlet inn av CGB i fra 2425 m dyp i 2008. Foto: K.Kongshavn

-Ooooh, Elpiiiidiaaa!

Nå er det ganske lenge siden sist jeg var med MAREANO på tokt, men jeg har gode minner om å sitte (stablet i høyden) i videorommet og spise smågodt mens vi fulgte med på skjermen som sendte live i fra Campod’en nede på bunnen, og ropte ut navn på dyrene etter hvert som de dukket opp til notattakeren, som forsøkte å få skrevet ned alt i riktig rekkefølge..!

Disse rare små sjøpølsene – i slekten Elpidia – var en favoritt, og er det fremdeles – de er rett og slett ganske bedårende, der de tusler rundt. Jeg finner dessverre ikke video av dem online – men her er en av noen av slektningene deres, i slekta Scotoplanes.

Dyrene i videoen – Scotoplanes sp. – har det blitt skrevet en god del om, bl.a. har Echinoblog (anbefales!) laget to fine poster om dem. De finner du her og her.

I den nyeste pigghud-platen vi sender for NorBOL (den er på vei til Canada for sekvensering mens jeg skriver dette) så har vi med to Elpidia – antakelig E. glacialis, men som for så mange marine evertebratarter vet vi enda ikke helt hvem som er hvem, for ikke å snakke om hvor de holder til. At disse dyrene lever på store dyp gjør dem ekstra vanskelige å studere – disse to ble samlet inn av Centre for Geobiology i fra omkring 2400 meters dyp i henholdsvis 2008 og 2009.  Det blir spennende å se om vi får sekvenser på dem – vi krysser fingrene! Kanskje finner Anne Helene & co noen ferskere dyr til oss på årets tokt..?
I samme forsendelsen er en plate med børstemark, og en med krepsdyr. På alle tre platene er det en god blanding av dyr som har blitt samlet inn gjennom store prosjekter (som f.eks. MAREANO og CGB), og dyr vi har samlet selv på små og store tokt.

ccdb23982_poly_resized resized_barcoding-specimens1Vi håper på gode sekvenser og spennende resultater!

-Katrine

TangloppeTorsdag: På skriveren i Hamburg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

Publikumsinngangen til Zoologisk Museum i Hamburg. Foto: AH Tandberg

“Publiser eller forsvinn” hører man ofte i vitenskapelige kretser. Det virker kanskje ikke helt høflig å si til folk at de bare kan forsvinne (fra vitenskapen, altså), men kunnskap vi ikke deler med andre har nokså liten verdi. Vitenskapelige teorier og ideer må testes for at vi kan sjekke om de holder mål, og vi kan ikke teste ting vi ikke vet om. Så kunnskapsdeling er en viktig del av vitenskapen.

Noen ganger kan en låse seg inn på et stille rom og skrive for seg selv i mange uker før verket sendes til en journal eller en forlegger som vil trykke det – men som oftest, og mer så nå enn i tidligere tider, er det flere forfattere for hver minste lille notis i et vitenskapelig tidsskrift. Av og til kan det ta litt av – det finnes visstnok artikler der listen med medforfatternavn var lengre enn selve teksten – men for det meste er det en liten gruppe mennesker som har prøvd å finne ut av noe sammen, og så skriver de om det sammen.

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Anne-Nina sjekker ut samlingen med Eusirider fra tidligere innsamlinger. Foto: AH Tandberg

Å være flere folk som skal bli enige om en tekst kan ha både fordeler og ulemper – vi kan hjelpe hverandre med hva vi kan og hvordan vi kan formulere ting, eller vi kan ende opp med en tekst som ikke helt har samme stil hele veien gjennom. Det er nok mange som har vært med på leker der hele klassen lager en fortelling – en setning fra hver elev – slike historier kan ofte bli morsomme selv om de ikke alltid er helt sammenhengende.

Disse ukene er jeg i Hamburg for å skrive på to artikler sammen med gode kolleger her. Sammen skal vi prøve å si noe fornuftig om amfipodene som finnes rundt Island og langs norskekysten. Er det de samme artene? Har en art som finnes både ved Island og ved norskekysten likt arvemateriale? Lever de på samme måte – på samme dyp, bunntype og i samme vanntemperatur? Det er mange spørsmål vi lurer på, og noen av dem kan vi klare å svare på.

Arbeidet som ligger til grunn for disse artiklene er delvis fra workshopene vi hadde på Espegrend og i Polen (Spała) – og delvis fra alt labarbeidet som har kommet etter disse og andre workshoper, fra prosjektene NorAmph og IceAGE. Begge disse prosjektene ser på strekkode-DNA fra artene som registreres – og dette kan vi se videre på for å finne ut om det vi tror er den samme arten virkelig er det genetisk også.


Uten å foregripe begivenhetene for mye, kan jeg si at vi ser på Eusirider og Amphilohider. Dette er to veldig forskjellige familier amfipoder – Eusiridene er ganske store (de største vi har i våre farvann er opp mot to cm lange, men i dag så jeg noen i samlingene her som var nesten syv cm lange!), de er jegere og er flinke til å svømme. Amphilochidaene er mye mindre (her snakker vi noen få mm i lengde), og for de artene vi vet noe om livet til, lever mange inni eller utenpå andre bunnlevende dyr, eller de spiser pittesmå dyr som sitter fast på bunnen. De er ikke så veldig flinkge til å svømme, men er nok bedre til å gjemme seg innimellom smågrus og sand.

 

Inn en dør og opp en trapp - og inn mange flere dører og opp enda flere trapper... Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Inn en dør og opp en trapp – og inn mange flere dører og opp enda flere trapper… Det er en labyrint å finne fram til krepsdyrforskerne! Foto: AH Tandberg

Diskusjonene pågår for fullt, både om hva vi egentlig kan si ut fra de dataene vi har, og hvordan vi skal formulere setningene. Det blir lange dager, mye kaffe og mye latter. Det er lurt å sitte sammen på samme kontor – da går både samarbeidet om setningene bedre og ideene får lettere bli til ordentlige teorier. Ikke minst får vi testet is-sjappen nedi gaten – det er akkurat nok dager til at vi kan prøve en ny smak hver dag.

Resultatene? De kommer i artiklene – og kanskje også i en seinere TangloppeTorsdag!

Anne Helene

 

TangloppeTorsdag: avslutning av studentprosjekt.

I løpet av dette semesteret har Christine vært med på NorAmph-prosjektet. En av oppgavene har vært at hun skulle skrive blogger om hvordan det har vært å være på museet og ha studentprosjekt her. Dette er Christines avslutningsblogg, nå er det bare oppgaveskriving igjen…


Hei igjen!

Paramphitoe hystrix - fotografert før innsending til barcoding med NorBOL hos BOLD. Foto: C Østensvig

Paramphitoe hystrix – fotografert før innsending til barcoding med NorBOL hos BOLD. Foto: C Østensvig

For noen måneder siden skrev jeg et blogginnlegg der jeg fortalte at jeg dette semesteret skulle være med Anne Helene på hennes prosjekt om barkoding av amfipoder, blogginnlegget finner du her.

Dette semesteret er nå forbi, og sommeren står og banker på døren. I løpet av de siste 5 månedene har jeg fått ta del i hele prosessen fra man henter inn prøver til man får tilbake resultater av barkoding, og alt innimellom. Det har vært et svært lærerikt semester med mange nye ting å bli kjent med.

På grunn av tidspress for å få sendt inn prøvene til barkodingen, startet vi semesteret med å gjøre dette. Her plukket vi ut 95 ulike individer som var indentifiserte. Vi tok bilder som skulle følge prøvene til barkodingen, og vi registrerte de i samlingene til universitetsmuseet. Etter dette reiste vi på tokt til Raunefjorden der vi hentet inn prøvene (dette kan du lese mer om i blogginnlegget over).

Når vi kom tilbake fra tokt ble prøvene først sortert ned til fylum, med unntak av krepsdyrene, som jeg identifiserte ned til orden. Til slutt sorterte jeg amfipodene ned til familier.

På slutten av semesteret fikk vi tilbake resultatene fra barkodingen. Der var mye interessant å hente fra disse, blant annet var flere individene vi trodde var samme art var muligens ikke det, og vi så også noen individer som var identifisert til ulike arter som potensielt kan være den samme.

En første kikk på resultatene fra barcodingen.

En første kikk på resultatene fra barcodingen.

I dette prosjektet har jeg innsett at barkoding er en veldig viktig prosess som kan gi oss mye informasjon, og enklere tilgang på denne informasjonen. Ved å skape en offentlig database med alle barkodete arter i, kan man enklere finne frem til arter og informasjon om disse. Det har vært veldig artig å få ta del i et prosjekt som er en del av en større sammenheng.

Gjennom tiden min på universitetsmuseet har jeg lært utrolig mye. Jeg har lært mye om ulike biologiske metoder på lab, og ikke minst mye om den spennende gruppen amfipoder. Og som student er det deilig å kunne få et avbrekk fra det å gå på forelesninger hele tiden, så det har vært utrolig deilig å få litt praktisk arbeide inn i hverdagen. Og ikke minst har dette prosjektet gjort meg mer nysgjerrig! Forhåpentligvis får jeg muligheten til å få komme tilbake å fortsette med dette!

Christine

 

Brakkvann kan da vel ikke være vanskelig å finne…

…i Bergen? Det viste seg å være litt vanskeligere enn antatt:

Absolutt ikke det verste kontoret!

Absolutt ikke det verste kontoret!

Vi fikk overta R/V Brattstrøm i fra Bio forrige torsdag, og satte kursen mot /Osterfjorden/Sørfjorden/Stanghelle. Målet denne gangen var en veldig spisset jakt på en del arter som opptrer i områder med stor ferskvannspåvirkning, så vi skulle ta prøver grunt og nær et elveutløp.

"Ønskelisten" (artsliste i fra miljøundersøkelser på lokaliteten) granskes, og planer legges

“Ønskelisten” (artsliste i fra miljøundersøkelser på lokaliteten) granskes, og planer legges

Som sagt, så gjort – men det ser så langt (vi har så vidt begynt å sortere) ikke ut som om vi har fått innetier på plasseringen denne gangen. Like fullt fikk vi fine grabbprøver, og en heeelt ok dag på jobben.

Har du sett, vi fant gjørme!

Har du sett, vi fant gjørme denne gangen også!

Det er definitivt dyr oppi her, da. Riktig type dyr også, blir jeg fortalt.

Det er definitivt dyr oppi her, da. Riktig type dyr også, blir jeg fortalt.