Category Archives: NorBOL

Hardbunnsfauna: nytt Artsprosjekt!

I disse dager setter artsprosjektet «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding» (Hardbunnsfauna) i gang for alvor!

Kjappe fakta
Periode: 2019-2021
Prosjektleder: Endre Willassen
Institusjon: Universitetsmuseet i Bergen, Avdeling for naturhistorie, evertebratsamlingen
Samarbeidende institusjoner: NTNU Vitenskapsmuseet, NIVA, Universitetet i Tromsø/UNIS, Naturhistorisk museum UiO, Havforskningsinstituttet, Institute of Oceanology of the Polish Academy of Sciences, Heriot-Watt University
Sosiale medier: @Hardbunnsfauna på Instagram og på Twitter

Artsprosjektet finansieres av Klima- og miljødepartementet, og koordineres av Artsdatabanken.

Her finner du Hardbunnsfauna sin hjemmeside hos Artsdatabanken.

Vi har allerede hatt et par dager i felt (det kan du lese om her og her), men i neste uke blir det skikkelig oppstart med workshop på feltstasjonen, besøkende gjesteforskere, feltarbeid og generelt full rulle – vi gleder oss!

Grunne hardbunnshabitater er en av de dominerende naturtypene langs norskekysten. Her finner vi også algebeltet, som huser en særdeles artsrik fauna av ulike evertebratgrupper. Prosjektet vil samle krefter fra et bredt sammensatt norsk og internasjonalt forskningsmiljø for å undersøke hvilke arter som forekommer i hardbunnshabitater langs norskekysten og ved Svalbard.

Artenes forekomst og utbredelse skal kartlegges, og artsinformasjon skal presenteres i nettbaserte databaser. Vi kommer til å jobbe med alle mulige grupper av marine evertebrater, som krepsdyr, bløtdyr, pigghuder og børstemark. Men det vil spesielt bli fokusert på de dårlig kjente dyregruppene Ectoprocta/Bryozoa (mosdyr), Ascidiacea (Sekkdyr) og Porifera (svamp). Materialet vil bli sortert og identifisert, og inngå i museet sine samlinger.

Gamle kjenninger; børstemark, bløtdyr, krepsdyr og nesledyr står fortsatt på “hitlisten” vår

…men denne gjengen – mosdyr, sekkdyr og svamp – skal få ekstra mye oppmerksomhet!

Vi skal fortsette arbeidet med å bygge et validert strekkodebibliotek for arter som forekommer i Norge gjennom NorBOL-nettverket og den internasjonale databasen over genetiske strekkoder (BOLD), hvor hver strekkode også kan kobles tilbake til en organisme (i vårt tilfelle et dyr) i museets samlinger. Dette er viktig, for vi har ofte behov for å kunne gå tilbake til dyret som den genetiske strekkoden kommer i fra for å undersøke ting nærmere – med såpass høy andel uavklarte og ukjente arter som vi finner hos de marine evertebratene* dukker det stadig opp noen nye problemstillinger.

Vi kommer til å tilby masteroppgaver i tilknytning til prosjektet, om noen er interesserte i dette så er det bare å ta kontakt!

Planen er å oppdatere jevnlig underveis i workshopen, så følg med her (og gjerne på Instagram og Twitter også) for å se hva vi finner i neste uke!

Ved evertebratsamlingen har vi nå hele fem artsprosjekt gående, og vi samarbeider naturligvis der vi kan – så medarrangører på denne workshopen er NorHydro og Nakensnegler i Sør-Norge. Du finner en kort presentasjon av de fem prosjektene her.

-Katrine

*for børstemark (Polychaeta) ser det ut for at minst 30 % av diversiteten ikke er skikkelig kjent enda – og det er i de nordiske havområdene, som er verdens kanskje best undersøkte marine områder.  (Les mer om dette her, under poster #485: Alle posterne fra IBOL 2017 er nå tilgjengelige på nett)

Tokt 1. februar 2019

Tiden flyr – og vi har allerede rukket en dag til i felt!

Glade marinbiologer på tokt en mørk morgen i februar! Fv representerer vi NorAmph2/utstillingsprosjektet (Anne Helene), Hardbunnsfauna (Katrine) og Nakensnegleprosjektet x2 (Cessa og Cecilie (masterstudent))

Denne gangen ble det tre av artsprosjektene (Nakensnegler i Sør-Norge, NorAmph2 og Hardbunnsfauna – de to sistnevnte har fått seg hjemmesider siden sist, de finner du om du klikker på linkene i teksten), opportunistisk innsamling til museet sine nye utstillinger, og en masterstudent på nakensneglejakt som var ombord på FF «Hans Brattstrøm».

Vi fortsetter å ha flaks med været – innsamling i februar kunne fort vært noe helt annet enn denne dagen, hvor vi kunne gå helt ut i havgapet på jakt etter gode stasjoner å samle inn på.

Vi brukte to ulike typer redskap: trekantskrape og ringskrape.  Vi tok fem stasjoner; fire med trekantskrape og en med ringskrape. Ringskrapen samler litt lengre ned i sandbunn enn trekantskrapen, som egentlig er tiltenkt bruk på hardbunn. VI slet litt med å finne lange nok strekk med flat steinbunn til at vi kunne trekke skrapen uten å sette oss fast, det var kupert terreng der ute. Men vi fikk fine prøver!

Stasjonenen denne gangen – tre rundt Turøy, en ute i havgapet, og en ved Misje på vei inn igjen

Vi hadde en fin dag på sjøen, og fikk samlet spennende materiale til alle prosjektene.
Anne Helene fikk også sikret (blant annet) en kjempeslimorm til utstillingene…!

-Anne Helene, Cecilie, Cessa & Katrine

Mollusknyheter

Bløtdyrteamet vårt er hovedsaklig engelsskrivende, så nyheter i fra den kanten kommer oftest på engelsk – men her kommer en kort oppsummering på norsk av de to nyeste bloggpostene i fra den kanten.

Manuel har vært i Mosabik (igjen) og holdt kurs i kunsten å samle inn, kuratere og databaseføre marine museumssamlinger ved University Lurio i Pemba.

Gruppebilde før feltarbeidet 

Kurset samlet 15 deltagere (underviere og studenter), og var en kombinasjon av feltarbeid, foredrag, labarbeid og kuratering/databaseføring.

Dette kan du leser mer om her:
Course on “Preparation, curation, and databasing of marine biodiversity collections” at University Lurio, Pemba, Mozambique (27th August–7th September 2018)

Videre har Cessa vært i Trondheim på NorBOL-workshop, hvor hun har fått en innføring i prosedyrene for å bygge videre på det norske biblioteket over genetiske strekkoder fra planter og dyr. Cessa jobber på artsprosjektet “Nakensnegler i Sør-Norge”, og har nå sendt inn den første platen med vevsprøver til sekvensering – det blir spennende å se hvilke resultater vi får! Sekvensen vil inngå i det globale strekkodebiblioteket BOLD (barcode of life data systems), sammen med bilder og informasjon om dyrene. Jeg tør påstå at det er få andre prosjekter der som har så flotte bilder!

Prosjektet går forøvrig så det suser,  etter oppstart i mai har de allerede hatt tre velykkede feltarbeid, og har registret 500 nye individer til museumssamblingen i fra omkring 90 arter. Disse 90 artene er identifisert basert på morfologien (fysiske karakterer), men vi har grunn til å tro at det kan komme noen avsløringer når vi begynner å kombinere dette med genetiske data. Her har prosjektet også fått inn to masterstudenter som skal jobbe henholdsvis med  populasjonsgenetikk hos Polycera quadrilineata og taxonomien til slekta Eubranchus. 

Fra prosjektets Instagram-konto

29. oktober feiret vi #SeaSlugDay (jadda!) på sosiale medier, noe som var veldig gøy! Klikk på linken over for en hel masse fine bilder og fakta. Datoen er fødselsdagen til Terry Goslinger: Meet the Scientist Who Has Discovered More Than 1,000 Species of Sea Slugs

Prosjektet er også aktivt på Facebook og Instagram – ta en titt om du er interessert!

Bloggposten til Cessa finner du her: NorBOL and BOLDsystems course Trondheim 17th-19th of October

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

Feltarbeid i Haugesund

Glimt i fra DiveCamp i Haugesund – bilder fra Cessa Rauch og Anders Schouw

I begynnelsen av juli dro Cessa sammen med folkeforsker Anders  (“citizen scientist” – i dette tilfellet har han nå også en doktorgrad 😉 ) til Haugesund. 

Der arrangerte Slettaa Dykkerklubb Haugaland  (facebookgruppe og nettside) DykkeCamp, med mange ivrige dykkere i vannet. Disse ble invitert til å bidra til artsprosjektet på Nakensnegler i Sør-Norge gjennom inspirerende av foredrag av Cessa.

Dykkerne ble så utstyrt med samleglass før de hoppet i havet, og jaktet opp hele 22 ulike arter med nakensnegler!

Cessa har skrevet en utfyllende bloggpost med mange flotte bilder over på den engelske bloggen, klikk deg over dit for å lese

Hvis du vil ha siste nytt om artsprosjektet om nakensnegler i Sør-Norge så anbefales det å bli med i Facebook-gruppen deres, som stadig oppdateres med flotte bilder og ny informasjon. Den finner du her!