Tag Archives: barcoding

Universitetsmuseet på den syvende internasjonale barcode of life (iBOL) konferansen

20.-24. november gikk den syvende iBOL-konferansen av stabelen på tidenes kanskje flotteste konferansested*; på Skukuza rest camp, inne i Kruger nasjonalpark i Sør-Afrika!

Vertskap for konferansen var the African Centre for DNA Barcoding (University of Johannesburg, South Africa) og the Department of Environmental Affairs (SA).

iBOL 2017 samlet 450 deltagere i fra 73 land, og dekket et bredt utvalg av tema i fra matsikkerhet via antikrypskytingstiltak til sommerfuglidentifisering.

Naturlig nok var hovedfokuset på praktisk bruk av genetisk barcoding, men det var også mange spennende foredrag om nye metoder. Det har blitt laget en fin oppsummering av hvilke tema som ble behandlet, denne artikkelen finner du her (open access)

Deltagerne på iBOL2017. Foto: J. Potgieter

Norge var sterkt representert på konferansen med hele 23 bidrag fra 15 deltakere. Omtaler av noen av disse bidragene vil bli presentert på http://www.norbol.org i ukene fremover.

: Første forsøk på bilde av de norske delegatene – alle ble i overkant opptatt av et insekt Jostein fant 🙂 Foto: Knut A. Hjelt

: Nytt forsøk (insektet ble deponert hos en påpasser) – men det manglet en del deltagerne. Foto: Knut A. Hjelt

: 3. gangen gjelder det: Her klarte vi å samle så godt som alle de norske delegatene. Glade folk på et flott sted! foto: Knut A. Hjelt

Tom, Jon og Katrine underveis til Kruger

I fra Universitetsmuseet i Bergen deltok Tom, Jon og Katrine. Sammen med Lloyd i fra Ghana, som har jobbet mye på MIWA-prosjektet sammen med oss, så hadde vi med fem postere og tre lynpresentasjoner i bagasjen.

Tom, Katrine, Jon og Lloyd

Postere i fra Universitetsmuseet

Våre fem postere

Barcoding of marine invertebrates from Norway through NorBOL.
Katrine Kongshavn, Jon A. Kongsrud, Tom Alvestad, Endre Willassen

Investigating the marine invertebrate fauna of the West African continental shelf with DNA barcodes.
Endre Willassen, Jon A. Kongsrud, Katrine Kongshavn, Manuel A.E. Malaquias, Tom Alvestad

Building a comprehensive barcode reference library of the Norwegian Echinodermata through NorBOL – an ongoing effort.
Tom Alvestad, Katrine Kongshavn, Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Kennet Lundin, Hans T Rapp, Endre Willassen

Diversity and species distributions of Glyceriformia (Annelida, Polychaeta) in shelf areas off western Africa.
Lloyd Allotey, Tom Alvestad, Jon A Kongsrud, Akanbi B Williams, Katrine Kongshavn, Endre Willassen

Assessing species diversity in marine bristle worms (Annelida, Polychaeta): integrating barcoding with traditional morphology-based taxonomy.
Jon A Kongsrud, Torkild Bakken, Eivind Oug, Tom Alvestad, Arne Nygren, Katrine Kongshavn, Nataliya Budaeva, Maria Capa, Endre Willassen

Fem minutter, sa du..? #inn-og-utpust

Lynpresentasjoner er fem minutters taletid hvor man får presentere posteren sin i plenum; dette kom godt med, da det var såpass mange påmeldte postere at det var helt umulig å lese seg igjennom samtlige i løpet av konferansen. Posterne vil også bli gjort tilgjengelige på konferansens nettside i nærmeste fremtid

: Jon med poster

: Tom med poster

: Lloyd med poster

: Katrine med poster

: Endre sin poster

Lloyd presenter resultater på diversiteten av glyceriforme børstemark i fra vestkysten av Afrika

Tom presenterer foreløpige resultater på oppbyggingen av et komplett strekkodebibliotek for norske pigghuder

Katrine presenterer fremdriften i barcoding av marine evertebrater

Vi hadde en helt fantastisk uke i Kruger, tusen takk til arrangørene som gjorde en flott jobb!

*iBOL avholdes annenhvert år, og iBOL 2019 blir i….. *trommevirvel*….. Trondheim! Det kan du lese mer om her.

Elpidia belyaevi – en ny art for BOLD!

Like før sommeren postet vi om dyrene som var på vei til sekvensering i Canada. En av artene var den sjarmerende, lille sjøpølsen som var identifisert som Elpidia glacialis. Vi holdt døren åpen for at det muligens var en av de andre Elpidia-artene, da våre to individer både var samlet inn på svært store dyp (2400 m), og var markant mye «tjukkere» enn E. glacialis vanligvis er. Siden ferien nærmet seg med stormskritt bestemte vi oss for å vente med å dobbeltsjekke identifiseringen til etter sekvenseringen.

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Vi fikk sekvenser på begge dyrene, og disse – sammen med morfologien og dypet de var funnet på – indikerte at det var på sin plass å studere dyrene en gang til (det er da det er veldig fint at vi tar vare på de vevsprøvetatte dyrene som vouchere i museumssamlingen).

Da ser man blant annet på formen og distribusjonen av små kalkplater i huden på dyret (ossikler).

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans “Kunstformen der Natur” (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker “spikermatter” etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Tom har derfor sett nærmere på dyrene i forhold til nyere bestemmelseslitteratur (Rogacheva 2007), og de stemmer overens med E. belyaevi. Dermed ble det allikevel en ny art for NorBOL (vi hadde ingen av Elpidiaene fra før) – og tilsynelatende også for hele BOLD-databasen!

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Nå skal vi jakte i samlingene og se om vi ikke har egnet materiale av det som faktisk er E. glacialis: Hvis den da egentlig finnes i Norge? Typelokaliteten til E. glacialis er oppe ved Novaja Zemlja, men den har blitt ansett for å ha global utbredelse og finnes i fra 90 – 9700m (!), så den er naturlig nok rapportert i fra Norge også – men det hadde vært veldig spennende å se nærmere på hvorvidt det som kalles E. glacilis rundt i verden faktisk er samme art – eller om det er mange ulike.

Her kan barcodingen være til hjelp, hvis det finnes egnet materiale. Vi kommer også til å lete etter slektningen E. heckeri, som Rogacheva (2007) fant i flere av de norske prøvene (som dessverre har vært på formalin..). Forhåpentligvis får vi med oss en eller flere av disse artene også i strekkodebiblioteket for Norge.

Referanse:

Revision of the Arctic group of species of the family Elpidiidae (Elasipodida, Holothuroidea)

Antonina V. Rogacheva

Pages 367-396 | Received 21 Dec 2007, Published online: 13 Dec 2007

http://dx.doi.org/10.1080/17451000701781880

Fredagsbildet

En tøffing vi traff da vi var ute og samlet inn dyr til NorBOL barcoding i fjor høst, en diger Cancer pagurus/taskekrabbe:

KRABBE-BUFF Om du vil bli like fasjonabelt antrukket som han her, så har du muligheten nå!

NorBOL har fotokonkurranse gående, hvor man kan vinne ypperlig kaffekrus og eksklusiv NorBOL-buff (her pent drapert over en klo – men den har også andre bruksområder).

Klikk her for detaljer, innsendingsfrist er 15. februar.