Category Archives: NorBOL

Isopoder fra MAREANO til barcoding

Vi har etter hvert sendt inn en del isopoder (“tanglus”) til barcoding, og begynner å se noen interessante problemstillinger som det bør nøstes litt i.

Men vi er enda langt unna å ha tatt alle artene (i følge Artdatabanken er det ca 210 arter i Norge), så nå har jeg gått løs på små isopoder som MAREANO har samlet og artsbestemt, og plukket ut arter som vi så langt ikke har barcodet gjennom NorBOL. Siden dyrene er så små så blir ofte det ofte til at hele individet – minus tarmen, og det er et lite eventyr å unngå..! – blir vevsprøve i disse tilfellene.

Da er det greit at det ble tatt ekstra detaljerte bilder, så jeg har sittet i skumringen på fotorommet vårt og forhandlet med små dyr som ikke nødvendigvis er med på å skulle ligge med hodet mot venstre og ryggsiden opp… Men bilder blir det! Det blir spennende å se hvilke resultater vi får her, forhåpenligvis blir det mange sekvenser.

Her er dagens fotomodeller (klikk for å se større bilde):

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

Isopoder i fra MAREANO-materialet til barcoding. Foto: K.Kongshavn

TorsdagsTangloppen: Bruzelia typica Boeck, 1870 – en ridder i rustning?

Det hele begynte med et ubevisst kappløp om å være først ute med nesten den samme avhandlingen fra to forskjellige vitenskapere i hvet sitt nordiske land i 1859. Axel Boeck satt i Norge og skrev på avhandlingen “De Norske Amphipoder og deres Naturhistorie” mens Magnus Ragnar Bruzelius satt i Sverige og skrev på “Skandinaviens amphipoda gammarina”. Begge avhandlingene må ha vært eksepsjonelt gode, for Boeck fikk en kongelig gullmedalje for sin avhandling, mens Bruzelius fikk det svenske Vitenskapsakademiets Flormanska pris for sin avhandling. Begge de nasjonale vitenskapsakademiene ville publisere avhandlingene, og den som kom ut først var Bruzelius sin avhandling. Boeck fikk ikke medaljen sin før i 1860.


Boeck syntes nok dette var ganske så kjipt, for hans arbeid ble liksom litt usynlig siden det kom ut bare noen måneder etter et arbeid som var nesten likt. Bruzelius hadde beskrevet 77 arter fra området, mens Boeck hadde beskrevet 92. Med medaljen kom litt penger til en ordentlig publisering av hele oppgaven, og siden Bruzelius´ arbeid hadde tatt litt viden fra Boeck, jobbet han først litt videre for å få til et enda grundigere verk, kanskje han ville vise en gang for alle hvem som var den store zoologen av de to?

Zoologien var nok Boecks domene. Bruzelius begynte allerede i 1865 å studere medisin, og han skulle ende opp som en av de viktigste legene i Sverige på sin tid. Han ble overlege på Karolinska Institusjonen, og livlege for kong Oscar II, og veldig lenge sveriges eneste lungespesialist. Boeck kunne kanskje ha trengt Bruzelius – han døde allerede i 1873, bare 40 år gammel.

Det kan nok mye heller være at Boeck bare ville gjøre et grundig arbeid når han først fikk finansene til å publisere. Som så ofte skjer, oppdaget han når han så litt nærmere på detaljene at det jo var mye mer som han ikke visste noe om, og det resulterte i studiereiser til bibliotekene og samlingene i København, og plutselig var en skandinavisk undersøkelse blitt til en skandinavisk og Arktisk undersøkelse. Grunnen til det var at Boeck i København fikk studere Krøyers Grønlandske samlinger. Plutselig var de 92 artene blitt til 260 arter, og det som nok allermest står igjen var mye av den “systematiske ryddingen” Boeck gjorde.


Alle de ekstra artene, og ikke minst alle de nye slektene, familiene og høyere innordningene Boeck opprettet for å rydde i “den systematiske oppstilling” gjorde at den store og utvidete versjonen av amfipodeverket ikke kom ut før i 1870 – på latin – og i 1871-76 på norsk. (Bind to av den norske utgaven er det egentlig broren Håkon Boeck som har gitt ut, da var Axel Boeck død).

En av de mange nye slektene som Boeck laget, heter Bruzelia. Navnet fikk den for å gjøre ære på Bruzelius som altså hadde publisert først – kanskje det var Boeck sin måte å si “jeg er ikke sur på deg” på? Et eksempel på høflighet mange av oss kanskje burde se på til etterfølgelse?

Når jeg tenker på Bruzelia tenker jeg på riddere i full rustning. Spesielt på hodet – seinere forfattere har beskrevet hodet som hjelm-formet. Sånn veldig tidlige hjelmer – kanskje mer vikinger eller grekere – med nesebeskytter og lang over ørene og nakken. Denne hjelmen er så godt trykt ned over hodet at den presser begge antenneparene til å peke nedover, litt som om noen med langt hår tok på seg en sånn tidlig krigerhjelm. Resten av kroppen er ikke så allerværst beskyttet den heller  Boeck har med i beskrivelsen for Bruzelia typica at sideplatene (coxa) er stive og kan vippes utover fra kroppen.

Bruzelia er en slekt som i dag har 13 godkjente arter. 8 av disse er beskrevet de siste 45 årene, det er en ganske typisk fordeling for arter som holder til på dypt hav – den største delen av dyphavsutforskningen har foregått de siste 45 årene, og selv om vi også finner nye arter overalt, er det kanskje i de dype og fremdeles relativt uutforskete områdene at vi har størst sjanse til å oppdage hittil ukjente arter.


Mange av de slektene Boeck opprettet i 1870 finnes fremdeles. Men, akkurat som Boeck prøvde er det fremdeles en mengde omorganiseringer av de mer omfattende gruppene av amfipoder – systematikken. Senest i vår kom en ny fylogeni (organisering) for amfipodene, men det er ikke dermed sagt at det er den som de fleste amfipodeforskere er enige med, eller at den kommer til å bli stående lenge. Arbeidet vi gjør med NorAmph gjennom NorBOL med å kartlegge strekkode-DNA for så mange arter som mulig vil forhåpentligvis kunne være en brikke i nye studier av amfipodenes overordnete fylogeni. Vi får følge med framover.

Anne Helene


Litteratur:

Barnard JL (1972) A review of the Family Synopiidae (= Tironidae), Mainly Distributed in the Deep Sea (Crustacea: Amphipoda). Smithsonian Contributions to Zoology 124, 1-104.

Boeck A (1870) Crustacea amphipoda borealia et arctica. Særskilt avtrykk av Forhandlinger i Videnskapsselskapet i Christiania Aar 1870

Boeck A (1872) De skandinaviske og arktiske amfipoder. AW Brøgger, Christiania

Bruzelius RM (1860) Bidrag til Kännedomen om Skandinaviens Amphipoder. Lund Universitet.

Loerz AN (2013) The Marine Fauna of New Zealand and the Ross Sea: Amphipoda, Synopiidae (Crustacea). NIWA-publications 127, 1-162.

Lowry JK & Myers AA (2017) A Phylogeny and Classification of the Amphipoda with the establishment of the new order Ingolfiellida (Crustacea: Peracarida). Zootaxa 4265, 1-89.

Elpidia belyaevi – en ny art for BOLD!

Like før sommeren postet vi om dyrene som var på vei til sekvensering i Canada. En av artene var den sjarmerende, lille sjøpølsen som var identifisert som Elpidia glacialis. Vi holdt døren åpen for at det muligens var en av de andre Elpidia-artene, da våre to individer både var samlet inn på svært store dyp (2400 m), og var markant mye «tjukkere» enn E. glacialis vanligvis er. Siden ferien nærmet seg med stormskritt bestemte vi oss for å vente med å dobbeltsjekke identifiseringen til etter sekvenseringen.

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia sp samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Vi fikk sekvenser på begge dyrene, og disse – sammen med morfologien og dypet de var funnet på – indikerte at det var på sin plass å studere dyrene en gang til (det er da det er veldig fint at vi tar vare på de vevsprøvetatte dyrene som vouchere i museumssamlingen).

Da ser man blant annet på formen og distribusjonen av små kalkplater i huden på dyret (ossikler).

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans "Kunstformen der Natur" (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker "spikermatter" etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Holothurians plate av Ernst Haeckel fra hans “Kunstformen der Natur” (1904). Kalkpleter i ulike former (hjul, anker “spikermatter” etc) ses rundt en sjøpølse. Bilde fra Wikimedia

Tom har derfor sett nærmere på dyrene i forhold til nyere bestemmelseslitteratur (Rogacheva 2007), og de stemmer overens med E. belyaevi. Dermed ble det allikevel en ny art for NorBOL (vi hadde ingen av Elpidiaene fra før) – og tilsynelatende også for hele BOLD-databasen!

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Artene i familien Elpidiidae som finnes i BOLD (før vi har revidert våre)

Nå skal vi jakte i samlingene og se om vi ikke har egnet materiale av det som faktisk er E. glacialis: Hvis den da egentlig finnes i Norge? Typelokaliteten til E. glacialis er oppe ved Novaja Zemlja, men den har blitt ansett for å ha global utbredelse og finnes i fra 90 – 9700m (!), så den er naturlig nok rapportert i fra Norge også – men det hadde vært veldig spennende å se nærmere på hvorvidt det som kalles E. glacilis rundt i verden faktisk er samme art – eller om det er mange ulike.

Her kan barcodingen være til hjelp, hvis det finnes egnet materiale. Vi kommer også til å lete etter slektningen E. heckeri, som Rogacheva (2007)  fant i flere av de norske prøvene (som dessverre har vært på formalin..). Forhåpentligvis får vi med oss en eller flere av disse artene også i strekkodebiblioteket for Norge.


Referanse:

Revision of the Arctic group of species of the family Elpidiidae (Elasipodida, Holothuroidea)

Antonina V. Rogacheva

Pages 367-396 | Received 21 Dec 2007, Published online: 13 Dec 2007

http://dx.doi.org/10.1080/17451000701781880

Isopoder i fleng

Da vi var ute med R/V Hans Brattstrøm i forbindelse med det internasjonale Annelidakurset vi arrangerte i juni så samlet vi ikke bare børstemark; vi plukket også med oss aktuelle dyr til NorBOL-barcoding – deriblant isopoder til en krepsdyr-plate som ble sendt inn til sekvensering i juni.

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Innsamling og sortering i typisk vestnorsk sommervær

Arst- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus)

Arts- og individrik prøve med amphipoder (tanglopper) og isopoder (tanglus) – her tatt med trekantskrape på 29 meters dyp utenfor Sotra

I mens vi var ute på feltstasjonen vår på Espegrend plukket vi ut en del individer som vi fotograferte levende, slik at vi fikk med de flotte fargetegningene. Dette er litt mer omfattenede enn en kanskje skulle tro, da dyrene er fint lite interesserte i å stå i ro og posere.

Slik så det ut oppi skåla med utplukkede krepsdyr:

 

I fra en av isopod-slektene – Idotea – endte vi opp med denne gjengen, som ble fotografert, fiksert og identifisert. Deretter tok vi vevsprøver av dem, som ble lagt i krepsdyr-platen vi holdt på med, og sendt til CCDB-laben i Kanada for sekvensering.

Isopoder i slekten Idotea

Isopoder i slekten Idotea – de fleste er 1-2 cm lange (men de er ikke skalert i forhold til hverandre her)

Etter sekvensering ble dataene i fra CCDB-laben lastet opp sammen med våre data i den internasjonale strekkodedatabasen BOLD,  og vi fikk følgende resultater:

isopoda-part2

Litt oppklarende – men også forvirrende

Her er et par åpenbare ting å ta tak i:

Vi går tilbake og ser på de tre idividene som ikke var artsbestemt, og sjekker om vi er enige med arten den genetiske strekkoden indikerer (I. granulosa), i såfall oppdaterer vi navnet i BOLD-databasen.

Hva har skjedd med de tre individene som var identifisert som I. granulosa, men som ikke fikk barcode? Var det bare tilfeldigheter som gjorde at de tre ikke fungerte, eller kan de være en annen art? Hva med Idothea neglecta? (Kanskje trengs det i så fall en annen primer for å få til DNA-sekvenser fra disse?) Her må vi hente fram prøvene våre og undersøke artskjennetegnene igjen med kritisk blikk.

-Endre & Katrine

 

Sommersending av NorBOL-dyr

(alternativ tittel: Søte sjøpølser..!)

Elpidia glacialis samlet inn av CGB. Foto: K.Kongshavn

Elpidia glacialis samlet inn av CGB i fra 2425 m dyp i 2008. Foto: K.Kongshavn

-Ooooh, Elpiiiidiaaa!

Nå er det ganske lenge siden sist jeg var med MAREANO på tokt, men jeg har gode minner om å sitte (stablet i høyden) i videorommet og spise smågodt mens vi fulgte med på skjermen som sendte live i fra Campod’en nede på bunnen, og ropte ut navn på dyrene etter hvert som de dukket opp til notattakeren, som forsøkte å få skrevet ned alt i riktig rekkefølge..!

Disse rare små sjøpølsene – i slekten Elpidia – var en favoritt, og er det fremdeles – de er rett og slett ganske bedårende, der de tusler rundt. Jeg finner dessverre ikke video av dem online – men her er en av noen av slektningene deres, i slekta Scotoplanes.

Dyrene i videoen – Scotoplanes sp. – har det blitt skrevet en god del om, bl.a. har Echinoblog (anbefales!) laget to fine poster om dem. De finner du her og her.

I den nyeste pigghud-platen vi sender for NorBOL (den er på vei til Canada for sekvensering mens jeg skriver dette) så har vi med to Elpidia – antakelig E. glacialis, men som for så mange marine evertebratarter vet vi enda ikke helt hvem som er hvem, for ikke å snakke om hvor de holder til. At disse dyrene lever på store dyp gjør dem ekstra vanskelige å studere – disse to ble samlet inn av Centre for Geobiology i fra omkring 2400 meters dyp i henholdsvis 2008 og 2009.  Det blir spennende å se om vi får sekvenser på dem – vi krysser fingrene! Kanskje finner Anne Helene & co noen ferskere dyr til oss på årets tokt..?
I samme forsendelsen er en plate med børstemark, og en med krepsdyr. På alle tre platene er det en god blanding av dyr som har blitt samlet inn gjennom store prosjekter (som f.eks. MAREANO og CGB), og dyr vi har samlet selv på små og store tokt.

ccdb23982_poly_resized resized_barcoding-specimens1Vi håper på gode sekvenser og spennende resultater!

-Katrine