Tag Archives: DNA strekkoding

TangloppeTorsdag: Dulichia falcata (Bate, 1857)

En hunn (se alle eggene!) av Dulichia sp. Foto: K. Kongshavn

Ukens amfipode er en av de som er litt spinkle – men allikevel litt søt. Den kan ligne litt på Laetmatophilus tuberculatus, i gamle dager ble de sett på som så like at de var i samme familie. Det var nok fordi også denne slekten amfipoder har en bakkropp som gjennom evolusjonen har “mistet” et ledd – de to bakerste leddene har vokst sammen.

Mange arter innen denne gruppen amfipoder er eksempel på det vi kan kalle seksuell dimorfisme – det at hannene og hunnene innen samme art ser forskjellig ut. For Dulichia falcata handler det om størrelsen og utformingen av det som de tidligere forskerne kalte “hånden” – det nest-ytteste leddet på de to fremste gå-beina (pereopoda). Hannens “hånd” er mye større, og har en ekstra “tommel” eller mothake som gjør at han kan låse fast det han holder på. Det er derfor lett å tenke at hannen bruker denne hånden som en del av sin kurtise – enten ved å sloss med andre hanner, eller ved å holde fast hunnen.

Dulichia falcata. Legg merke til forskjellen i 2 gåfot fra hunn (D) til hann (E). Figur nr 1 fra Laubitz, 1977.

Vi vet ikke helt hvilket av disse alternativene som er sant – kanskje gjør hannene noe helt annet med det store håndleddet sitt? Problemet er nemlig at det er vanskelig å observere dem – dette er nemlig dyptlevende arter som trenger høyt saltinnhold og kalde temperaturer på vannet de lever i. Dulichia holder til i nordlige farvann – i Arktis og subarktis. Det er mange flere arter i det nordlige Atlanterhavet enn i det nordlige Stillehavet, så dette er nok en slekt som har spredt seg med start i nordatlanteren eller “vår” side av Arktis. De artene vi vet noe om, klatrer på hydroider, mosdyr, børstemarkrør og kråkebollepigger – det kan virke som om de egentlig vil ha noe å henge fast på midt i de dype, bløte områdene der de bor. På denne måten kan de minne om Caprellidae – mange har også tenkt at de fyller den samme rollen i dypere vann enn Caprellidaene liker seg. Vi skal forsøke å analysere arvestoffet fra Dulichia, og kanskje kan vi si noe mer om hvem den er mest i slekt med hvis vi får fine resultater?

Utbredelse for Dulichia falcata. Kart nr 1 fra Laubitz, 1977.

Portraet af zoologen, professor H.N. Kroeyer, 1868. Olje på Kanvas, P.S. Kroeyer (adoptivsønnen til H. Krøyer). Bildet henger i Statens museum for Kunst, København

Slekten ble først beskrevet av den danske zoologen Henrik Krøyer. Den arten han beskrev, Dulichia spinosissima Krøyer, 1845, hadde blitt samlet på vest-Grønland. Københavneren Henrik Krøyer fikk en utdannelse innen språk og filosofi, og han studerte også litt medisin en stund. Studenttiden hans var nok for det meste preget av at han likte å være Student, og han var med på å stifte Studenterforeningen i København. I 1827 fikk han tilbud om å bli lærer på Stavanger Latinskole (den skolen der Kielland siden skulle skrive om lille Marius som satt og pugget latin til han døde), og selv om han nok burde vært av de lærerne som underviste språk og pukket på “Mensa Rotunda” og andre latinske «deklinasjoner og konjugasjoner og regler og unntagelser», fant han ut at zoologien var hans store kall. Kanskje var det hans mange naturhistoriske småekspedisjoner som gjorde at han ble syk. Under et lengre sykeleie 1829-30 ble han pleiet av en vakker ung kvinne, og søt musikk må ha oppstått, for han tok henne med seg til København, og de giftet seg. Noen år siden ble hennes søstersønn Peder Severin sendt ned til dem fra Stavanger, og Henrik adopterte gutten. Selv om sønnen skulle bli mest berømt for å male lyset på Skagen, fikk han nok opplæring i amfipode-tegning også, for Henrik Krøyer jobbet med amfipoder og andre krepsdyr resten av livet, for det meste ved Zoologisk Museum i København.

: En hunn av Dulichia falcata. Foto: AHS Tandberg

: En ung hann av Dulichia falcata. Foto: AHS Tandberg

Henriks tidlige språkstudier skulle sette spor også gjennom hans zoologiske karriære. Som ung student reiste han til Grekenland for å hjelpe det greske folk da de begikk opprør mot det Osmanske riket i 1821. Selve reisen ble nok mest slit og nedtur, Henrik fant ikke den heltmodige krigen han trodde han skulle finne, men hans kjærlighet til det greske og den greske litteraturen er gjemt i navnene han gav til dyrene han beskrev. Slektsnavnet Dulichia kommer fra den latinifiserte formen (Dulichium) av navnet på den greske øyen Ithaca – den øyen der Odyssevs hadde hjemmet sitt. Slik kan vi følge Henrik Krøyer fra Odysseen via Stavanger til amfipodene.

Anne Helene

LItteratur:

Bate CS (1857) A synopsis of the British eriophthalmus Crustacea. Part 1. Amphipoda. Annual Magazine of Natural History Ser 2, 19. 135-152.

Krøyer H (1845) Karcinologiske Bidrag. Naturhistorisk tidsskrift, Ser 2,1. 453-638.

Laubitz DR (1977) A revision of the genera Dulichia Krøyer and Paradulichia Boeck (Amphipoda, Podoceridae). Canadian Journal of Zoology 55, 942-982

Dansk Wikipedia om Henrik Krøyer

TangloppeTorsdag: Med opprinnelsessted sørishavet?

Årets siste tangloppetorsdag starter med et bilde av en av de vakre, lett gjenkjennelige artene vi har i norske farvann: Epimeria cornigera (Fabricius, 1776). Dette er en av de “piggete” artene – og i tillegg har den en flott rødfarge. I motsetning til de fleste andre sterkt fargete amfipodene, beholder den til og med fargen sin etter at den er lagt på sprit i våre samlinger! Ikke rart både garvete forskere og glade amatører liker denne krabaten!

Levende Epimeria cornigera fra Trondheimsfjorden. Foto: F Pleijel

I våre farvann kan vi finne fire arter innen slekten Epimeria: E. cornigera, E. loricata, E. parasitica, E. tuberculata. Epimeria loricata finner vi også rundt Svalbard. Alle artene er beskrevet tidlig, og er med i Sars sine fine illustrasjoner. Han må også ha blitt fasinert av fargen, for i Sars sin personlige utgave av amfipodebindet av The Crustacea of Norway har han brukt akvarellmaling og fargelagt en del av bildene sine – blandt dem alle Epimeria-artene.

: Epimeria cornigera tegnet og fargelagt av G.O.Sars, 1894

: Epimeria parasitica, E. tuberculata og E loricata, tegnet og fargelagt av G.O.Sars, 1894

Når vi skal identifisere disse amfipodene, ser vi etter coxalplatene til bein 4 og 5. Dette er det øverste leddet – det so ofte lager sidekanter på amfipodene. Hos slekten Epimeria stikker disse ut i to spisser som sammen danner en halvmåne. Det er nok en beskyttelsesmekanisme å være piggete – Epimeria-arter har i tillegg ganske tykt skall, så det er sikkert ikke så lett å spise dem selv om en liker at det stikker i munnen..

Epimeria loricata (etter oppbevaring på sprit). Foto: K Kongshavn

Slekten Epimeria er en av de amfipodeslektene som understøtter teorien om at de opprinnelige amfipodene holdt til rundt det området vi i dag tenker på som sørishavet. Undersøkelser av Epimeria fra områdene rundt Antarktis viser at det er en liten overflod av arter der, i motsetning til de mye færre artene innen slekten lengre nordover.

Områdene rundt Antarktis har på mange måter blitt undersøkt mer systematisk enn våre nære områder – når det gjelder biosystematikk på bunnlevende organismer. Dette er nok fordi det har vært flere store prosjekter som har fokusert på nettop disse detaljene. Slik har man blant annet funnet ut at Epimeria fra sørlige kalde hav består av flere grupper arter, disse gruppene er ganske langt fra hverandre hvis vi ser på arvematerialet (DNA). Innen hver gruppe finnes det flere arter som er mye nærmere hverandre genetisk, men som fremdeles er egne arter.

Hvordan de nord-Atlantiske Epimeria-artene vil passe inn i dette mønsteret vet vi ikke helt enda. Men vi har begynt å undersøke dette. NorAmph samarbeider med et tyskledet prosjekt som har materiale fra havområdene rundt Island. Sammen vil vi se nærmere på akkurat Epimeria fra våre nordlige kalde farvann. Hvis du følger med TangloppeTorsdag videre i 2017, kan det hende vi finner noen svar?

Levende Epimeria cornigera fra Trondheimsfjorden. Foto: F Pleijel

Godt nyttår – både til deg og til alle amfipodene!

Anne Helene

Litteratur:

Lecointre G, Améziane N et al (2013) Is the Species Flock Concept Operational? The Antarctic Shelf Case. PLoS ONE 8, e68767.

Lörz AN, Maas EW, Linse K, Coleman CO (2009) Do circum-Antarctic species exist in peracarid Amphipoda? A case study in the genus Epimeria Costa, 1851 (Crustacea, Peracarida, Epimeriidae). ZooKeys, 1-36.

Sars GO (1895) The Crustacea of Norway. Vol 1: Amphipoda. Alb Cammermeyers Forlag, Christiania.

Verheye M, Backeljau T, dUdekem dAcoz C (2016) Looking beneath the tip of the iceberg: diversification of the genus Epimeria on the Antactic shelf (Crustacea, Amphipoda). Polar Biology 39, 925-945.

TangloppeTorsdag: Sletvik feltuke del III – fersk-innsamling av amfipoder!

Marinogammarus stoerensis fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Det har sikkert ikke gått mange forbi at evertebratlaben var på Sletvik feltstasjon i forrige uke for å gjøre innsamlinger. Blant mange prosjekter vi samlet inn til, var amfipodeprosjektet NorAmph. Det meste materialet vi har tilgjengelig på Universitetsmuseet i Bergen kommer fra områdene rundt Bergen, fra Svalbard, og fra Mareano sine innsamlinger i Nord-Norge. Områdene rundt Trondheimsfjorden er rike på marint liv – her møtes ofte nordlige og sørlige arter (relativt for Norge). Det er også en del kaldtvanns-korallrev rundt Trondheimsfjorden, og derfor en del korallgrus – som er et leveområde som gir helt egne artssammensetninger. I tillegg til samling i disse spennende havområdene samlet vi en hel del i fjæresonen. Det var derfor et stort potensiale for å få tak i materiale av arter vi ikke har hatt i samlingene fra før.

Eriopisa elongata, legg merke til den veldig lange 3 uropoden. Foto: K Kongshavn

En bieffekt av å samle inn nytt materiale på en tur der alt materiale var ment for taksonomisk forskning, var de mange mulighetene til å observere (og fotografere) levende og uskadde dyr. Ofte blir det slik at når vi samler inn amfipoder og putter dem rett på sprit, brekker de lange beina og antennene av, og det blir mye vanskeligere å kjenne dem igjen. Dette skjer spesielt når vi må bulk-fiksere prøver: da blir alt vi har samlet opp av sand, grus og dyr lagt på en bøtte som fylles opp med sprit – og så sorterer vi det når vi kommer hjem til laben og har bedre tid. Dette er en tøff behandling for mange dyr med tynt skall (eksoskjelett).

En art vi ofte har funnet i slike bulkfikserte prøver – men uten de lange, karakteristiske 3. par halebein (uropode 3) som gjør det superlett å identifisere den, er Eriopisa elongata (Bruzelius, 1859). Den fant vi også i prøvene fra Trondheimsleia – men nå levende og med alle bein intakt! Er den ikke fin?

Laetmatophilus tuberculatus fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Andre dyr vi ofte har i prøvene våre, men som vi sjelden har mulighet for å nyte i levende live, er Laetmatophilus tuberculatus Bruzelius, 1859. Nå kunne vi observere de fine fargeflekkene på den ellers nesten gjennomsiktige kroppen – det er også helt umulig å se når vi sitter med materiale som har ligget på sprit lenge – sprit tar bort mye av fargene fra dyrene våre.

I fjæresonen fant vi også flere arter av Caprellidae – spøkelseskreps. Dette er en gruppe det ikke alltid er så lett å samle, så turen til Sletvik var svært innbringende for NorAmph prosjektet. Ofte er det mange Caprellida sammen, og da kan man ende opp med en hel floke amfipoder.

: Caprella tuberculata fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Her er både en gravid hunn og en hann med store gripebein. Foto AHS Tandberg

: Caprella equilibria sittende på en liten tunicat. Fra Trondheimsleia. Foto: AHS Tandberg

: En floke av Caprella equilibria. Foto: AHS Tandberg

Nå skal de fleste av dyrene vi samlet inn DNA-strekkodes som en del av NorBol prosjektet og så kan vi begynne å se om det er enda flere ting vi kan lære om de små, fine havbunnsdyrene våre.

Anne Helene

TangloppeTorsdag: Trischizostoma raschi Esmark & Boeck, 1861

Ukens amfipode er blant de større artene vi finner i norske farvann, og den heter Trischizostoma raschi. Den er en mellomstor rakker – med store, svarte eller brune øyne som dekker store deler av hodet og nesten møtes på toppen. Det mest iøyenfallende med denne arten er allikevel hvordan de fremste beina ser ut: i motsetning til de fleste andre amfipoder har de voksne en slags sakseklo (en klo som lukker seg på samme måte som kloen til hummer og krabbe) istedenfor det vi kaller en subchelat klo – altså at det ytteste leddet bretter seg inn under det nest ytterste leddet – den mest vanlige formen på de fremste beina hos amfipoder. Det rareste med foten til Triscizostoma er at den snus fra en subchelat fot til en invertert (opp-ned) subchelat fot når de blir voksne, slik at foten lukker seg som en sakseklo. Dette har å gjøre med denne slektens levested som voksen.

A: en “vanlig” subchelat fot (fra Metopa alderi, ill: GO Sars, 1895). B: Trischizostoma raschi sin inverterte fot (ill: GO Sars, 1895) C: en variant av chelat fot, eller klosaks (fra Leucothoe spinicarpa, Ill: GO Sars, 1895)

Hvis vi ser enda nærmere på denne amfipoden oppdager vi at munndelene stikker ut i en spiss – dette kan hjelpe oss å forstå hvordan T. raschi får maten sin. Denne arten lever nemlig parasittisk på fisk – den holder seg fast på utsiden av fisken, og stikker et hull gjennom fiskeskinnet og inn til det den liker å spise: fiskeblod og fiskemuskler.

GO Sars sin illustrasjon av Trischizostoma raschi. (Sars, 1895)

Slekten Trischizoztoma ble offisielt beskrevet av Axel Boeck i et foredrag han holdt for de skandinaviske naturforskerne i København 1860. Han hadde allerede i 1859 skrevet en Prisafhandling for de Studerende ved Universitetet i Christiania “De norske Amphipoder og deres Naturhistorie” (som han vant en gullmedalje for), og der nevnte han denne arten. Den offisielle beskrivelsen ble likevel lest i København og der sa han:

“Denne Amphipode blev efter Professor Rasch´s Sigende af ham tagen på Havbroen udenfor Søndmørs Kyst derved, at han nedsønkede en skudt Fugl i en Dybde af henimod 100 Favne, paa hvilken tre Exemplarer – alle Hunner – havde fæstet sig. (…) Munddelene see ud som en trespaltet fremstrakt Tubus, som er dannet af den overordentligt forlængede Overlæbe og de omdannede Maxillarfødders ydre Plader. Innenfor denne Tubus, efter hvilken Slægtsnavnet er givet, findes de spidse, stærkt forlengede, men spæde Mandibler og Maxiller, der ligne en Slags Braadde. (…) Første Par Fødder er omdannet til stærke Griberedskaber af en eiendommelig Bygning; femte Led eller Haanden er meget stor, opblæst, og festet ved den indre Side til der foregaaende Led. Kloen er ikke som sædvanligt fæstet til den nedre Vinkel, slaaende sig mod den bagre Rand med spidsen opad, men er fæstet til den bagre øvre Vinkel med Spidsen nedad…” (Boeck, 1861)

Som vi kan skjønne av artens navn (den andre delen – artsepitetet – raschi) er den kalt opp etter mannen som fant den, Professor Rasch (i-en på slutten forteller oss at professoren var en mann, hadde det vært –ae på slutten av navnet ville vi visst at den hadde vært kalt opp etter en dame). Og det lange og vanskelige slektsnavnet Trischizostoma peker på de spisse eller tubeformete munndelene (“spiss eller utstrakt munn”). Vi ser av beskrivelsen hans at den uvanlige formen på de fremste beina var noe som lett skilte denne arten fra de andre.

Trischizostoma raschi – funnet i fiskeriundersøkelser i Nordsjøen. Rutenettet under er 1 x 1 cm. Foto: Rupert Wienerroiter/ Havforskningsinstituttet

Munndelene hjelper denne arten i sin parasittiske levemåte, og det gjør også formen på de fremste beina. Vi vet at den glatte formen til hele dyret sammen med sterke svømmebein gjør at den kan svømme fort, og fasongen på beina gjør at den kan slenge ut framkloen og feste seg kjapt til en intetanende fisk som svømmer forbi. De store øynene – litt som Ulven til Rødhette – gjør nok at den kan se byttet sitt bedre. Alt i alt har vi altså å gjøre med en stor, rask jeger som fester seg på byttet og fortsetter å spise på det i lengre tid. Parasitter trenger ikke drepe byttet sitt, ofte er det best om byttet lever lenge (så har de et godt matfat i lang tid). De fleste gangene vi samler inn denne arten i norske farvann, har vi funnet den hengende fast på fisk vi har fått i trål. Sånn er det også med de eksemplarene vi har fått inn til NorAmph prosjektet: de har blitt samlet inn av gode kolleger som forsker på fisk. Nå skal vi prøve å finne ut litt mer om T. raschi ved å undersøke DNA-strekkoden dens. Kanskje vil vi få flere fra fiskeriundersøkelsene de neste årene? Kan det være at de som sitter på forskjellige fiskearter er forskjellige? Så langt kan det se ut som om de ikke bryr seg om hvilken art fisk de setter seg på, så lenge det er en fisk. Jeg er allikevel sikker på at når vi undersøker nærmere vil vi finne ut litt mer.

Trischizostoma dentaticulatum sittende på fisken Bathypterois phenax. Ill: Fig. 1 fra Freire & Serejo, 2004.

Det er 18 arter i slekten Trischizostoma på verdensbasis. Alle er enten kjent for å være ektoparasitter (parasitter som sitter på utsiden) på fisk, noen har også blitt funnet inni svamper. Vi finner dem i alle verdenshav, men hver art holder bare til i et mindre geografisk område. Inntil videre svømmer vår nordlige Trischizostoma-art rundt med en lys framtid (kanskje det er derfor jeg tenker at den ser ut som om den har solbriller på?) i et hav med mye fisk. Vi får håpe det er like godt med mat for de andre artene i denne slekten.

Anne Helene

Litteratur:

Boeck A (1861) Forhandlinger ved de Skandinaviske Naturforskeres ottende møde i Kiøbenhavn. Fra den 8de til den 14de juli 1860. I commision i den Gyldendalske Boghandling.

Boeck A (1872) De Skandinaviske og Arktiske Amphipoder. Christiania, A.W.Brøggers bogtrykkeri.

Freire PR & Serejo, CS (2004) The genus Trischizostoma (Crustacea: Amphipoda: Trischizostomatidae) from the Southwest Atlantic, collected by the REVIZEE Program. Zootaxa 645: 1-15.

TangloppeTorsdag: En uke med amfipodene

Denne uken har vi samlet våre venner amfipodene og forskere på Espegrend Marinbiologiske Stasjon like utenfor Bergen. Planen var å se på så mange dyr fra så mange steder i norske farvann som mulig, og nå har vi kommet over 300 registreringer (en art fra en stasjon – det betyr ikke at det er 300 arter: noen arter finner vi på mange steder eller stasjoner). En annen del av planen var å være sammen med en del av de som jobber med amfipodetaksonomi i Europa – og det har vært hyggelige dager.

Apherusa sp. Denne arten lignet på to forskjellige Apherusa-arter, og vi håper at DNA-barcoding kan hjelpe oss med å finne ut av hvor den passer. Foto: K. Kongshavn

Når forskere ser på ting de kjenner – eller tror de kjenner – godt, er det av og til lett å tenke at vi vet hva vi ser på – uten å sjekke alle de allerminste detaljene. Da er det godt å kalibrere tenkingen litt – både med spørsmål fra de som ikke kjenner gruppene like godt, og med nye ideer fra kolleger vi ikke ser hver dag.

NorAmph prosjektet har som et av flere mål å arvestoff-strekkode så mange arter som mulig fra norske farvann. I løpet av snart en uke har vi kommet oss gjennom en hel del arter – og enda bedre: vi har satt spørsmålstegn ved en håndfull av disse. Her kan det bli ekstra spennende å se hva vi finner ut om arvestoffet: Hvis de ytre, utseendemessige kjennetegnene viser små forskjeller fra originalbeskrivelsene, kan det hende at det er muig å se forskjeller i arvestoffet også. Når vi går gjennom masse materiale, er det også stor sjanse for å finne arter vi ikke har fått DNA-barcodet enda i Norge.

Acanthonotozoma sinuatum. Dette er det første eksemplaret av denne arten vi har tatt ut til DNA-strekkoding i Norge. Foto: K. Kongshavn

Det har blitt lange dager, trette øyne og mye latter på Espegrend. Sånn er amfipode-forsker-livet: Hver gang vi møtes er det som å være på en familiegjenforening. Denne gangen har vi, ifølge den ene gjesteforskeren her, vært en liten kjernefamilie – “mor”, “far”, “onkel” og “de to yngre døtrene” – jeg vil kanskje si vi representerer tre forskningsgenerasjoner, og det gir ekstra muligheter til å lære av hverandre. Det gjelder både amfipode-informasjon, kakeoppskrifter og middagslaging.

En viktig del av prosjektet NorAmph er å overføre kunnskap fra taksonom-spesialistene til de som jobber med amfipoder daglig – for eksempel som en del av overvåknings- eller forurensingsstudier. Derfor er det ekstra jubel på Espegrend i dag og i morgen: nå har vi nerdetaksonomene fått besøk av faunistikerne fra institutter rundt i hele Norge. Vi ser sammen på amfipoder, diskuterer hvilke detaljer som er hjelpsomme å se nøye på, og hvilke som bare er vanskelige, vi sammenligner litteratur og lærer av hverandre. Ikke minst skal vi drikke kaffe og spise middag sammen – fortelle historier om både amfipoder og andre ting. Det er alltid mye lettere å be om faglig hjelp fra noen man kjenner litt enn fra en fremmed person som sikkert har masse viktig å gjøre – og etter to dager med prat og mat er planen at alle vi som har vært her ute er venner – i alle fall nok til å ha noen å be om hjelp fra…

Anne Helene