Barcodingsworkshop i Gøteborg

IMG_8471Denne uken har jeg vært på besøk hos kolleger ved Gøteborgs naturhistoriska museum for å hjelpe dem i gang med barcoding av marine evertebrater – de har mottatt ti plater til vevsprøvetakning i fra NorBOL.

IMG_1745Disse platene håper vi å fylle med arter som finnes i både norsk og svensk farvann (landegrensene synes som kjent ikke særlig godt under land, så mye av faunaen overlapper). Dette fungerer også som et pilotprosjekt for en eventuell større satsing på barcoding av svensk materiale (SweBOL), dersom dette får finansiering.

IMG_8465

Vi har gått igjennom prosedyrer og typiske problemstillinger, satt opp fotostasjon, og begynt vevsprøvetakingen på første brett ut, som skal fylles med sjøpølser og andre pigghuder (Echinodermata). Videre håper vi å få tatt en del Bivalver og andre mollusker, da de har mye godt preservert materiale i fra denne gruppen.

Det var et trivelig opphold, og vi ønsker dem lykke til med søknaden for SweBOL!

DNA-strekkoding på NRK, og toktdagbøker i fra MAREANO

schrodingerI går gikk det et kjempefint innslag om DNA-strekkoding (barcoding) på Scrödingers katt på NRK, det kan du se på nett-TV her:

DNA strekkode avslører nye arter

 

 

mareanoSamtidig så avsluttet MAREANO årets siste tokt med bio/geo innsamling. De har vært aktive på nett underveis, her finner du årets siste toktdagbok, som ble laget med en liten vri:

“I dette nyhetsbrevet har alle biologene som er med på “G.O.Sars” på toktet nå i august-september bidratt. Hver biolog har valgt et bilde fra arbeidet sitt, og har skrevet historien til det. Her er mange forskjellige stemmer – og det reflekterer både den store diversiteten vi finner på havbunnen – og den store diversiteten blant biologene om bord”

Nytt dagsturstokt

Helt greit "kontor", det her - flat sjø og blå himmel!

Helt greit “kontor”, det her – flat sjø og blå himmel!

I går var vi ute i sola med F/F “Hans Brattstrøm” igjen, denne gangen på nokså spesifikk jakt etter noen børstemarkarter som vi gjerne skulle hatt mer materiale av – skjønt vi naturligvis plukker med oss “litt av alt” når vi først er ute.

 

Med oss hadde vi to av avdelingens studenter - praktisk  felterfaring er viktig å få med seg i løpet av en grad!

Med oss hadde vi to av avdelingens studenter – praktisk felterfaring er viktig å få med seg i løpet av en grad!

 

Med slike små dyr som vi jobber med så er det oftest ikke før en sitter med prøven under lupen at en kan si sikkert om en har funnet det en er ute etter (eller kanskje noe helt annet spennende!), så vi kommer som oftest hjem med bøttevis av materiale – gårsdagen var intet unntak der.

I dag er det frenetisk sortering og fiksering på programmet, og jeg forsøker å få tatt bilder av en del levende dyr, da fargetegningene i stor grad forsvinner i spritfikseringen. Vi plukker dyr direkte til DNA-barcoding, stort ferskere prøver går det ikke an å få !Skattejakt på dekk

Skattejakt på dekk

Et eksempel i fra fangsten; en børstemark i familien Cirratulidae

Et eksempel i fra fangsten; en børstemark i familien Cirratulidae

Internasjonal Crustacea kongress (ICC-8) i Frankfurt

Nesten 300 forskere fra mange nasjoner var i forrige uke samlet på den flotte Campus Westend til Goetheuniversitetet i Frankfurt for den Åttende Internationale Crustace-kongressen. Mange interessante foredrag og postere med høy kvalitet ble presentert i løpet av seks dager.  En spesiell work-shop om DNA-identifikasjon fylte auditoriet i den grad at mange tilhørere måtte nøye seg med ståplass. EW ga en 15 minutters presentasjon av resultater fra vår strekkoding av decapoder og stomatopoder fra Afrikakysten. Han peikte særlig på at strekkoding kan avsløre avvikende identifikasjoner mellom ulike laboratorier og forskningsmiljø og vise til behov for rebestemmelse og / eller taksonomisk revisjon av arter.Copy of GoetheUnivFrankfurtICC-8_presentation

Casinobygget ved Goethe-universitetet

Kenneth Meland (BIO, UiB) framla også resultater av fylogenetiske analyser av den eldgamle gruppen Lophogastrida.  Separate analyser av morfologiske karakterer  og DNA fra fire gener viser overraskende godt samsvar og har gitt oss en ny forståelse av slektskapsforhold mellom familiene i denne gruppen. Meland samarbeider med EW og Stefan Richter (Univ. Rostock) i dette prosjektet.ICC8_Lophogastrida

 

Data til Artskart

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

4027 artsdata om marine krepsdyr i Universitetsmuseets samlinger ble avlevert til Artsdatabanken i dag

Artsdatabanken (http://www.artsdatabanken.no/) lyser jevnlig ut midler for å få stedfestede data om forekomsten av arter i Norge. Selv om Evertebratsamlingen har preparater av flere tusen arter som har vært katalogiserte siden 1850, er mange prøver som ikke uten videre egner seg for slike kart. Det kan blant annet være fordi stedsangivelsene er usikre. Vi har foretatt et utvalg av 4000 prøver av storkreps (Malacostraca) som vi anser som rimelig sikre identifikasjoner. Data ble avlevert til Artsdatabanken i dag og vil formodentlig bli integrert i Artskart og GBIF. Vi takker Artsdatabanken for oppdraget.

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format

Artsidentifiserte og katalogiserte prøver med data i DarwinCore-format