Category Archives: artsdata

Makroalger til NorBOL

I forrige uke hang jeg meg på kurset i marin floristikk til institutt for biologi (BIO309A), som ble holdt ute på feltstasjonen vår i nærheten av Flesland. Det var en trivelig gjeng på 12 masterstudenter og tre undervisere i fra BIO (samt undertegnede) som jaktet på makroalger – studentene for å lære seg å identifisere dem, jeg for å sanke arter til NorBOL.

Arbeidsflyten var i) ut og samle alger (til fots og med båt, vi dekket ulike habitater og dybder) ii) inn på laben og identifisere iii) arter som ikke står på lista skal inn til Katrine for fotografering og vevsprøvetaking iv) resten av individet presses som en herbarievoucher.

Totalt tok vi 88 prøver av 76 arter, nå blir det veldig spennende å se hvilke resultater vi får!

Her blir det en litt annen tilnærming på sekvenseringen enn hva vi normalt gjør i NorBOL, da algene krever et annet oppsett enn det de har tilgjengelig på laben vi normalt bruker i Guelph i Canada. Derfor har vi alliert oss med the Saunders lab, som har sagt seg villige til å sekvensere for oss mot at de får bruke resultatene i forskningen sin – og ingenting er vel bedre enn at resultatene blir brukt, så det gikk vi villig med på!

Under vann

Under vann

Hva finner vi her?

Hva finner vi her?

Den spede begynnelsen på identifiseringene...

Den spede begynnelsen på identifiseringene…

...som ble til et imponerende antall arter på kursets siste dag!

…som ble til et imponerende antall arter på kursets siste dag!

Identifiseringsarbeid på laben

Identifiseringsarbeid på laben

Tavleundervisning er fint når en skal få oversikten på plass

Tavleundervisning er fint når en skal få oversikten på plass

Innsamling i fjæra

Innsamling i fjæra

Kjersti snakker om de ulike habitatene

Kjersti snakker om de ulike habitatene

Tøff dag på kontoret!

Tøff dag på kontoret!

Fjærepytter på Store Kalsøy

Fjærepytter på Store Kalsøy

Lettbåtfrakting over til holmen vi skal undersøke

Lettbåtfrakting over til holmen vi skal undersøke

Artsrikt!

Artsrikt!

Pent dandert voucheridivid på herbarieark

Pent dandert voucheridivid på herbarieark

Vouchere i press

Vouchere i press

På algejakt i Seløysundet

På algejakt i Seløysundet

Artsjakt

Artsjakt

Pelvetia canaliculata

Pelvetia canaliculata

Ceramium cf virgatum

Ceramium cf virgatum

Ulva lactua (havsalat)

Ulva lactua (havsalat)

Fucus serratus

Fucus serratus

Chaetomorpha aerea/linum

Chaetomorpha aerea/linum

Chylocladia verticilliata

Chylocladia verticilliata

Delesseria sanguinea

Delesseria sanguinea

Plocamium lyngbyanum

Plocamium lyngbyanum

Som zoolog klarte jeg ikke å la være å plukke med meg dyrene som levde på tare og tang, så det ble noen dyr til barcoding også!

Calliostoma zizyphinum, mangefarget kjeglesnegl

Calliostoma zizyphinum, mangefarget kjeglesnegl

ZMBN_106217 (8)

Isopod/tanglus

Isopod/tanglus

Aplysia punctata, sjøhare

Aplysia punctata, sjøhare

Det ble plukket en god del Amphipoder (tanglopper) til NorAmph

Det ble plukket en god del Amphipoder (tanglopper) til NorAmph

En skjellrygg (Polychaeta/børstemark)

En skjellrygg (Polychaeta/børstemark)

Vevsprøver

Vevsprøver

Takk til undervisere og studenter for en flott uke, vi krysser fingrene for gode resultater!

Fredagsbilde: Stjernedryss

Hva har den gjengen her til felles?

Barcoding specimens

For det første så hører alle sammen til i samme rekke eller fylum, nemlig pigghudene (Echinodermata), og deler derfor karaktertrekkene som er typiske for denne gruppen. På bildet har vi representanter for sjøstjerner, sjøliljer, slangestjerner, kråkeboller og sjøpølser – alle de fem nålevende klassene av pigghuder.

Videre er alle sammen samlet inn i Norge, og er på vei til å bli NorBOL-vouchere. Vi har sendt inn en del pigghuder tidligere og hatt god suksessrate på disse, så vi håper at denne gjengen også skal gi fine genetiske strekkoder til BOLD-biblioteket.

TangloppeTorsdag – hvorfor taksonomi?

Taksonomi er den delen av biologien som handler om å oppdage og beskrive nye arter, klassifisere disse artene, og sette navn (på nye enheter). Det er ikke helt det samme som å kunne identifisere en mengde arter – men slik kunnskap er nødvendig for å kunne oppdage at noe er nytt.

Hvorfor skriver jeg om noe så teoretisk en fin torsdag like før påske?    Fordi på lørdag er det “Taxonomist appreciation day”.

Finnes det noe ukjent her? Foto: K. Kongshavn

Finnes det noe ukjent her? Foto: K. Kongshavn

Dette er en så ny dag at den ikke har noe norsk navn. Det er kanskje ikke så rart – for det er ikke så mange norske taksonomer igjen heller. Ikke det at det noensinne har vært mange norske taksonomer, men det har vært tider da de norske taksonomene var litt mer synlige og anerkjent – om ikke annet så i Norge.  Nå er ikke dette er ikke ment å være en klagesang – det er ment å være en hyldningsmarsj – til alle de som legger grunnlaget for resten av den biologiske forskningen.

For det er nemlig det taksonomien er: grunnsteinen for nesten all annen biologisk forskning. Vi kan undersøke økosystemer alt vi vil, men uten å vite hvilke arter som utgjør økosystemet kan vi ikke egentlig beskrive det. Om vi undersøker påvirkninger av arter – det være seg klima, forurensing eller endret habitat (der arten bor) – må vi vite hvilke arter vi undersøker påvirkningen på. Skal vi si noe om utviklingen av arter må vi definitivt vite hvilke arter vi studerer.

Og det er ikke sånn at alt liv på jorden er beskrevet – de fleste er enige i at vi kjenner til en plass mellom 10 og 15% av de artene som lever nå. Hvis vi ser på dyr som bor i havet, er dette tallet enda litt lavere – mellom 5 og 10% av artene tror vi at er beskrevet. Hvis vi mener det er viktig at ukjente arter blir oppdaget og beskrevet, virker det som om det burde være behov for flere taksonomer.

Amfipoder er en gruppe dyr vi har jobbet taksonomisk med i Norge i 170 år. Taksonomien som organisert fagområde starter med Linne, og han har beskrevet noen amfipoder (blant annet Gammarus locusta som du kan lese om her), så kanskje kan vi si norsk (i alle fall nordisk) amfipodetaksonomi er 250 år gammel?

De norske amfipodetaksonomene deles gjerne inn i tre tidsperioder. Den tidligste gruppen består av Mikael Sars (du kan lese om en av artene han beskrev her), hans sønn Georg Ossian Sars (en av de mange amfipodene han beskrev kan du lese om her) og Georg Ossians venn (Jonas) Axel Boeck, som i 1860 fikk kongens gullmedalje for sitt verk om amfipoder.

 

Knud Stephensen.

Knud Stephensen.

På 1930 og -40 tallet gjorde dansken Knud Stephensen en gjennomgang av alt amfipode-materiale som fantes ved museene i Tromsø og Trondheim, noe som resulterte i et fire-binds verk om “Amphipoda of Northern Norway and Spitsbergen with adjacent waters” i tidsperioden 1934-42. Stephensen hadde hele denne tiden sitt tilholdssted på Københavns Zoologiske Museum, men vi regner ham som litt norsk så mye som han jobbet med dyr fra norske farvann.

Den siste gruppen amfipodetaksonomer i Norge har vært ledet av Wim Vader, som siden tidlig 70-tall har holdt til ved Tromsø Museum. Sammen med en gruppe studenter har han vært ansvarlig for ikke mindre enn 85 nye arter amfipoder. Det er en stor glede at Wim er med på prosjektet Norske Marine Amphipoda (NorAmph), og vi ser fram til å øke tallet på nye arter amfipoder videre.

Wim Vader og to av hans amfipodestudenter. Foto: AHS Tandberg

Wim Vader og to av hans amfipodestudenter. Foto: AHS Tandberg

Men tilbake til utgangspunktet, og med fare for å høres ut som om jeg tigger om oppmerksomhet: taksonomer trengs for den biologiske forskningen. På lørdag ønsker vi oss en klem (eller kanskje en ørliten liten tommel opp?) – både vi som jobber med amfipoder, og alle de andre som jobber med alle de andre spennende og ukjente organismene som finnes. Kanskje en av oss vil beskrive noe som akkurat du vil bli overrasket over – eller noe som naboen din vil synes at er kjempespennende?

Anne Helene


litteratur:

Bakken T, Stensøien HK (2009) Systematikk, systembiologi, biosystematikk, taksonomi, floristikk og faunistikk: en storrengjøring. Biolog 2, 11-14.

Mora C, Tittensor DP, Adl S, Simpson AGB, Worm B (2011) How Many Species Are There on Earth and in the Ocean? PLoS Biol 9(8): e1001127.

Fem plater i fra vestkysten av Afrika klare for barcoding

I disse dager gjør vi ferdige fem vevsprøveplater i fra Marine Invertebrates of Western Africa (MIWA)-prosjektet vårt, som så skal sendes til Canada for sekvensering hos CCDB før de legges inn i BOLD-databasen sammen med metadata og bilder.

Fire av platene er fylt med børstemark, hovedsaklig i fra familiene Ampharetidae, Terebellidae, Nephtyidae, Oweniidae og Magelonidae. Det femte brettet er fylt med Amphipoder. Sistnevnte begynner vel leserne av denne bloggen å bli ganske godt kjent med gjennom Tangloppetorsdagene, men dette er de første amphipodene vi sender inn i fra MIWA – så det blir veldig spennende å se hvilke resultater vi får der!

Mange av disse dyrene har blitt identifisert av besøkende gjesteforskere; Julio arbeidet med Oweniidae, Kate med Magelonidae, São med Nephtyidae og Mario med Terebellidae. Amphipodene er identifisert av Anne Helene og Ania, som workshoppet her like før jul.

A: Cressa sp (Guinea) B: Idunella sp (Mauritania) C: Amphicteis (Morocco) D: Aglaophamus (Gabon) E: Pterolysippe bipennata (Senegal) F: Owenia sp (Western Sahara) G: Nicolea sp (Western Sahara) H: Magelona (sp 5) (Senegal)

A: Cressa sp (Guinea) B: Idunella sp (Mauritania) C: Amphicteis (Morocco) D: Aglaophamus (Gabon) E: Pterolysippe bipennata (Senegal) F: Owenia sp (Western Sahara) G: Nicolea sp (Western Sahara) H: Magelona (sp 5) (Senegal)

Ellers feiret vi biodivers valentinsdag på en engelske bloggen, har du sansen for (halvdårlige) ordspill så anbefales det at du tar en tur over hit for mer av dette:

crabby.tif ZMBN_106092_4

Biodiversitet og DNA-strekkoding

Group photo, [c] NTNU (foto: Hojem)

Group photo, [c] NTNU (foto: Hojem)

I uke 46 var flere av oss representert på konferansen “Biodiversity and DNA barcoding“, som ble arrangert av Artsdatabanken og NorBOL. Programmet inneholdt mange interessante og inspirerende foredrag og posterpresentasjoner.

Sujeevan Ratnasingham presenting "Cyberinfrastucture for the second decade of DNA Barcoding"

Sujeevan Ratnasingham presenterer “Cyberinfrastucture for the second decade of DNA Barcoding”

Folkene ved Evertebratsamlingen viste tre “posters” og framførte en muntlig presentasjon. Våre entomolog-kolleger var også representert med “posters”.