Monthly Archives: April 2016

Fredagsbilde: Bryggesjauing

Fullt lass!

Et solid lass!

 

Vel , fullt så omfattende var det kanskje ikke – men vi har vært ned på Nykirkekaien og hentet en smekkfull bil med oppbestemt materiale i fra MAREANO. Nå har vi fått det inn dørene på lageret vår, og jeg skal på skattejakt etter fine spritfikserte dyr til barcoding – og en masse andre spennende dyr til museets samlinger!

Og så må vi få skryte litt av Anne Helene sin fine kronikk som sto på trykk i Aftenposten Viten i går, du finner den på nett her:

System i galskapen

TangloppeTorsdag: Databasen – en venn i hverdagen?

Det er en trist sannhet, men et faktum likevel: de færreste biologer er taksonomer. Selv om det er sånn, er de fleste biologer avhengige av taksonomien  – det er viktig å vite hvilke(n) art vi studerer. Uten at vi vet hva en art heter, kan vi ikke snakke med andre – forskere like gjerne som ikke-forskere – om hva vi undersøker og hvorfor. Da kan vi plutselig ende opp med å snakke om forskjellige organismer, og i værste fall ikke engang vite at vi snakker forbi hverandre.

Noen arter har byttet navn en del. Screenshot fra World Amphipoda Database.

Noen arter har byttet navn en del. Screenshot fra World Amphipoda Database.

Problemet er ofte å vite hvilket vitenskapelig navn som er gyldig, og om det kanskje finnes nærstående arter vi bør sjekke om studieobjektet vårt muligens også kan være. Når en taksonom har studert en gruppe, ender det ofte opp med at en eller flere arter blir flyttet til en annen gruppe – fordi vi mener de er nærmere denne gruppen i evolusjonen – og da må arten bytte navn. For alle som ikke jobber som taksonomer kan nok dette ofte virke både plagsomt og kanskje unødvendig, men så lenge vi mener at vi skal kunne se litt informasjon om evolusjonen ut fra artens navn, må det bli sånn. I tillegg kommer det hele tiden til beskrivelser av nye arter: for amfipodene har dette antallet ligget rundt 140 nye arter hvert år de siste 10 årene, og det ser ikke ut til å skulle stoppe med det første…

WoRMS-søk for Andaniexis lupus. Screenshot fra WoRMS

WoRMS-søk for Andaniexis lupus. Screenshot fra WoRMS

Hva kan så en vanlig biolog gjøre for å vite at hun bruker det rette navnet på en art? Her er det at internett kan komme til redning for mange. For marine arter finnes det nå en global oversikt over arter i en database som er tilgjengelig for alle: World Record of Marine Species (WoRMS).  Med rundt 200 000 treff i måneden er det tydelig at denne databasen brukes av mange. Flere institusjoner har også avtaler om å få data fra WoRMS – så når for eksempel Havforskningsinstituttet sine forskere skal sjekke artslistene sine etter at materiale fra et tokt er undersøkt på laben, kan de fort få svar på om navnene er oppdaterte til de siste gyldige navnene, om de har stavet en art feil (det er ikke alltid lett å se med lange latinske navn), eller om kanskje en art har blitt delt opp i to nye arter.

WoRMS er ikke bare en liste over godkjente og tidligere navn, det er også lenker til artiklene som beskriver artene, til bestemmelsesnøkler som kan hjelpe når man skal finne ut hvilken art man egentlig har, og for noen arter finnes det også informasjon om utbredelse og levemåte (økologi). Denne typen informasjon jobber vi med å få til for flere av artene. All denne informasjonen blir lagt inn og dobbeltsjekket av en verdensomspennende gruppe med spesialister på de forskjellige organismegruppene.

 

I begynnelsen av denne uken var jeg med da 22 av amfipode-redaktørene møttes i Oostende (Belgia) på Flemish Marine Institute, som er vertskap for WoRMS. World Amphipoda Database samler all informasjon om amfipodene – også de som ikke er marine – og herfra får WoRMS informasjonen som vises der. I løpet av to dager var det både forelesninger og “selvstendig” redigering i databasen – med mye støtte fra WoRMS sitt Data Management Team, ekspertene som hele tiden kunne hjelpe oss når vi satt fast. Mye ny informasjon ble lagt inn, og mange gamle småfeil ble luket bort. Det er ikke slik at vi ble helt ferdige – med over 9000 arter amfipoder er det en litt stor oppgave for to dager – men arbeidet fikk en god start, og det blir lettere å fortsette når alle har kommet hjem til sine egne institusjoner igjen. I den nærmeste tiden vil vi fokusere på å oppdatere typeinformasjon for så mange arter som mulig, og vi vil prøve å legge inn lenker til bestemmelsesnøkler og til økologisk informasjon.


Den nest beste tingen med å møtes for en slik workshop (den beste er selvfølgelig all den morsomme faglige kunnskapen vi får), er å ha tid sammen med kolleger som til vanlig holder hus langt borte. Til workshopen i Oostende kom folk fra Australia, Brazil, USA, Canada, Mexico, Finland, Tyskland, Storbritannia, Nederland, Frankrike, Hellas, Polen og Norge. Hver gang vi møtes føles det som en familie-gjenforening – det er klemmer, nyheter om barn og barnebarn og sladder fra labben, planlegging av nye og spennende prosjekter og utveksling av prøver. I kaffepauser, tidlige frokoster og ved seine middager stiger lydnivået på praten til uante høyder, og hver gang vi drar fra hverandre igjen gjør vi det med planer for neste møte, workshop eller innsamlingstur. Mine kolleger fra Polen kaller dette “the Amphipoda way of life” (amfipode-livet) – og det er et godt liv å ha som forsker.

Participants at the workshop. Photo: AHS Tandberg (with help from ? at VLIZ)

Deltagerne på workshopen. Photo: AHS Tandberg (med hjelp fra ? ved VLIZ)

Anne Helene


Referanser:

Horton, T.; Lowry, J.; De Broyer, C.; Bellan-Santini, D.; Coleman, C. O.; Daneliya, M.; Dauvin, J-C.; Fišer, C.; Gasca, R.; Grabowski, M.; Guerra-García, J. M.; Hendrycks, E.; Holsinger, J.; Hughes, L.; Jaume, D.; Jazdzewski, K.; Just, J.; Kamaltynov, R. M.; Kim, Y.-H.; King, R.; Krapp-Schickel, T.; LeCroy, S.; Lörz, A.-N.; Senna, A. R.; Serejo, C.; Sket, B.; Tandberg, A.H.; Thomas, J.; Thurston, M.; Vader, W.; Väinölä, R.; Vonk, R.; White, K.; Zeidler, W. (2016) World Amphipoda Database. Accessed at http://www.marinespecies.org/amphipoda on 2016-04-07

WoRMS sin informasjon om workshopen (hvem kom, hvem betalte for herligheten, hva gjorde vi): http://www.marinespecies.org/news.php?p=show&id=4531

Fredagsbilde: Stjernedryss

Hva har den gjengen her til felles?

Barcoding specimens

For det første så hører alle sammen til i samme rekke eller fylum, nemlig pigghudene (Echinodermata), og deler derfor karaktertrekkene som er typiske for denne gruppen. På bildet har vi representanter for sjøstjerner, sjøliljer, slangestjerner, kråkeboller og sjøpølser – alle de fem nålevende klassene av pigghuder.

Videre er alle sammen samlet inn i Norge, og er på vei til å bli NorBOL-vouchere. Vi har sendt inn en del pigghuder tidligere og hatt god suksessrate på disse, så vi håper at denne gjengen også skal gi fine genetiske strekkoder til BOLD-biblioteket.