Category Archives: artsdata

Hardbunnsfauna på feltarbeid – Helgelandskysten, Lofoten og (så vidt) Troms

Våren er typisk feltarbeidstid for biologer, og artsprosjektet vårt på hardbunnsfauna (se nederst for linker til mer informasjon om prosjektet) er intet unntak. Det begynte med workshopen på Espegrend i mars, og nå har vi kommet hjem i fra feltarbeid i litt mindre hjemlige trakter; vi har vært på roadtrip nordover.

I slutten av april la fire av oss – Jon, Endre, Tom og Katrine – ut på langtur for å samle inn ferskt materiale i fra områder der museet har få eller ingen prøver i evertebratsamlingen.

Vi har generelt sett lite nyere materiale på sprit (= kan brukes til genetisk strekkodig/barcoding) i fra helt grunne områder, siden det meste av materialet vårt samles inn med forskningsfartøy som ikke kan gå så grunt.

Svarte prikker er steder vi har materiale fra i samlingene (mye av det gammelt/formalinfiksert), de lilla stjernene er hvor vi var nå.

Vi siktet oss inn på tre hovedstopp: Offersøy (Tjøtta, Helgelandskysten), Kilboghamn (Rødøy, Helgelandkysten), og Eggum (Vestvågøy, Lofoten). Her kunne vi rigge opp lab og jobbe med prøvene, og vi hadde mer fleksibilitet i forhold til tidevann og været.  I tillegg drev vi «opportunistisk innsamling» når anledningen bød seg; i Tjeldsund da vi kjørte Tom til flyplassen, og en lokalitet nær Vennesund da vi var på hjemvei.

Stasjonene våre
(Kart: K. Kongshavn)

Innsamlingsmetoden ble denne gangen å kjøre til gode lokaliteter med hardbunn når det var lavvann, og samle prøver ved å plukke i fjæra (med håv og rive), snorkling med innsamling i våre eminente planktondukposer, og i ett tilfelle ved å bruke en liten epibentisk slede da vi bodde et sted med båtutleie. Vi plukket også fra tau som lå i vannet og tok prøver på et par kaianlegg – og vi tok en sandprøve for å lete etter spennende mark i Lofoten, siden stranda vi bodde like ved tilsynelatende var et børstemarkparadis.  Vi var stort sett kjempeheldige med været, skjønt vi hadde snø et par dager og noen heftige regnbyger innimellom.  Her kommer en drøss med bilder i fra innsamling – fotograf er Katrine dersom annet ikker er oppgitt.

 

Alt i alt fikk vi tatt 18 stasjoner, og kom hjem med bilen full.
Nå skal vi jobbe med materialet, men vi ser allerede at selv om vi var litt for tidlig i sesongen til å finne mengder av sekkdyr og bryozoer, så har vi funnet mye spennende – også for de andre artsprosjektene som pågår.

Et utvalg(!) av det vi fant

Et nærmere blikk på noe av fangsten; Hydrozoa til #NorHydro (sammen med bryozoa til oss), skallus/polyplacophorer til Nina sitt nylig tildelte prosjekt (hurra!) på disse, nakensnegler til de to nakensnegleprosjektene, krepsdyr til krepsdyrprosjektene , og en hel masse records til Hardbunnsfauna. Vi jobbet en del med de bittesmå sneglene underveis, og har tenkt å barcode dem. Vi forsøkte også å få tatt bilder av dyr som ikke ser ut som seg selv etter fiksering, som den rosa flatormen nede til venstre, og anemonen.

There and back again – Norge er et langt land, og vi kom bare litt over halvveis!

Takk for turen!

-ført i pennen av Katrine, medreisende var Jon, Endre og Tom

Mer om hardbunnsfauna-prosjektet finner du her:

Hardbunnsfauna: nytt Artsprosjekt!

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Hardbunnsfauna-prosjektet på Espegrend

Vi er også å finne på Instagram og på Twitter, begge steder som @hardbunnsfauna – følg oss gjerne! (det går også an å se oppdateringer der uten å ha egen konto – bare klikk på linkene)

Hardbunnsfauna-prosjektet på Espegrend

Vi skrev tidligere i uken om at tre av artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop og feltarbeid sammen ute på Espegrend siste uka i mars. Her kommer litt mer ifra oss på Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) om hvordan vi jobber, hva vi så på, og noen foreløpige resultater etter en produktiv uke.

Hardbunnsfauna-prosjektet fortsetter arbeidet med å bygge strekkodebibliotek for arter fra norske farvann for alle gruppene av evertebrater (bløtdyr, børstemark, pigghuder, krepsdyr osv.) som forekommer på hardbunn i fra stranda og ned til omkring 40 meter, og vi kartlegger artenes utbredelse. Prøvene blir en del av museets sine samlinger, og vil forhåpentligvis komme mange til nytte også i fremtiden. Her er litt av det vi støtte på underveis:

Noen av dyrene vi samlet; her er krepsdyr, børstemark, bløtdyr, pigghuder, havedderkopper, slimormer og anemoner – og en helt “nyfødt” brennmanet.

I forkant av workshopen jobbet vi med å få laget poser i finmasket planktonduk som vi skal bruke når vi samler inn stortare. Poser på 1.80 m med diameter på 60 cm laget av 250µm planktonduk og lerret  er (underlig nok!) ikke noe man kan gå i butikken å kjøpe; heldigvis kjenner vi flinke folk som kunne hjelpe oss med å sy! Duk ble bestilt inn i fra Danmark, en ekspedisjon ble gjort til Stoff & Stil i Åsane, og så var et bare å sette i gang…

Planktondukposeproduksjon

Det vi er ute etter med disse posene er å få samlet inn alle dyrene som lever på «stilken» (stipes) og «roten» (hapteren) på stortare, Laminaria hyperborea. Ved å dra posen over stipes og løsne hapteren slik at en får hele greia oppi posen får en også samlet de dyrene som ville stukket av om vi samlet ved å bruke taretrål i fra båten.

Posene viste seg å fungere godt (skjønt vi fikk en klage på at han som samlet på at det føltes som om han svømte med brudeslør – vi skal fikse det 😉 ), og vi fikk samlet fire stilker som vi har jobbet med på workshopen.

Tarestilker anskaffet! Her ser en litt av svampene og annen påvekst som vi fant – det var tidlig i sesongen, så det var ikke fullt så mye begroing på stilkene som vi håpet på – men mer enn nok å jobbe med på workshopen!

I dette prosjektet har vi spesielt mye fokus på tre dårlig kjente (i Norge) dyregrupper: Mosdyr (Bryozoa), svamp (Porifera) og sekkdyr eller sjøpunger (Ascidiacea).

På denne workshopen var vi så heldige at vi fikk med oss Bjørn Gulliksen (professor emeritus i fra Universitetet i Tromsø), en av de få ekspertene på Ascidiacea i Norge. Han jobbet tett sammen med Tom, og gikk igjennom både spritfiksert materiale som vi har samlet inn tidligere i forbindelse med NorBOL, og materialet som ble samlet inn i løpet av workshopen.

På den måten fikk vi satt navn på eller bekreftet tidligere identifiseringer, og plukket ut materiale til en plate som vi skal sende til Canada for genetisk strekkoding (mer on det på NorBOL sine hjemmsider). Det blir de første sekkdyrene vi sender inn, så det blir spennende å se hvordan det vil fungere – vi har valgt ut 95 prøver som er identifisert til 37 ulike taxa; de fleste helt til art, men også noen til familie- eller slektsnivå.

Noen av sekkdyrene som er plukket ut til barcoding (fotos. K. Kongshavn)

Vi plukket også en god del mosdyr som vi skal barcode, og svamp som våre samarbeidspartnere nede på BIO skal hjelpe oss med å få navn på. Workshopen var en god start på prosjektet, og vi gleder oss til fortsettelsen – vi skal i felt igjen allerede i neste uke, så følg med her for oppdateringer!

Vi er også å finne på Instagram og på Twitter, begge steder som @hardbunnsfauna – følg oss gjerne! (det går også an å se oppdateringer der uten å ha egen konto – bare klikk på linkene)

Tusen takk til alle deltagerne på workshopen for en flott og produktiv uke!

-Katrine

 

Workshop på Espegrend: en innholdsrik uke på feltstasjonen

Den siste uka i mars ble tilbrakt på Espegrend marinbiologiske stasjon utenfor Bergen, hvor tre av Artsprosjektene ved evertebratsamlingen arrangerte workshop sammen!

Det var prosjektene Nakensnegler i Sør-Norge, Norske marine bentiske Hydrozoa (NorHydro)og Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding (Hardbunnsfauna) som inviterte, og vi gikk relativt bredt ut: deltagerne inkluderte oss på museet, samarbeidende gjesteforskere fra inn- og utland som er spesialister på sine respektive dyregrupper, folkeforskere («citizen scientists») og studenter.

Gruppebilde av deltagerne (Foto: H. Jensen)

Vi hadde lagt opp til en god blanding av felt- og labarbeid, og fikk gjort mye i løpet en fullpakket uke. Feltarbeidet foregikk i Bergensregionen, og var en blanding av innsamling i fra FF «Hans Brattstrøm», som vi disponerte i to dager, innsamling i fjæresonen og i fjærepytter på holmene rundt Espegrend, prøvetaking på brygger og marinaer, og ved snorkling.

Den lokale studentdykkeklubben SUB-BSI bidrar med bilder og innimellom også med materiale til noen av prosjektene våre, og vi inviterte dem til å komme ut på feltstasjonen en ettermiddag for å se hva vi driver med på lab – det ble en trivelig affære, med mange interesserte gjester (og 14 hjemmelagde pizza som gikk ned på høykant!). Vi har også holdt foredrag i klubblokalene deres, hvor vi gav fem-minutters presentasjoner av de tre prosjektene.

Alt i alt så fikk vi samlet materiale i fra 20 lokaliteter, i tillegg til at vi fikk de besøkende ekspertene til å se på en del museumsmateriale som også skal inngå i prosjektene.

Kart over hvor vi samlet inn materiale (grafikk: K.Kongshavn)

Nå er vi vel tilbake i Bergen by, og jobber videre med materialet – det kommer flere bloggposter på hvilke resultater vi har fått med tid og stunder, så følg med!

Tokt 1. februar 2019

Tiden flyr – og vi har allerede rukket en dag til i felt!

Glade marinbiologer på tokt en mørk morgen i februar! Fv representerer vi NorAmph2/utstillingsprosjektet (Anne Helene), Hardbunnsfauna (Katrine) og Nakensnegleprosjektet x2 (Cessa og Cecilie (masterstudent))

Denne gangen ble det tre av artsprosjektene (Nakensnegler i Sør-Norge, NorAmph2 og Hardbunnsfauna – de to sistnevnte har fått seg hjemmesider siden sist, de finner du om du klikker på linkene i teksten), opportunistisk innsamling til museet sine nye utstillinger, og en masterstudent på nakensneglejakt som var ombord på FF «Hans Brattstrøm».

Vi fortsetter å ha flaks med været – innsamling i februar kunne fort vært noe helt annet enn denne dagen, hvor vi kunne gå helt ut i havgapet på jakt etter gode stasjoner å samle inn på.

Vi brukte to ulike typer redskap: trekantskrape og ringskrape.  Vi tok fem stasjoner; fire med trekantskrape og en med ringskrape. Ringskrapen samler litt lengre ned i sandbunn enn trekantskrapen, som egentlig er tiltenkt bruk på hardbunn. VI slet litt med å finne lange nok strekk med flat steinbunn til at vi kunne trekke skrapen uten å sette oss fast, det var kupert terreng der ute. Men vi fikk fine prøver!

Stasjonenen denne gangen – tre rundt Turøy, en ute i havgapet, og en ved Misje på vei inn igjen

Vi hadde en fin dag på sjøen, og fikk samlet spennende materiale til alle prosjektene.
Anne Helene fikk også sikret (blant annet) en kjempeslimorm til utstillingene…!

-Anne Helene, Cecilie, Cessa & Katrine

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer