Tag Archives: NTNU

Sletvik 2020

Det begynner å bli en fin tradisjon dette; å pakke bilen full av labutstyr og biologer og dra på roadtrip til trivelige Trøndelag i slutten av oktober.

I år ble det tur 11.-19. oktober. Nederst i innlegget finner du linker til tidligere års ekspedisjoner (på norsk og engelsk).

On the road again… det blir noen timer i bil! Fotos: K. Kongshavn

Sletvik feltstasjon tilhører NTNU, og har alle fasiliteter man trenger for å bedrive både feltarbeid og workshop.

Sletvik feltstasjon i høstsol. Vi hadde stort sett fint vær denne gangen, med unntak av én dag med skikkelig innevær. Foto: K. Kongshavn

Pandemi til tross så kom vi oss av sted i år også – fordelt på to biler fra Bergen, og med en kohort i fra Trondheim. Fra NTNU hadde vi med oss Karstein, Torkild og August (som er masterstudent på Hardbunnsfauna-prosjektet, mer om oppgaven hans her), og i fra Bergen kom Anne Helene, Cessa, Francisca, Jon, Luis, Katrine og Nina. Artsdatabanken, i form av Hauk og Stine, kom også på dagsbesøk for å se og høre mer om hva vi jobber med.

Til sammen var det dermed folk i fra hele fem prosjekter støttet av Artsprosjektet som var på feltarbeid sammen. Mange av oss er involvert i mer enn ett av prosjektene, så det er strålende at vi kan reise sammen på denne måten – det gir effektiv tids- og kompetanseutnyttelse. Og så er det veldig kjekt!

Vi samlet prøver med ulike metoder; denne gangen hadde vi tilgang på båt (lettbåten til Gunnerus for innsamling utenfor Hopavågen, og robåt inne i vågen) som gjorde at vi kunne bruke ulike håndholdte redskaper i fra båten, og fridykkerne fikk kommet seg til litt andre lokaliteter enn vi vanligvis samler på.

Videre håndplukket vi i littoralen på lavvann, jaktet rundt med håv og bøtte, gjorde noen håvtrekk etter plankton, og fikk totalt tatt et titalls stasjoner. Det innsamlede materialet ble broderlig fordelt mellom de to museene, og inngår i de respektive museumssamlingene.

I tillegg er denne uka en ypperlig anledning for de to museene for å byttelåne materiale – siden vi kommer med bil er det enkelt å ta med en kasse eller tre. Så en del tid gikk med på å romstere igjennom materiale i fra Vitenskapsmuseet og UMB – noe var ferdig artsbestemt og ble valgt ut for DNA barcoding, andre prøver var mer usortert og kom kanskje noen hakk nærmere et artsnavn i løpet av uka.


Lynpresentasjon av de fem prosjektene som var på tur, og hva de drev med på Sletvik:

Hardbunnsfauna, som egentlig heter «Evertebratfauna på grunne hardbunnshabitater: Artskartlegging og DNA strekkoding», har hjemmeside, Twitter, og Instagram.
Vi arbeider i utgangspunktet med alle gruppene av evertebrater(!) som vi finner i fra strandsonen og ned til ca 40 meter, med spesielt fokus på  svamp (Porifera), sekkdyr (Ascidiacea) og mosdyr (Bryozoa) – men også omfattende arbeid på krepsdyr (bl.a. Isopoder, som August skriver sin masteroppgave på), børstemark (polychaeta), bløtdyr (mollusca) og pigghuder (Echinodermata). Denne uka på Sletvik hadde vi fokus på å få laget ferdig flere plater med vevsprøver til genetisk strekkoding (som gjøres gjennom NorBOL, Norwegian Barcode of Life); det ble en plate med havedderkopper (med litt supplering av dypere materiale, det er ikke SÅ mange arter av dem på grunt vann), og en halv plate med amfipoder – her ble den andre halvdelen fylt av HYPCOP.

Noen av “de utvalgte” amfipodene til genetisk strekkoding. Fotos: K. Kongshavn

Havedderkopper, Pycnogonida, til genetisk strekkoding (Fotos: K. Kongshavn)

Vi ville også samle ferskt materiale i fra mer eksponerte lokaliteter i nærområdet – her fikk vi knallgod uttelling på å ha så mange flinke fridykkere i vannet – spesielt de to siste stasjonene var helt strålende!

Fridykkere på vei i vannet. Foto: Torkild Bakken

Vi fikk bråstopp i planene om arbeid med svamp (porifera) da Hans Tore Rapp gikk bort så alt for tidlig i mars. Men Hans Tore etterlater seg en fantastisk arv i studentene sine, og vi på museet er så heldige at vi har fått Francisca Carvahlo med på laget; hun ble fast ansatt from tekniker hos oss i august, og disputerte for doktorgraden sin på svamp den 27. november.

På Sletvik begynte hun å se på materialet i fra tidligere Hardbunnsfauna-feltarbeid; det er møysommelig arbeid å artsbestemme svamp, for mange av dem må man lage mikroskoppreparater av spiklene for å kunne slå fast hvilken art man har.

Det pågående prosjektet med å plukke arter vi ikke har barcodet enda fortsetter også, spesielt av små snegl og ulike krepsdyr. Vi har gjort ganske mye genetisk strekkoding i prosjektet nå, men hver gang vi får resultater så dukker det frem flere nye spennende problemstillinger, og i omtrent hver prøve vi detaljopparbeider så dukker det opp en art vi ikke har enda. «More research is needed», indeed.

 

NorAmph2, «Lysianassoidea i Norge», har hjemmeside her, og blogger på TangloppeTorsdag. Hovedmålet med NorAmph2 er å samle inn og DNA-strekkode så mye av mangfoldet av de Lysianassoide amfipodene i Norge som mulig. Prosjektet skal både bruke museumsmateriale og samle inn nytt materiale. Dette er en av de store gruppene av små åtseletere vi har i havet, og innsamlingen av nytt materiale foregår derfor ved å sette ut feller med åte. Dette kan være alt fra små, hjemmelagete og håndutsatte feller til store rigger som settes ut i dyphavet med timelapse-kamera og elektronisk utløst tilbakekomst til overflaten. På Sletvik brukte vi den første varianten. I pollen rett nedenfor stasjonen har NTNU en liten robåt, og med ro-hjelp fra artsdatabankens besøkende og studenten på workshoppen ble to feller satt ut på forskjellige (grunne) dyp. Disse ble tatt inn to dager seinere, da med hjelp fra Luis – som fikk sin første kjennskap med kunsten å ro, noe han fikk til med god stil! I tillegg satte vi ut en felle i fjorden – der gikk vi så langt i hjelpemiddelbruk til å ha stor motor på båten vi brukte. Her kan du lese mer om Lysianassoider: Scavengers in the ocean

HYPCOP, «Hoppekreps i hyperbenthos», har hjemmeside, Twitter, Instagram og facebookgruppe. Dette er det nyeste av prosjektene, og de hadde derfor ikke så mye materiale i fra denne landsdelen i fra før. Dermed var hovedfokus på å samle inn og sortere opp materiale i fra ulike habitater i nærområdet – og å fotodokumentere dyrene før fiksering, da fargetegningene på dyrene ofte blekner eller forsvinner når de fikseres.

HYPCOP på vei til innsamling (foto: K. Kongshavn)

HYPCOP er heldige i det at det finnes copepoder så godt som over alt, så de fikk sikret seg materiale i fra samtlige av stasjonene som det ble samlet inn i fra. 60 individer ble fotografert og vevsprøvetatt for DNA barcoding.

NorHydro, «Norske marine bentiske hydrozoa (polyppdyr)», finnes på Twitter med #NorHydro, og i facebookgruppen Hydrozoan Science. På dette feltarbeidet fokuserte NorHydro spesielt på en lite undersøkt gruppe av polyppdyr, de i ordenen Anthoathecata. Disse polyppdyrene er generelt mer skjøre (og derfor lettere oversett) enn andre hydrozoer fordi de mangler eksoskelett i kitin rundt polyppene, men heldigvis for prosjektet var det flere arter i Sletvik, inkludert medlemmer av familiene Corynidae, Bougainvilliidae, Cladonematidae og Oceaniidae. Faktisk, i et par lokaliteter fikk vi gode prøver av den ganske uvanlige arten Corydendrium dispar, som vi fremdeles ikke har DNA-strekkode fra.

Noen av hydroidene samlet i forskjellige lokaliteter i Orkland kommune. Til venstre Bougainvillia muscus, til høyre Coryne pusilla. Foto: L. Martell

NorChitons,  “Leddsnegler i Norge”, har hjemmeside,  Twitter og Instagram. Norchitons kartlegger bløtdyrgruppen leddsnegl (Polyplacophora) i Norge.  For Norchitons ble det en effektiv uke på Sletvik med innsamling av mye ferskt materiale.

Det ble samlet inn materiale fra de fleste av artene som finnes på grunt vann i Norge, og mange spesielt store vakre individer ble hentet opp. Noen representative individer ble fotografert for bruk som illustrasjonsbilder til bestemmelsesnøkler.  

Noen av individene vi samlet var usedvanlig digre! Foto: K. Kongshavn

Leddsnegl som har blitt samlet inn tidligere gjennom andre artsprosjekt ved NTNU ble også sortert og identifisert. 

Utvalgte individer fra dette materialet og materialet som ble samlet inn under oppholdet på Sletvik vil bli brukt til DNA barcoding. 

 

 

 

– Katrine, Anne Helene, Cessa, Luis og Nina


Tidligere bloggposter fra Sletvik:

Sletvik 2016 del I

Sletvik 2016 del II: Fotogene børstemark

Sletvik 2016 del III: fersk-innsamling av amfipoder!

Sletvik 2019: Field season’s end

Sibirferd med ForBio

Reisebrev i fra Endre, Nataliya, Tom og Katrine

I skrivende stund befinner vi oss omtrent så langt i fra marine miljø som det går an å komme – vi er nemlig ved bredden av Baikalsjøen i Sibir, Russland…!

Nærmere bestemt er vi i Naratey, noen timers kjøretur utenfor Irkutsk.

Naratey

Kurset vi er her or å undervise i heter Data mobilization skills: training on mobilizing biodiversity data using GBIF and BOLD tools, og arrangers av The Siberian Institute of Plant Physiology and Biochemistry Russian Academy of Sciences (SIPPB SB RAS), Universitetet i Bergen (Universitetsmuseet), ForBio (forskerskolen i biosystematikk), Direktoratet for internasjonalisering og kvalitetsutvikling i høyere utdanning (tidligere SIU, nå DIKU), og Global Biodiversity Information Facility (GBIF) sekretariatet.  Kurset er et satellitt-arrangement til «International Conference Information Technologies in the Research of Biodiversity» som ble arrangert i Irkutsk i forrige uke (derav den noget eksotiske lokaliseringen).

Her skal vi – sammen med Torbjørn Ekrem fra NTNU Vitenskapsmuseet – kurse en særs trivelig gjeng i bruk av strekkodedatabasen BOLD (Barcode of Life Data systems), og ulike analyseverktøy en kan bruke når en arbeider med genetiske strekkoder («barcodes»).

Glade studenter og undervisere i Naratey! Foto: Laura Russell, CC-BY-SA 4.0

Sammen med oss er undervisere og mentorer i fra GBIF (som jobber med deling av biodiversitetsdata), og totalt 17 studenter i fra norske og russiske universiteter og institutter.  Programmet spenner over mange tema; vi skal i løpet av fem fullpakkede dager gi studentene en innføring i ulike metoder for å forberede, laste opp og dele, vurdere og forbedre biodiversitets- og sekvensdata.

Vi begynner med to dager (lørdag og søndag) med fokus på GBIF og ulike verktøy for å samle inn, rense, og dele biodiversitetsdata.

Deretter følger to dager med fokus på genetisk strekkoding; Først en kjapp oppsummering av prinsippene bak barcoding, og et praktisk eksempel på hvordan man kan kombinere data i fra databasene GBIF og BOLD. Etterpå går vi i gang med en praktisk innføring i hvordan man bruker BOLD-databasen (oppretting av prosjekter og datasett, opplasting av data, bilder og sekvenser). På dag fire (tirsdag) blir det gitt en introduksjon til basisen for analyse av genetiske sekvenser, sekvensbearbeiding og fylogenetiske analyser. Vi kommer til å bruke BOLD-databasen, og programvaren MEGA X, og la studentene få mest mulig praktisk erfaring.

Dag fem, onsdag, kommer i stor grad til å dreie seg om «The Baikal Biodiversity Challenge», som løper som en rød tråd igjennom hele kurset, og knytter sammen de ulike modulene. Studentene har blitt delt inn i fire grupper som hver skal designe et prosjekt for å kartlegge biodiversiteten av en gruppe organismer i området rundt Baikalsjøen. For gjøre dette må de sette seg inn i hvilke data som allerede foreligger, og foreslå løsninger for å fylle kunnskapshullene for regionen.

Vi gleder oss til å se hva de kommer frem til!

Kurset er på Twitter under #ForBio_gbif, klikk her for løpende oppdateringer

TangloppeTorsdag: Sletvik feltuke del III – fersk-innsamling av amfipoder!

Marinogammarus stoerensis fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Marinogammarus stoerensis fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Det har sikkert ikke gått mange forbi at evertebratlaben var på Sletvik feltstasjon i forrige uke for å gjøre innsamlinger. Blant mange prosjekter vi samlet inn til, var amfipodeprosjektet NorAmph. Det meste materialet vi har tilgjengelig på Universitetsmuseet i Bergen kommer fra områdene rundt Bergen, fra Svalbard, og fra Mareano  sine innsamlinger i Nord-Norge. Områdene rundt Trondheimsfjorden er rike på marint liv – her møtes ofte nordlige og sørlige arter (relativt for Norge). Det er også en del kaldtvanns-korallrev rundt Trondheimsfjorden, og derfor en del korallgrus – som er et leveområde som gir helt egne artssammensetninger. I tillegg til samling i disse spennende havområdene samlet vi en hel del i fjæresonen. Det var derfor et stort potensiale for å få tak i materiale av arter vi ikke har hatt i samlingene fra før.

Eriopisa elongata, legg merke til den veldig lange 3 uropoden. Foto: K Kongshavn

Eriopisa elongata, legg merke til den veldig lange 3 uropoden. Foto: K Kongshavn

En bieffekt av å samle inn nytt materiale på en tur der alt materiale var ment for taksonomisk forskning, var de mange mulighetene til å observere (og fotografere) levende og uskadde dyr.  Ofte blir det slik at når vi samler inn amfipoder og putter dem rett på sprit, brekker de lange beina og antennene av, og det blir mye vanskeligere å kjenne dem igjen. Dette skjer spesielt når vi må bulk-fiksere prøver: da blir alt vi har samlet opp av sand, grus og dyr lagt på en bøtte som fylles opp med sprit – og så sorterer vi det når vi kommer hjem til laben og har bedre tid. Dette er en tøff behandling for mange dyr med tynt skall (eksoskjelett).

 

En art vi ofte har funnet i slike bulkfikserte prøver – men uten de lange, karakteristiske 3. par halebein (uropode 3) som gjør det superlett å identifisere den, er Eriopisa elongata (Bruzelius, 1859). Den fant vi også i prøvene fra Trondheimsleia – men nå levende og med alle bein intakt! Er den ikke fin?

Laetmatophilus tuberculatus fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Laetmatophilus tuberculatus fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Andre dyr vi ofte har i prøvene våre, men som vi sjelden har mulighet for å nyte i levende live, er Laetmatophilus tuberculatus Bruzelius, 1859. Nå kunne vi observere de fine fargeflekkene på den ellers nesten gjennomsiktige kroppen – det er også helt umulig å se når vi sitter med materiale som har ligget på sprit lenge – sprit tar bort mye av fargene fra dyrene våre.

 

 

I fjæresonen fant vi også flere arter av Caprellidae – spøkelseskreps. Dette er en gruppe det ikke alltid er så lett å samle, så turen til Sletvik var svært innbringende for NorAmph prosjektet. Ofte er det mange Caprellida sammen, og da kan man ende opp med en hel floke amfipoder.

Nå skal de fleste av dyrene vi samlet inn DNA-strekkodes som en del av NorBol prosjektet og så kan vi begynne å se om det er enda flere ting vi kan lære om de små, fine havbunnsdyrene våre.

Anne Helene

Feltuke på Sletvik – del I

Gjett hvor denne blide gjengen har vært på feltarbeid den siste uka?

Feltlykke!

Feltlykke!

Trøndelag, ja!

Trøndelag, ja!

Her er et hint: Da vi gikk tom for de vanlige bøttene til prøver ombord på båten så dukket disse frem som et alternativ:

Vi har tilbrakt ei strålende uke på Sletvik feltstasjon i Agdenes (se bilder) i regi av NTNU Vitenskapsmuseet (VM). Uka var en kombinasjon av tokt og workshop,  hvor vi både samlet inn og bestemte opp materiale.

Travel light? Ikke så lett når en skal ha med luper, bøtter, sikter, toktklær, bakker og fotoutstyr!

Travel light? Ikke så lett når en skal ha med luper, bøtter, sikter, toktklær, bakker og fotoutstyr!

 

Totalt var vi fem stykker (fire fra evertebratavdelingen pluss en gjesteforsker) i fra Universitetsmuseet som tok turen, og siden biologer på tur har litt mer bagasje å dra på enn de fleste flyselskap setter pris på så ble det roadtrip på fire av oss.

Fin utsikt i fra bilen - vi var stort sett heldige med været.

Fin utsikt i fra bilen – vi var stort sett heldige med været.

Målet med ekspedisjonen var flerdelt: vi har jaktet på dyr til NorBOL – her med spesielt fokus på grupper hvor vi har lite egnet materiale i samlingene fra før av, vi har samlet inn til de vitenskapelige samlingene til både VM og UM, og vi har skaffet materiale som skal brukes i pågående Artsprosjekt. Videre har vi samlet kursmateriale som skal inngå i referansesamlingen NTNU bruker i faunistikk-undervisningen sin. Innsamlingen har foregått både til lands og til vanns, og med mange forskjellige redskap.

Vi hadde forskningsfartøyet R/V “Gunnerus” til disposisjon de første tre dagene i uka, så da ble det mest innsamling med grabb, skrape og trål, men vi har også samlet mye i fjæra og på grunt vann – da snakker vi bøtte, spade og hov!

Vi kommer snart tilbake med mer om hva vi fant – men takk for turen, og takk til arrangørene!

Takk for oss!

Takk for oss!

Hilsen Jon, Tom, Katrine (foto av alt i denne posten), Anne Helene og Mario (gjest)

Prosjektoppstart på børstemark

IMG_6866Denne uken er vi på besøk ved Vitenskapsmuseet – NTNU i Trondheim for oppstart av det nye børstemarkprosjektet. Prosjektet handler om kartlegging av diversitet av børstemark i Norskehavet, med spesielt fokus på materiale samlet inn av MAREANO.

Prosjektet heter “Polychaete diversity in the Norwegian Sea – from coast to the deep sea” (PolyNor), og skal gå frem til 2015.

 IMG_6880

Mer om prosjektet finner du her:

Norsk polychaetforum

Artsprosjektet hos Artsdatabanken

Mareano