En tøffing vi traff da vi var ute og samlet inn dyr til NorBOL barcoding i fjor høst, en diger Cancer pagurus/taskekrabbe:
Om du vil bli like fasjonabelt antrukket som han her, så har du muligheten nå!
NorBOL har fotokonkurranse gående, hvor man kan vinne ypperlig kaffekrus og eksklusiv NorBOL-buff (her pent drapert over en klo – men den har også andre bruksområder).
Klikk her for detaljer, innsendingsfrist er 15. februar.
Tanglopper – eller Amphipoda – er små krepsdyr som lever i havet, i innsjøer og elver, i huler og i fuktig jord. De finnes overalt i verden, og til nå er det registrert ca 9 800 arter (Amphipoda i den marine databasen WoRMS). Flesteparten av artene finnes i havet – fra strandsonen og helt ned til de dypeste områdene som finnes, der flesteparten av artene er knyttet til havbunnen, selv om det også er mange arter som svømmer i de frie vannmassene.
I Norge er det registrert 561 navn på amphipoda-arter i ArtsNavnebasen til artsdatabanken, og i nordatlanteren har vi registrert 850 arter (Vader, 2007). Hvor mange og hvilke arter som finnes i de norske farvannene er nok et sted mellom de to registreringene.
Forskjellige norske amfipoder. Foto: Katrine Kongshavn
Prosjektet “Norwegian Marine Amphipoda” (NorAmph) finansiert via Artsprosjektet skal være med på å få en bedre oversikt over hvilke amfipoder som finnes i norske havområder. Undersøkelser av materiale som er innsamlet gjennom prosjekter som MAREANO , Norskehavsundersøkelsene til Universitetet i Bergen sitt Senter for GeoBiologi, undervisningstokt med UNIS og de store museumssamlingene på Universitetsmuseet i Bergen vil danne grunnlaget for prosjektet.
Alle dyrearter som er beskrevet har blitt det på grunnlag av morfologi – hvordan de ser ut. De siste 15 årene har det blitt vanlig å ha med informasjon om artsspesifikke deler av artens DNA i tillegg, men dette er fremdeles informasjon som kun finnes for et fåtall av de artene vi kjenner til. Prosjektet Barcode of life (BOLD) har som plan å kartlegge en liten del av alle arters DNA som en måte å identifisere dem på – omtrent som en strekkode. Norge er med i dette prosjektet (NorBOL) – og en av de oppgavene NorAmph skal begynne på, er å prøve å skaffe en strekkode for så mange av de norske marine amphipodene som mulig. Les mer om NorBOL-arbeidet på Evertebratlaben her.
Som en del av prosjektet ønsker vi også å presentere flere tanglopper – noen har kanskje lekt med dem i fjæra, samlet fine dyr fra under steiner eller fisket med fluer som heter “Gammarus”? Følg med på emnet TangloppeTorsdag – vi kommer til å samle alt under kategorien NorAmph.
Anne Helene
Litteratur:
Vader, W. 2007 A checklist of the Marine Amphipoda of the North-East Atlantic and Norwegian Arctic. Published on Tromsø Amphipod Webpage
Da er workshopen omme, og vi sier oss godt fornøyde!
Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang.
Behandling av data i BOLD-databasen
Vi begynte med et par introduksjonforedrag om metoder og om BOLD-databasen før vi gikk løs på den praktiske biten.
Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera
Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen. (Foreløpig) siste post på programmet blir å sende platene til laben i Canada for sekvensering, noe vi satser på å få gjort ganske umiddelbart.
Fotografering i lupe av små hoppekreps
Som nevnt tidligere så ble det arbeidet med et variert utvalg av organismegrupper disse tre dagene: Pseudosopp (Pythium), tanglus (Isopoda) og tanglopper (Amphipoda), sommerfugler (Lepidoptera), hoppekreps (Copepoda) og vannlopper (Cladocera), børstemark (Polychaeta), tifotkreps (Decapoda), marine fisk (Pisces) og soppmygg (Mycetophilidae). Ulike organismegrupper krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet.
For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte forsøksvis å gjøre DNA-ekstraksjonen på «hjemmelaben» nede på Marineholmen. Et av kravene til barcodingen vi driver med er at det skal finnes en permanent “voucher” av individet som vevsprøven kommer i fra, og at denne voucheren skal deponeres ved en permanent (museums)samling. Dermed kan voucheren undersøkes igjen dersom behovet skulle oppstå.
For at DNA-strekkoding skal bli vellykket er det kritisk at sammenhengen mellom sekvens og museumsprøve opprettholdes. Deponering av en «voucher» (det vil si individet som DNA ble tatt fra) vil sikre at alle resultater som legges inn i Genbank eller lignende databaserkan sjekkes og korrigeres… (Hvordan utforske artsmangfoldet i havet )
Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)
For bittesmå dyr byr det på utfordringer å få nok vev til å kjøre genetiske analyser samtidig som vi bevarer nok av dyret til at det kan brukes som voucher. Vi valgte derfor å teste denne med løsningen med DNA-ekstraksjon lokalt for å forsøke å berge restene av eksoskjelettet (det ytre skjelettet) som blir igjen når de bløte delene av dyret løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning.
En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops
Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskop-preparater.
For andre grupper kan vevsprøvetakingen være så rett frem som å knekke av en bit av en fot (sommerfugler), eller å ta ut en passende bit muskelvev (fisk og større krepsdyr). For små krepsdyr forsøker vi å plukke føtter, og på børstemark er det enten kroppsvegg, gjeller eller parapodier som brukes. Pseudosoppen bød på sine egne utfordringer, da den vokser på agar i petriskåler – etter å ha konferert med et par eksperter så kom vi frem til en metode som vi tror skal fungere – det gjenstår å se, vi tar det som en test siden det er første brettet i fra denne gruppen.
Nå blir det spennende å se hvilke resultater vi får, forhåpentligvis blir det et fint hopp i telleren på strekkodede arter i fra Norge når disse prøvene blir ferdig analysert.
Universitetsmuseets årbok 2014
Her kan du lese mer om genetisk strekkoding og NorBOL-prosjektet i Universitetsmuseets Årbok for 2014:
En liten lynoppdatering i fra laben – her er det fullt hus med DNA-strekkodende besøkende!
Det arbeides med ganske så ulike grupper; pseudosopp, tanglus og tanglopper, møll og sommerfugler, hoppekreps, børstemark, tifotkreps og soppmygg. Vi kommer tilbake med mer utfyllende informasjon etter hvert, men her er noen glimt i fra livet på laben, med foredrag og arbeid med å klargjøre prøver.
På vegne av NorBol og Universitetsmuseet i Bergen, ønsker vi velkommen til workshop i DNA-strekkoding for biomangfoldsstudier. Invitasjonen retter seg særlig mot nye bidragsytere til NorBOLs arbeid gjennom BOLDSYSTEMS, og målet med workshopen er å gi deltakerne en praktisk og teoretisk innføring i DNA-strekkoding gjennom dette systemet.
- Identifisering
- Fotografering
- Vevsprøvetaking
- En ferdig fylt plate med 95 vevsprøver
- Bruk av BOLD-databasen
For mer informasjon og påmelding, se NorBOLs hjemmesider