Category Archives: Pågående prosjekter

Boblesneglenes slektskap

Boblesneglene (Cephalaspidea) har fått god mediedekning de siste ukene og figurerer nå på en rekke nettsider, etter at våre kolleger publiserte kunnskap om norske arter gjennom Artsdatabanken.

I disse dager har våre snegleforskere ogåOskars&al2013 publisert en omfattende fylogenetisk analyse av denne gruppen. Å rekonstruere evolusjonshistorien hos snegler ved studier av bygningmessige trekk er en særdeles vanskelig oppgave fordi variasjonen i morfologiske karakterer i stor grad er “gjentakelser og improvisjasjoner” over de samme tema i ulike grupper. Men med DNA-sekvenser får en tilgang til et stort sett av uavhengige data, som kan gi oss et langt sikrere bilde av utviklingslinjer og rekkefølgen av artsavsplittinger fra felles stamformer. Det er nettopp denne framgangsmåten Trond Oskars, Manuel Malaquias og samarbeidpartner Philippe Bouchet,  ved Naturhistorisk Museum i Paris, har benyttet i sitt siste arbeid. I Molecular Phylogenetics and Evolution kan du lese mer om resultatene av disse studiene, som også vil få følger for klassifikasjonen av disse sneglegruppene.

Her er lenker til andre aktuelle sider:

Alt du vil vite om boblesnegler (men ikke tør spørre om)

Boblesnegler i arter på nett

EW

Innsamling og undervisning rundt Svalbard

Når Universitetssenteret på Svalbard (UNIS) skal ha kurstokt for Arktisk Marinbiologi (AB202) er det i år evertebratlaben som står for undervisningen om havbunnsdyr (benthos). 7. mai la vi fra kai i Longyearbyen, og ombord på F/F Helmer Hanssen er 18 glade studenter og 11 minst like glade lærere. Vi skal være ombord til 14. mai – og på denne tiden skal vi ta prøver i Isfjorden, Kongsfjorden, Hinlopen og i og under isen både i Hinlopen og nord for Svalbard.

I tillegg til de stasjonene studentene skal undersøke, har vi samlet flere rene forskningsprøver av benthos (dyr som lever i tilknytning til havbunnen) – både i Kongsfjorden ved Ny Ålesund, ved Smeerenburg, i Hinlopen og ved hvalrossøya Moffen. Dette er for det meste prøver med epibenthisk slede – som er et redskap som samler de små dyrene som lever rett over havbunnen. Vi har fått både polychaeta (børstemark) og krepsdyr, og mange av disse skal brukes videre i arbeidet med barcoding.

Vi har også samlet grabprøver til museet ved hver studentstasjon – det er flott når vi får så god hjelp til å vaske alle prøvene! Grabprøver er 0.1m^2 store biter av den bløte havbunnen, og i disse kan vi undersøke hvilke dyr som bor nede i de øverste sedimentlagene. Det er nok mest polychaeta der, men både mollusker og krepsdyr har også blitt observert av studentene som har vasket prøvene.

Det er ikke alltid det er like behagelig å stå på dekk og vaske prøver: en morgen var det -10C og sterk vind – alt sjøvannet vi spylte prøvene med frøs til en issørpe med det samme det traff dekket, og alle som bevegde seg på dekk hadde veldig glatte turer. Da er det ikke lett å balansere bakker med femti kilo gjørme som ikke skal sprute over kanten.

På stasjonen i pakk-isen satte vi ut amfipode-feller som vi hang rett under isen i nesten et døgn. Allikevel var det ingen amfipoder i fellene da vi samlet dem inn. Undersøkelsene av planktonalger i vannet avslører hvorfor: det var helt grønt vann som kom opp i prøvetakningsutstyret vårt. Med slike gode matforhold er det ikke å undres over at våre gamle reker ikke rakk opp på menyen for amfipodene. Vi vet det var dyr under isen: de ble filmet med en lite undervannsrobot (ROV) som vi kjørte under isen.

AHT_3356Ikke lenge etter at vi ankret til isflaket vårt så vi den første isbjørnen – den var nok nysgjerrig på oss, for den sirkulerte båten med omtrent en kilometers avstand – før den kom 500 meter fra oss og vi måtte avbryte iskjernearbeidet og få alle mennesker ombord i båten.

Seinere på kvelden kom en binne med unge sakte vandrende mot oss. Da hadde vi ikke noen folk ute på isen – men de fleste stod på fremdekket og knipset mens mor og barn spaserte forbi oss og fortsatte til en åpen råk nesten en kilometer bak oss. Tilsammen 5 isbjørner var innom isflaket vårt i løpet av det døgnet vi lå ankret til det. Den samme tiden drev isflaket 5 nautiske mil – og vi beveget oss fra 1500 meters dyp via 400 meter og tilbake til 700meter. Med slik fart blir alle bunnprøver fra helt forskjellig sted; våre to grabb-prøver kommer fra henholdsvis 1260m og 600m.

Samarbeidet med UNIS er fint for alle involverte; museet får prøver vi ellers ville hatt vanskelig for å få og UNIS får støtte til undervisningen på fagområder de ikke har nok folk på. Jeg som har fått dra på tokt er veldig glad – en uke med snø, sol og bløte sedimenter gjør sitt for smilemusklene. Det er vakker natur rundt oss hele tiden, og i tillegg til de organismene vi har studert på toktet og de evertebratene jeg har samlet inn, har vi sett både hvalross, knølhval og isbjørn.

15. mai setter jeg nesen sørover mot Bergen igjen, prøvene kommer etter med båt. Nå er det bare å glede seg til å få arktiske prøver inn på laben.

Anne Helene

Vellykket workshop på børstemark

I forrige uke avholdt vi PolyNor-workshop på laben. Denne gangen fokuserte vi spesielt på kompetanseheving og erfaringsutveksling sammen med folk som til daglig arbeider med miljøovervåking, og hadde med deltakere i fra Akvaplan-niva, Uni Research SAM-marin, NTNU Vitenskapsmuseet og Universitetsmuseet i Bergen.  Vi fokuserte spesielt på etanolfiksert materiale samlet inn fra dype farvann (>600 m) av MAREANO, da vi har planer om å barcode denne  faunaen gjennom NorBOL. Workshopen var en del av prosjektet vi har gående på børstemarkdiversitet i norske farvann; PolyNor. Takk for innsatsen! IMGP0528 IMGP0529 IMGP0535

Stipendidat på studietur: rapport fra Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris

TRO_ParisDe fleste taksonomer drar i fra tid til annen på besøk til andre institusjoner for å studere samlingene der. Trond – en av stipendidatene våre – har tilbrakt uka i Paris, ved ærverdige Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris. Han har sendt en liten rapport:

Jeg går igjennom den omfattende samlingen de har av tørre Scaphander skjell, slik at jeg kan identifisere mulige nye arter og undersøke den biogeografiske utbredelsen hos kjente arter. I tillegg måler jeg spennet i skjell-størrelser.

 

Et Scaphander-skjell

Et Scaphander-skjell

Jeg har også lett gjennom våtmateriale fra nyere tokt de har hatt her for å se om det er noe å dissekere eller kjøre DNA på. Det meste av materialet jeg gikk gjennom var fra Stillehavet, men også fra Det Indiske hav og noe nyinnsamlet materiale fra Atlanteren utenfor Fransk Guyana.

Arbeidsplass

Arbeidsplass

Det er enorme mengder med materiale her siden de har hatt to-tre tokt i året og de eldste skjellene så langt ble samlet inn på 70-tallet!

NorBOL-workshop 2015 (del 2)

Vevsprøvetaking
Vevsprøvetaking

 

Da er workshopen omme, og vi sier oss godt fornøyde!

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang.

Behandling av data i BOLD-databasen

Behandling av data i BOLD-databasen

 

 

 

 

 

 

Vi begynte med et par introduksjonforedrag om metoder og om BOLD-databasen før vi gikk løs på den praktiske biten.

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen. (Foreløpig) siste post på programmet blir å sende platene til laben i Canada for sekvensering, noe vi satser på å få gjort ganske umiddelbart.

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Som nevnt tidligere så ble det arbeidet med et variert utvalg av organismegrupper disse tre dagene: Pseudosopp (Pythium), tanglus (Isopoda) og tanglopper (Amphipoda), sommerfugler (Lepidoptera), hoppekreps (Copepoda) og vannlopper (Cladocera), børstemark (Polychaeta), tifotkreps (Decapoda), marine fisk (Pisces) og soppmygg (Mycetophilidae). Ulike organismegrupper krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet.

For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte forsøksvis å gjøre DNA-ekstraksjonen på «hjemmelaben» nede på Marineholmen. Et av kravene til barcodingen vi driver med er at det skal finnes en permanent “voucher” av individet som vevsprøven kommer i fra, og at denne voucheren skal deponeres ved en permanent (museums)samling. Dermed kan voucheren undersøkes igjen dersom behovet skulle oppstå.

For at DNA-strekkoding skal bli vellykket er det kritisk at sammenhengen mellom sekvens og museumsprøve opprettholdes. Deponering av en «voucher» (det vil si individet som DNA ble tatt fra) vil sikre at alle resultater som legges inn i Genbank eller lignende databaserkan sjekkes og korrigeres… (Hvordan utforske artsmangfoldet i havet )

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

For bittesmå dyr byr det på utfordringer å få nok vev til å kjøre genetiske analyser samtidig som vi bevarer nok av dyret til at det kan brukes som voucher. Vi valgte derfor å teste denne med løsningen med DNA-ekstraksjon lokalt for å forsøke å berge restene av eksoskjelettet (det ytre skjelettet) som blir igjen når de bløte delene av dyret løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning.

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

 

Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskop-preparater.

For andre grupper kan vevsprøvetakingen være så rett frem som å knekke av en bit av en fot (sommerfugler), eller å ta ut en passende bit muskelvev (fisk og større krepsdyr). For små krepsdyr forsøker vi å plukke føtter, og på børstemark er det enten kroppsvegg, gjeller eller parapodier som brukes. Pseudosoppen bød på sine egne utfordringer, da den vokser på agar i petriskåler – etter å ha konferert med et par eksperter så kom vi frem til en metode som vi tror skal fungere – det gjenstår å se, vi tar det som en test siden det er første brettet i fra denne gruppen.

Nå blir det spennende å se hvilke resultater vi får, forhåpentligvis blir det et fint hopp i telleren på strekkodede arter i fra Norge når disse prøvene blir ferdig analysert.

Universitetsmuseets årbok 2014

Universitetsmuseets årbok 2014

 

Her kan du lese mer om genetisk strekkoding  og NorBOL-prosjektet i Universitetsmuseets Årbok for 2014:

Hvordan utforske artsmangfoldet i havet (pdf)