Category Archives: Crustacea

NorBOL-workshop 2015 (del 2)

Vevsprøvetaking
Vevsprøvetaking

 

Da er workshopen omme, og vi sier oss godt fornøyde!

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang.

Behandling av data i BOLD-databasen

Behandling av data i BOLD-databasen

 

 

 

 

 

 

Vi begynte med et par introduksjonforedrag om metoder og om BOLD-databasen før vi gikk løs på den praktiske biten.

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen. (Foreløpig) siste post på programmet blir å sende platene til laben i Canada for sekvensering, noe vi satser på å få gjort ganske umiddelbart.

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Som nevnt tidligere så ble det arbeidet med et variert utvalg av organismegrupper disse tre dagene: Pseudosopp (Pythium), tanglus (Isopoda) og tanglopper (Amphipoda), sommerfugler (Lepidoptera), hoppekreps (Copepoda) og vannlopper (Cladocera), børstemark (Polychaeta), tifotkreps (Decapoda), marine fisk (Pisces) og soppmygg (Mycetophilidae). Ulike organismegrupper krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet.

For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte forsøksvis å gjøre DNA-ekstraksjonen på «hjemmelaben» nede på Marineholmen. Et av kravene til barcodingen vi driver med er at det skal finnes en permanent “voucher” av individet som vevsprøven kommer i fra, og at denne voucheren skal deponeres ved en permanent (museums)samling. Dermed kan voucheren undersøkes igjen dersom behovet skulle oppstå.

For at DNA-strekkoding skal bli vellykket er det kritisk at sammenhengen mellom sekvens og museumsprøve opprettholdes. Deponering av en «voucher» (det vil si individet som DNA ble tatt fra) vil sikre at alle resultater som legges inn i Genbank eller lignende databaserkan sjekkes og korrigeres… (Hvordan utforske artsmangfoldet i havet )

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

For bittesmå dyr byr det på utfordringer å få nok vev til å kjøre genetiske analyser samtidig som vi bevarer nok av dyret til at det kan brukes som voucher. Vi valgte derfor å teste denne med løsningen med DNA-ekstraksjon lokalt for å forsøke å berge restene av eksoskjelettet (det ytre skjelettet) som blir igjen når de bløte delene av dyret løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning.

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

 

Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskop-preparater.

For andre grupper kan vevsprøvetakingen være så rett frem som å knekke av en bit av en fot (sommerfugler), eller å ta ut en passende bit muskelvev (fisk og større krepsdyr). For små krepsdyr forsøker vi å plukke føtter, og på børstemark er det enten kroppsvegg, gjeller eller parapodier som brukes. Pseudosoppen bød på sine egne utfordringer, da den vokser på agar i petriskåler – etter å ha konferert med et par eksperter så kom vi frem til en metode som vi tror skal fungere – det gjenstår å se, vi tar det som en test siden det er første brettet i fra denne gruppen.

Nå blir det spennende å se hvilke resultater vi får, forhåpentligvis blir det et fint hopp i telleren på strekkodede arter i fra Norge når disse prøvene blir ferdig analysert.

Universitetsmuseets årbok 2014

Universitetsmuseets årbok 2014

 

Her kan du lese mer om genetisk strekkoding  og NorBOL-prosjektet i Universitetsmuseets Årbok for 2014:

Hvordan utforske artsmangfoldet i havet (pdf)

Krøll med Krabbe Krølle

Scylla serrata. En krabbeart fra Iet Indiske Hav og Stillehavet. (kilde: FAO)

Scylla serrata. En krabbeart fra Det Indiske Hav og Stillehavet. (kilde: FAO)

Bergensavisen har 19.oktober et oppslag om Rema1000-kjedens kampanje for norsk mat. En observant kunde reagerer på at produktet som selges som «fylte krabbeskjell og er merket “Norsk NÅ!” synes å inneholde et skjell av en, for han, fremmed art. Avisen avslører også at «Selv ikke Havforskningsinstituttet ante hvor dette krabbeskallet kom fra». Men formen på skallet som er avbildet tyder på at det kan være en svømmekrabbe (familien Portunidae). De fleste svømmekrabbene har fem spisse tenner langs siden fra øyet og bakover, men noen arter har ni, slik at sidekantene på skallet synes sagtakket.
Kommunikasjonsdirektøren for Rema1000 forteller også til avisen at skallet er av «typen Serrata», som nettopp betyr «sagtakket». Dermed synes det rimelig å tro at det dreier seg om arten Scylla serrata, én av flere arter som australierne kaller «mud crabs». Kanskje vi kan kalle dem «gjørmekrabber»? Disse krabbene kan grave mange meter lange huler i bunnsedimenter, men kommer gjerne opp til bunnoverflaten om natten. Et annet navn, «mangrove crabs», henviser selvsagt til at de finnes i mangroveskogene, en type kystmiljø som er sterkt truet av ødeleggelser på verdensbasis. Scylla serrata blir forstått som en art med vid utbredelse i Stillehavet og Det Indiske Hav. I følge FNs fiskeri- og landbruksorganisasjon, FAO, har fangstene på denne krabben økt kraftig siden 1970-tallet til nesten 45 000 tonn i 2011 (se statistikk her: http://www.fao.org/fishery/species/2637/en).  De siste ti årene har akvakultur i Sørøst-Asia også økt produksjonen fra ca 5.000 til 173 000 tonn i 2013. Kina ar langt framme i denne virksomheten. FAO informerer om farming av Scylla serrata på denne siden: http://www.fao.org/fishery/culturedspecies/Scylla_serrata/en.
Det kan være et problem med statistikken at det som kalles Scylla serrata i Kina er en annen av fire nært beslektede arter i slekten Scylla.  Hvis så er tilfelle, blir det ikke enkelt drive med bærekraftig artsforvaltning. Men de de faktiske kostnadene på økosystemene ved denne oppdretten er kanskje mer interessante, fordi det er kjent at for eksempel oppdrett av tigerreker, også misvisende kalt «scampi», forbruker opptil syv ganger av den biomassen de produserer og spørsmålet blir derfor hvor denne biomassen kommer fra.  Det er verdt å legge merke til at FAO (i min oversettelse) sier at «..de fleste land har eksisterende vedtekter eller lovgivning som søker å regulere fisket på gjørmekrabber og for å forbedre havbruket slik at den foregår innenfor økologiske grenser. Men, i mange land er det dårlig samsvar mellom vedtekter,  lovgivning og praksis på dette området på grunn av manglende økonomisk støtte.»  Dessverre har sørøst-asiatisk akvakultur blitt kjent for tvilsomme hygieniske forhold og for grisete omgang antibiotika og farlige kjemikalier i bekjempelsen av mikroflora i produksjonsmiljøet. Dette ble for alvor klart for den amerikanske «Food and Drug Administration (FDA) etter at importen av sjømat fra land som Kina, Vietnam og Thailand eksploderte mot slutten av 1990-tallet.
Sett i lys av flere noe tvilsomme forhold rundt den kommersielle omsetningen av denne krabbearten forekommer det meg merkelig at kommunikasjonssjefen for Rema1000 insisterer på at skallet bare er «innpakning», som skal gjøre «det norske innholdet» i varen mer delikat enn en plastboks. Særdeles forunderlig er det også dersom produsenten virkelig mener at man kan forholde seg til minstemålet for fangst av taskekrabber ved å fjerne innholdet fra mindre krabber og putte det inn i skallet av en eksotisk krabbeart med skallbredde over 13 cm! Eller hvordan skal man ellers forstå dette utsagnet om at man forholder seg til pålegg fra Fiskeridirektoratet?
Merkelig nok har ikke kommunikasjonssjefen svar på Bergensavisens viktigste spørsmål:
– Når skjellet ikke er taskekrabbe, skjønner dere at folk kan bli mistenksomme til innholdet?
Da skal det være tilstrekkelig å berolige forbrukerne med at innpakningen er desinfisert og godkjent som innpakning! Men dette spørsmålet burde hun redegjort nærmere for, for det økologisk bevisste forbrukermarkedet begynner å bli oppmerksom på at svindel og feilmerking av matprodukter og sjømat er i ferd med å bli avdekket som et utbredt problem. DNA-undersøkelser av fisk i det amerikanske markedet har vist at opp til 30 % av omsetningen er andre arter enn det de omsettes som. Det bidrar til å tåkelegge beslutningsgrunnlaget for bærekraftig forvaltning av dyreartene i havet og gjør det vanskelig for forbrukere som er opptatt av kortreist og økopolitisk riktig mat å ta sine valg om hva de handler og spiser.  I denne sammenhengen er “Norsk NÅ!”-krabbene fra Kina en temmelig umusikalsk appell til den norske forbrukeren.

Endre Willassen

Internasjonal Crustacea kongress (ICC-8) i Frankfurt

Nesten 300 forskere fra mange nasjoner var i forrige uke samlet på den flotte Campus Westend til Goetheuniversitetet i Frankfurt for den Åttende Internationale Crustace-kongressen. Mange interessante foredrag og postere med høy kvalitet ble presentert i løpet av seks dager.  En spesiell work-shop om DNA-identifikasjon fylte auditoriet i den grad at mange tilhørere måtte nøye seg med ståplass. EW ga en 15 minutters presentasjon av resultater fra vår strekkoding av decapoder og stomatopoder fra Afrikakysten. Han peikte særlig på at strekkoding kan avsløre avvikende identifikasjoner mellom ulike laboratorier og forskningsmiljø og vise til behov for rebestemmelse og / eller taksonomisk revisjon av arter.Copy of GoetheUnivFrankfurtICC-8_presentation

Casinobygget ved Goethe-universitetet

Kenneth Meland (BIO, UiB) framla også resultater av fylogenetiske analyser av den eldgamle gruppen Lophogastrida.  Separate analyser av morfologiske karakterer  og DNA fra fire gener viser overraskende godt samsvar og har gitt oss en ny forståelse av slektskapsforhold mellom familiene i denne gruppen. Meland samarbeider med EW og Stefan Richter (Univ. Rostock) i dette prosjektet.ICC8_Lophogastrida

 

Data til Artskart

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

Artsdatabanken (http://www.artsdatabanken.no/) lyser jevnlig ut midler for å få stedfestede data om forekomsten av arter i Norge. Selv om Evertebratsamlingen har preparater av flere tusen arter som har vært katalogiserte siden 1850, er mange prøver som ikke uten videre egner seg for slike kart. Det kan blant annet være fordi stedsangivelsene er usikre. Vi har foretatt et utvalg av 4000 prøver av storkreps (Malacostraca) som vi anser som rimelig sikre identifikasjoner. Data ble avlevert til Artsdatabanken i dag og vil formodentlig bli integrert i Artskart og GBIF. Vi takker Artsdatabanken for oppdraget.

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format