Category Archives: Om Evertebratavdelingen

Isopoder fra MAREANO til barcoding

Vi har etter hvert sendt inn en del isopoder (“tanglus”) til barcoding, og begynner å se noen interessante problemstillinger som det bør nøstes litt i.

Men vi er enda langt unna å ha tatt alle artene (i følge Artdatabanken er det ca 210 arter i Norge), så nå har jeg gått løs på små isopoder som MAREANO har samlet og artsbestemt, og plukket ut arter som vi så langt ikke har barcodet gjennom NorBOL. Siden dyrene er så små så blir ofte det ofte til at hele individet – minus tarmen, og det er et lite eventyr å unngå..! – blir vevsprøve i disse tilfellene.

Da er det greit at det ble tatt ekstra detaljerte bilder, så jeg har sittet i skumringen på fotorommet vårt og forhandlet med små dyr som ikke nødvendigvis er med på å skulle ligge med hodet mot venstre og ryggsiden opp… Men bilder blir det! Det blir spennende å se hvilke resultater vi får her, forhåpenligvis blir det mange sekvenser.

Her er dagens fotomodeller (klikk for å se større bilde):

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Elpidia belyaevi – en ny art for BOLD!

Like før sommeren postet vi om dyrene som var på vei til sekvensering i Canada. En av artene var den sjarmerende, lille sjøpølsen som var identifisert som Elpidia glacialis. Vi holdt døren åpen for at det muligens var en av de andre Elpidia-artene, da våre to individer både var samlet inn på svært store dyp (2400 m), og var markant mye «tjukkere» enn E. glacialis vanligvis er. Siden ferien nærmet seg med stormskritt bestemte vi oss for å vente med å dobbeltsjekke identifiseringen til etter sekvenseringen.

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Vi fikk sekvenser på begge dyrene, og disse – sammen med morfologien og dypet de var funnet på – indikerte at det var på sin plass å studere dyrene en gang til (det er da det er veldig fint at vi tar vare på de vevsprøvetatte dyrene som vouchere i museumssamlingen).

Da ser man blant annet på formen og distribusjonen av små kalkplater i huden på dyret (ossikler).

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans “Kunstformen der Natur” (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker “spikermatter” etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Tom har derfor sett nærmere på dyrene i forhold til nyere bestemmelseslitteratur (Rogacheva 2007), og de stemmer overens med E. belyaevi. Dermed ble det allikevel en ny art for NorBOL (vi hadde ingen av Elpidiaene fra før) – og tilsynelatende også for hele BOLD-databasen!

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Nå skal vi jakte i samlingene og se om vi ikke har egnet materiale av det som faktisk er E. glacialis: Hvis den da egentlig finnes i Norge? Typelokaliteten til E. glacialis er oppe ved Novaja Zemlja, men den har blitt ansett for å ha global utbredelse og finnes i fra 90 – 9700m (!), så den er naturlig nok rapportert i fra Norge også – men det hadde vært veldig spennende å se nærmere på hvorvidt det som kalles E. glacilis rundt i verden faktisk er samme art – eller om det er mange ulike.

Her kan barcodingen være til hjelp, hvis det finnes egnet materiale. Vi kommer også til å lete etter slektningen E. heckeri, som Rogacheva (2007) fant i flere av de norske prøvene (som dessverre har vært på formalin..). Forhåpentligvis får vi med oss en eller flere av disse artene også i strekkodebiblioteket for Norge.

Referanse:

Revision of the Arctic group of species of the family Elpidiidae (Elasipodida, Holothuroidea)

Antonina V. Rogacheva

Pages 367-396 | Received 21 Dec 2007, Published online: 13 Dec 2007

http://dx.doi.org/10.1080/17451000701781880

Isopoder i fleng

Da vi var ute med R/V Hans Brattstrøm i forbindelse med det internasjonale Annelidakurset vi arrangerte i juni så samlet vi ikke bare børstemark; vi plukket også med oss aktuelle dyr til NorBOL-barcoding – deriblant isopoder til en krepsdyr-plate som ble sendt inn til sekvensering i juni.

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Arst- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus)

Arts- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus) – her tatt med trekantskrape på 29 meters dyp utenfor Sotra

I mens vi var ute på feltstasjonen vår på Espegrend plukket vi ut en del individer som vi fotograferte levende, slik at vi fikk med de flotte fargetegningene. Dette er litt mer omfattenede enn en kanskje skulle tro, da dyrene er fint lite interesserte i å stå i ro og posere.

Slik så det ut oppi skåla med utplukkede krepsdyr:

I fra en av isopod-slektene – Idotea – endte vi opp med denne gjengen, som ble fotografert, fiksert og identifisert. Deretter tok vi vevsprøver av dem, som ble lagt i krepsdyr-platen vi holdt på med, og sendt til CCDB-laben i Kanada for sekvensering.

Isopoder i slekten Idotea – de fleste er 1-2 cm lange (men de er ikke skalert i forhold til hverandre her)

Etter sekvensering ble dataene i fra CCDB-laben lastet opp sammen med våre data i den internasjonale strekkodedatabasen BOLD, og vi fikk følgende resultater:

Litt oppklarende – men også forvirrende

Her er et par åpenbare ting å ta tak i:

Vi går tilbake og ser på de tre idividene som ikke var artsbestemt, og sjekker om vi er enige med arten den genetiske strekkoden indikerer (I. granulosa), i såfall oppdaterer vi navnet i BOLD-databasen.

Hva har skjedd med de tre individene som var identifisert som I. granulosa, men som ikke fikk barcode? Var det bare tilfeldigheter som gjorde at de tre ikke fungerte, eller kan de være en annen art? Hva med Idothea neglecta? (Kanskje trengs det i så fall en annen primer for å få til DNA-sekvenser fra disse?) Her må vi hente fram prøvene våre og undersøke artskjennetegnene igjen med kritisk blikk.

-Endre & Katrine

Sommersending av NorBOL-dyr

(alternativ tittel: Søte sjøpølser..!)

Elpidia glacialis samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia glacialis samlet inn av CGB i fra 2425 m dyp i 2008. Foto: K.Kongshavn

-Ooooh, Elpiiiidiaaa!

Nå er det ganske lenge siden sist jeg var med MAREANO på tokt, men jeg har gode minner om å sitte (stablet i høyden) i videorommet og spise smågodt mens vi fulgte med på skjermen som sendte live i fra Campod’en nede på bunnen, og ropte ut navn på dyrene etter hvert som de dukket opp til notattakeren, som forsøkte å få skrevet ned alt i riktig rekkefølge..!

Disse rare små sjøpølsene – i slekten Elpidia – var en favoritt, og er det fremdeles – de er rett og slett ganske bedårende, der de tusler rundt. Jeg finner dessverre ikke video av dem online – men her er en av noen av slektningene deres, i slekta Scotoplanes.

Dyrene i videoen – Scotoplanes sp. – har det blitt skrevet en god del om, bl.a. har Echinoblog (anbefales!) laget to fine poster om dem. De finner du her og her.

I den nyeste pigghud-platen vi sender for NorBOL (den er på vei til Canada for sekvensering mens jeg skriver dette) så har vi med to Elpidia – antakelig E. glacialis, men som for så mange marine evertebratarter vet vi enda ikke helt hvem som er hvem, for ikke å snakke om hvor de holder til. At disse dyrene lever på store dyp gjør dem ekstra vanskelige å studere – disse to ble samlet inn av Centre for Geobiology i fra omkring 2400 meters dyp i henholdsvis 2008 og 2009. Det blir spennende å se om vi får sekvenser på dem – vi krysser fingrene! Kanskje finner Anne Helene & co noen ferskere dyr til oss på årets tokt..?
I samme forsendelsen er en plate med børstemark, og en med krepsdyr. På alle tre platene er det en god blanding av dyr som har blitt samlet inn gjennom store prosjekter (som f.eks. MAREANO og CGB), og dyr vi har samlet selv på små og store tokt.

Vi håper på gode sekvenser og spennende resultater!

-Katrine

Internasjonalt kurs i systematikk, morfologi og evolusjon hos Annelider

Ute på UiB sin marinbiologiske stasjon myldrer det i “annelidologer” – folk som arbeider med Annelider/leddormer. De fleste driver med børstemark, eller polychaeter, som leserne av denne bloggen vel etter hvert begynner å kunne en del om 🙂

Glade, travle studenter på laben

Vi er totalt 38 deltagere; 20 studenter og 18 forelesere/organisatorer, i fra 12 nasjonaliteter! Kurset er et samarbeid mellom Universitetsmuseet i Bergen, Moscow State University and ForBio, med økonomisk støtte i fra SPIRE (Strategic Programme for International Research and Education) og SIU (Norwegian Centre for International Cooperation in Education).

Studentene arbeider med en kombinasjon av materiale tatt med i fra Russland, og levende dyr som vi er ute med R/V Brattstrøm og den mindre båten Aurelia og henter.

Brattstøm, Katrine på vei om bord, og hektisk plukking på laben – fotos N. Budaeva

Vi har vært ute og samlet i fra ulike habitater, slik at vi i størst mulig grad får dekket de ulike polychaetfamiliene. Vi får naturligvis også andre dyr i prøvene, og benytter anledningen til å samle mest mulig av arter vi mangler til NorBOL, og til de ulike marine artsprosjektene som pågår i Bergen.

Dekksarbeid- ikke heeelt optimalt vær, men god stemning og innsatsvilje på dekk

NorBOL-og Artsprosjektplukking: flotte amphipoder og isopoder i ifra tangstilker, Diplecogaster bimaculata, sjuarmet skjørstrejne (Luidia ciliaris), sjøfjær, nakensnegl og sjøhare, og en anemone, antakelig Sagitaria troglodytes

NorBOL-og Artsprosjektplukking: flotte amphipoder og isopoder i ifra tangstilker, Diplecogaster bimaculata, sjuarmet skjørstjerne (Luidia ciliaris), sjøfjær, nakensnegl og sjøhare, og en anemone, antakelig Sagitaria troglodytes

Dagene er en kombinasjon av foredrag og lab, og det er ikke rent få tema og metoder som dekkes – her er vi innom alt i fra beskrivende taksonomi via fylogeni og dype diskusjoner om hva en art egentlig er, til siste nytt innen metoder og kunnskap.

foto: N. Budaeva

Vi skal holde på hele neste uke også, ta en kikk på den engelske bloggen– og sjekk gjerne vår nyvalgte # på twitter: #annelidacourse2017 for siste nytt.